Это казалось невероятным, невозможным: как, не будучи монахом, живя в миру, можно достичь такого высокого совершенства в духовной жизни?! (Заметим, кстати, что отец Иоанн стал первым священником, причтенным в России к лику святых именно за свое пастырское служение.) Такое подвижничество и такой образ жизни кронштадтского священника, особенно поначалу, вызывали смущение не только у церковных властей, но и у выдающихся духовных деятелей того времени. Так, святитель Феофан Затворник (также прославляемый Церковью как великий святой) счел необходимым обратиться к отцу Иоанну письменно со словами любви и наставления, но вместе с тем и предостережения: он взялся за такую подвижническую жизнь в миру, писал святитель Феофан, среди всех житейских соблазнов и невзгод, которая неминуемо должна привести его к страшному падению или окончиться ничем; никто еще, со времени принятия христианства, не только в России, но и на Востоке, не решался на подобный путь, будучи не монахом, а священником, живя вне ограды и устава монастырских, и непременно это породит величайший соблазн в духовенстве и в народе.
Епископ Серафим (Чичагов), бывший долгие годы в послушании отца Иоанна, так пишет об этом его необычном подвижничестве: «Дух отца Иоанна требовал сохранения всей своей естественной внешности, чтобы избежать в духовной борьбе столкновения с легко вкрадывающимся лицемерием, отвлекающим от внутренней работы, когда монашеская одежда, обстановка, условия жизни дают без труда преимущества и приобретают кажущиеся достоинства; его дух стремился к самой искренней, чистой правде, к тому, чтобы никогда не казаться лучше, чем есть, а только быть действительно таким, для Бога, людей. Поэтому он предпочитал скорее внешностью заслуживать осуждения, чем похвалу; одевался, не смущаясь, в богатые одежды, которые ему дарили; пил и ел для друзей и гостеприимных хозяев все, что ему не предлагали, конечно, в ограниченном количестве, и все покрывал своею любовью. Несомненно, отец Иоанн был блаженного духа, который в крайних формах у простого народа доходит до юродства Христа ради. Избрав такой трудный путь совершенствования, он любил бывать в обществе, беседовать и находил всегда в этой общественной жизни нескончаемую, непрерывную духовную работу».
Отец Иоанн Кронштадтский прославился и как замечательный педагог. В 1857 году он становится законоучителем (то есть преподавателем Закона Божия) в Кронштадтском городском училище. А в 1862 году в Кронштадте открылась классическая гимназия, и отцу Иоанну было предложено преподавать Закон Божий и в ней. В качестве преподавателя святой трудился в этих учебных заведениях более двадцати пяти лет.
На его уроках не бывало «неуспевающих». Отец Иоанн не заставлял учеников заучивать наизусть евангельские тексты, но стремился к тому, чтобы они прониклись самым духом христианского учения. Оценки не служили мерой поощрения или устрашения. Но его теплое, задушевное отношение как к самому предмету, так и к ученикам порождало неизменные успехи его учеников; все без исключения вслушивались в каждое его слово, ждали его уроков, которые на всю жизнь глубоко запечатлевались в памяти. Особенное значение отец Иоанн придавал чтению житий святых. Он всегда приносил на уроки отдельные жития и раздавал их учащимся для чтения дома.
Нередко бывали случаи, когда отец Иоанн заступался за какого-нибудь ленивого и нерадивого ученика, которого намеревались исключить из гимназии, сам принимался за его исправление. Проходило несколько лет — и из ребенка, казалось бы, не подававшего никаких надежд, вырастал достойный член общества.
Слава о кронштадтском чудотворце достигла самых дальних уголков России. Человеком «воистину исключительным, можно сказать — единственным по близости к народному сердцу» называл святого выдающийся русский публицист М. О. Меньшиков. «Ни один человек в России не сосредотачивал на себе такого всеобщего поклонения, как кронштадтский батюшка. Даже каторжники, кроме немногих, знают об отце Иоанне, и представление о нем их светит, как свеча перед божницей совести». А. П. Чехов, посетивший остров Сахалин, самую дальнюю окраину России и место каторги, свидетельствовал: «В какой бы дом я не заходил, я везде видел на стене портрет отца Иоанна Кронштадтского». Еще при жизни святого эти портреты почитались едва ли не как иконы.