3 ноября юнкера сдались, бои в городе были прекращены. Митрополит Тихон с немногими делегатами Собора был допущен в Кремль, где своими глазами смог увидеть разрушения, причиненные великой святыни России: артиллерийским огнем пробит купол Успенского собора, стены Чудова монастыря, собор Двенадцати апостолов, получили повреждения и осквернены другие кремлевские храмы; повсюду лужи крови, тела убитых.
4 ноября Собор принял решение избирать патриарха не в Успенском соборе, но — в нарушение традиции — в храме Христа Спасителя, вне Кремля, закрытого властью для посещения. Единственное, что удалось сделать, это получить от новых властей на один день чудотворный образ Владимирской Божией Матери, причем эту святыню пришлось перевозить из Кремля скрытно, завернутой в материю, без обычно сопровождавшего ее крестного хода.
На следующий день, 5 ноября, в переполненном храме Христа Спасителя состоялись выборы первосвятителя Русской Церкви. Руководил церемонией и совершал литургию митрополит Киевский и Галицкий Владимир (Богоявленский), старейший из иерархов Русской Церкви. Имена трех кандидатов на патриарший престол были написаны на трех одинаковых пергаменах, свернутых в трубочку и положенных в особый ковчежец. По совершении Божественной литургии старец схииеромонах Алексий, затворник Зосимовой пустыни (недалеко от Троице-Сергиевой лавры), после долгой молитвы вынул из ковчежца жребий с именем Тихона, митрополита Московского. «Словно электрическая искра пробежала по молящимся, — вспоминал митрополит Евлогий (Георгиевский), присутствовавший тогда в соборе. — Раздался возглас митрополита „Аксиос!“ („Достоин!“ — Авт.), который потонул в единодушном „Аксиос!.. Аксиос!“ духовенства и народа. Ликование охватило всех. У многих на глазах были слезы. Чувствовалось, что избрание патриарха для всех радость обретения в дни русской смуты заступника, предстателя и молитвенника за русский народ»
Сам святитель Тихон, как и другие кандидаты, на литургии не присутствовал, ожидая исхода голосования в церкви Троицкого подворья. Сюда и направилась делегация Собора, чтобы возвестить ему Божью волю. 7 ноября святитель уехал в Троице-Сергиеву лавру, чтобы готовиться там к интронизации (торжественному возведению на престол). В праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы, 21 ноября 1917 года, в Успенском соборе Московского Кремля, в присутствии бесчисленного множества народа, заполонившего не только всю Соборную площадь, но и весь Кремль, и Красную площадь, и близлежащие улицы, состоялась интронизация патриарха Тихона. Торжественную церемонию проводили митрополит Киевский Владимир и митрополит Тифлисский Платон, экзарх Грузии. Так Россия получила нового патриарха — первого после двухсотвосемнадцатилетнего перерыва.
«Патриаршество восстанавливается на Руси в грозные дни, среди огня и орудийной смертоносной пальбы, — сказал святитель в своем обращении к народу в день интронизации. — Вероятно, и само оно принуждено будет не раз прибегать к мерам запрещения для вразумления непокорных и для восстановления порядка церковного. Но как в древности пророку Илии явился Господь не в буре, не в трусе, не в огне, а в прохладе, в веянии тихого ветерка, так и ныне на наши малодушные укоры: Господи, сыны Российские оставили завет Твой, разрушили Твои жертвенники, стреляли по храмовым и кремлевским святыням, избивали священников Твоих — слышится тихое веяние словес Твоих. Еще семь тысяч мужей не преклонили колена пред современным Ваалом и не изменили Богу истинному. И Господь как бы говорит мне так: „Иди и разыщи тех, ради коих пока еще стоит и держится Русская земля. Но не оставляй и заблудших овец, обреченных на погибель, на заклание, овец, поистине жалких. Паси их, и для сего возьми жезл сей благоволения. С ним потерявшуюся — отыщи, угнанную — возврати, пораженную — перевяжи, больную — укрепи, разжиревшую и буйную — истреби. Паси их по правде“. В сем да поможет мне Сам Пастыреначальник, молитвами и предстательством Пресвятыя Богородицы и святителей Московских». Эти слова стали настоящей программой действий патриарха Тихона на посту первосвятителя Русской Церкви.