Святитель обращается и к «верным чадам Православной Церкви Христовой»: «А если нужно будет и пострадать за дело Христово, зовем вас, возлюбленные чада Церкви, зовем вас на эти страдания вместе с собою словами святого апостола: „Кто ны разлучит от любве Божия? Скорбь ли, или теснота, или гонение, или глад, или нагота, или беда, или меч?“ (Рим. 8: 35)».
Большевики расценили это воззвание как контрреволюционное. «На почве такой пропаганды, — говорилось в листовках, вывешенных повсюду, — могут возникнуть народные волнения, ответственность за которые всецело падет на духовенство. Все церковнослужители, замеченные в распространении таких контрреволюционных воззваний, а также пропаганды в этом направлении, будут караться со всей строгостью революционного времени вплоть до расстрела».
Патриарх обращается и к Советскому правительству и к главам других стран, чтобы хоть как-то облегчить участь своей паствы. В том же 1918 году он пишет послания по поводу введения в России григорианского календаря (не принятого Церковью), с призывом о прекращении междоусобной брани, о прекращении гонений против Церкви. Он посылает запросы и ходатайства в суды, комиссии и комиссариаты, защищая осужденных. И некоторые из просьб патриарха (но, конечно, лишь немногие) удовлетворялись.
18 марта 1918 года патриарх обращается к верующим по поводу заключения несчастного и позорного для России Брестского мира: «Продолжается все та же распря, губящая наше Отечество. Внутренняя междоусобная война не только не прекратилась, а ожесточается с каждым днем. Голод усиливается, и, чтобы ослабить его, грозят даже изгонять из столиц мирных жителей, не знающих, где им преклонить голову. Умножаются грабежи и убийства, и для борьбы с ними часто прибегают к ужасному самосуду. Устранит ли объявленный мир эти вопиющие к небу нестроения? Не принесет ли он еще больших скорбей и несчастий?..»
Почти каждый день, несмотря на участие в заседаниях Собора (работа которого продолжалась до осени 1918 года), прием посетителей и труды по управлению Церковью, святитель совершает богослужения. Чаше всего это происходит в храме Христа Спасителя и на Троицком подворье, но патриарх не отказывается, если к нему обращаются с просьбой совершить службу в каком-либо ином московском храме.
28 мая (10 июня по новому стилю) святитель отправляется в Петроград, где пребывает до 4 (17) июня. «Спасение в Церкви Божией, в вере нашей в Бога, — обращается он к пастве в Александро-Невской лавре. — Она только может нас спасти и избавить от тех несчастий, которые всюду облегают нас». Отвечая на речь председателя правления Петроградского братства православных приходов протоиерея Николая Рудницкого, патриарх произносит: «Я слышал сейчас, что братство объединяет людей, готовых на подвиги исповедничества, мученичества, готовых на смерть. Русский человек вообще умеет умирать, а жить и действовать он не умеет. Задача братства не в том, чтобы воодушевлять людей на мучения и смерть, но их наставлять, как надо жить, указывать, чем должны руководствоваться миряне, чтобы Церковь Божия возрастала и крепла. Наши упования — это жизнь, а не смерть и могила». Это очень важные слова. Патриарх указывал путь выживания Церкви в страшных, бесчеловечных условиях, путь сохранения ее ради нравственного выживания народа.
В ночь с 3 на 4 июля (с 16-го на 17-е) 1918 года в Екатеринбурге были злодейски убиты император Николай II и члены его семьи, а также четверо приближенных. В Москве об этом страшном преступлении стало известно 6 (19) июля из газет, причем в сообщении лживо говорилось, что убит лишь император, а члены его семьи живы. Злодеяние большевиков потрясло всю страну. Патриарх немедленно созывает совещание Соборного Совета, на котором принимается решение о публичной панихиде по убиенному. 8 (21) июля в переполненном народом Казанском соборе в Москве (на Красной площади) святитель произносит проповедь, ставшую исторической: «Мы к скорби и стыду нашему дожили до такого времени, когда явное нарушение заповедей Божиих уже не только не признается грехом, но оправдывается как нечто законное. Так, на днях совершилось ужасное дело: расстрелян бывший Государь Николай Александрович, по постановлению Уральского областного совета рабочих и солдатских депутатов, и высшее наше правительство — Исполнительный Комитет — одобрил это и признал законным. Но наша христианская совесть, руководясь Словом Божиим, не может согласиться с этим. Мы должны, повинуясь учению Слова Божия, осудить это дело, иначе кровь расстрелянного падет и на нас, а не только на тех, кто совершил его». (Еще прежде, когда император томился в заточении в Тобольске, святейший патриарх передал ему через епископа Тобольского Ермогена просфору и свое благословение.)