Московская приходская община организовала из горожан-добровольцев охрану патриарших покоев на Троицком подворье. Опасаясь возможного ареста (или даже физического устранения первосвятителя), Соборный Совет на тайном заседании избрал нескольких заместителей, которые могли бы заменить патриарха Тихона в случае его насильственной смерти. Святителю предлагали тайно покинуть страну и укрыться за границей. «Бегство патриарха, — отвечал святейший, — было бы на руку врагам Церкви. Пусть делают со мною все, что угодно».
Голос патриарха Тихона звучит все сильнее и громче. В октябре 1918 года святитель обращается с письмом к Совету народных комиссаров в связи с годовщиной октябрьской революции и открыто обвиняет власть в надругательстве не только над Церковью, но и над всем Отечеством и всем православным народом.
«„Все, взявшие меч, мечом погибнут“ (Мф. 26: 52). Это пророчество Спасителя обращаем мы к вам, нынешние вершители судеб нашего Отечества, называющие себя „народными“ комиссарами. Целый год вы держите в руках своих государственную власть и уже собираетесь праздновать годовщину октябрьской революции. Но реками пролитая кровь братьев наших, безжалостно убитых по вашему призыву, вопиет к небу и вынуждает нас сказать вам горькое слово правды». «Ныне же к вам, употребляющим власть на преследование ближних и истребление невинных, простираем мы наше слово увещания: отпразднуйте годовщину вашего пребывания у власти освобождением заключенных, прекращением кровопролития, насилия, разорения, стеснения веры; обратитесь не к разрушению, а к устроению порядка и законности, дайте народу желанный и заслуженный им отдых от междоусобной брани. А иначе взыщется от вас всякая кровь праведная, вами проливаемая (Лк. 11: 50), и от меча погибнете сами вы, взявшие меч (Мф. 26: 52)». Это письмо патриарха имело огромный резонанс в России и за рубежом. Оно распространялось в копиях и рукописях по всей стране, а за границей было напечатано на русском языке в пяти миллионах экземплярах и переведено на многие иностранные языки.
11 (24) ноября на квартире патриарха был совершен обыск, а сам святитель подвергнут домашнему аресту. Однако арест этот был сочтен властью нецелесообразным, ибо настраивал против большевиков не только население, но и правительства иностранных держав, и вечером 24 декабря (6 января 1919 года) святейший был освобожден из-под стражи. На следующий день, в день Рождества Христова, он уже совершал праздничное богослужение в храме Христа Спасителя.
12 июля 1919 года (по новому стилю) на патриарха Тихона было совершено покушение. При выходе его из храма Христа Спасителя некая женщина (позже говорили, что под женской одеждой скрывался мужчина) ударила святителя ножом в бок. Патриарха спас кожаный пояс на подряснике, который смягчил удар.
Всеми силами стремится патриарх уберечь свою паству в той страшной вакханалии насилия, в которую погружена Россия. В тягчайшие месяцы лета и осени 1919 года он обращается с призывом отказаться от мщения врагам Церкви, не принимать участие в братоубийственной войне. С особой силой восстает он против чудовищной практики массового расстрела заложников, принятой советской властью в годы «красного террора».
«Мы содрогаемся, читая, как Ирод, ища погубить Отроча, погубил тысячи младенцев. Мы содрогаемся, что возможны такие явления, когда при военных действиях один лагерь защищает передние свои ряды заложниками из жен и детей противного лагеря. Мы содрогаемся варварству нашего времени, когда заложники берутся в обеспечение чужой жизни и неприкосновенности. Мы содрогаемся от ужаса и боли, когда после покушений на представителей нашего современного правительства в Петрограде и Москве, как бы в дар любви им и в свидетельство преданности и в искупление вины злоумышленников воздвигались целые курганы из тел лиц, совершенно непричастных к этим покушениям, и безумные эти жертвоприношения приветствовались восторгом тех, кто должен был остановить подобные зверства. Мы содрогались — но ведь эти действия шли там, где не знают или не признают Христа, где считают религию опиумом для народа, где христианские идеалы — вредный пережиток, где открыто и цинично возводится в насущную задачу истребление одного класса другим и междоусобная брань.
Нам ли, христианам, идти по этому пути. О, да не будет! Даже если бы сердца наши разрывались от горя и утеснений, наносимым нашим религиозным чувствам, нашей любви к родной земле, нашему временному благополучию, даже если бы чувство наше безошибочно подсказывало нам, кто и где наш обидчик. Нет, пусть лучше нам наносят кровоточащие раны, чем нам обратиться к мщению, тем более погромному против наших врагов или тех, кто кажется нам источником наших бед. Следуйте за Христом! Не изменяйте Ему! Не поддавайтесь искушению. Не губите в крови отмщения свою душу. Не будьте побеждены злом. Побеждайте зло добром (Рим. 12: 21)».