С 1905 года святитель начал готовить Собор с участием епископов, священников, а также делегатов от всех православных приходов. Этот собор открылся в феврале (по новому стилю в марте) 1907 года в храме Иоанна Крестителя в городе Майфилде. Один из вопросов, поднятых на Соборе, был вопрос о юридическом статусе Православной Церкви в Америке. Тогда этот вопрос был не понят Святейшим Синодом, и лишь шестьдесят лет спустя Американская Православная Церковь получила самостоятельность.
Впрочем, еще накануне открытия Собора архиепископ Тихон получил уведомление Святейшего Синода о своем переводе в Россию: 25 января (7 февраля) 1907 года он был назначен архиепископом Ярославским и Ростовским.
За годы, проведенные святителем на Американском континенте, в России многое изменилось. Страна пережила неудачную войну с Японией 1904–1905 годов и революцию 1905–1907 годов. «Больно читать, что творится в бедной России, — писал святитель еще в ноябре 1905 года из Нью-Йорка настоятелю Великолукского Троице-Сергиева монастыря архимандриту Аркадию. — Кажется, все правящие потеряли голову. Бог знает, к чему это все приведет. Ужели Господь до конца прогневался на нас? И скоро ли мы образумимся?..»
11 апреля 1907 года владыка Тихон прибыл в Ярославль. Прямо с вокзала святитель направился в кафедральный собор города, где обратился к пастве с такой речью: «Мой приезд совпал со днями, когда Церковь готовится к торжественному входу Иисуса Христа в Иерусалим, где множество народа встретило Его. Среди них были и враги, и друзья Христа, были исцеленные Им и любопытные, желавшие взглянуть на Галилейского Пророка. Множество народа встретило и меня. Не думаю, чтобы здесь были враги у незнакомого для всех собравшихся человека. Сюда стеклись посмотреть на нового владыку, прибывшего из далекой Америки. Но не любопытство одно привело сюда вас, а любовь к Церкви, к ее служителям. Еще до приезда я слышал много отрадного о вас, о любви ярославцев к благолепию храмов, о внимании к пастырям, и нынешнее стечение народа отрадно для меня. Храните эту любовь к вере и Церкви Православной, к посещению храмов!»
В течение семи лет владыка Тихон возглавлял ярославскую кафедру и за эти годы успел заслужить искреннюю любовь народа. Как и прежде, он много разъезжает по епархии, посещая даже самые отдаленные уголки, совершает божественную литургию во всех посещенных им храмах, заботится о священнослужителях. В 1908 году святитель Тихон вновь побывал в Петербурге, где посетил отца Иоанна Кронштадтского. Это было незадолго до смерти великого праведника и чудотворца. Рассказывали, что после продолжительной беседы кронштадтский батюшка поднялся со своего места и предложил святителю: «Теперь, владыка, садитесь вы на мое место, а я пойду отдохну», и вышел. Архиепископ Тихон не посмел сесть на место отца Иоанна. И лишь спустя многие годы открылся сокровенный смысл слов великого старца: патриарх Тихон занял место того, кому поклонялась вся Россия.
Во всех спорных вопросах святитель Тихон всегда становился на сторону священнослужителей, защищал их от произвола властей. Это вызвало его конфликт с ярославским губернатором, который добился удаления с кафедры неугодного ему пастыря. 2 января 1914 года указом Святейшего Синода святитель Ярославский Тихон был поставлен архиепископом Литовским и Виленским, а на его место перемещен прежний архиепископ Литовский Агафангел. В воскресенье, 19 января, святитель Тихон отслужил прощальную литургию в переполненной народом Крестовой церкви Ярославского Спасского монастыря. В адресе, преподнесенном ему от городского управления Ярославля, говорилось: «Никто не уходил от Вас без утешения, ободрения, ласки, благословения; Вашим светлым умом и добрым сердцем Вы легко проникали в самое сложное дело, за разрешением которого к Вам каждый из пасомых шел прямо, не обинуясь, как к истинному отцу и постоянному душевному доброжелателю». Теплые слова содержались и в других прощальных адресах, преподнесенных архиепископу от гражданских и военных властей, именитых жителей, духовенства и т. д.