Но такие добровольные пожертвования отнюдь не устраивали власти, ибо поднимали престиж Церкви и патриарха в глазах верующих. 23 февраля 1922 года ВЦИК принял постановление о принудительном изъятии церковных ценностей. В этом постановлении не делалось никакой разницы между освященными и неосвященными предметами: церковные сосуды, чаши для причащения, оклады икон приравнивались к золотому и серебряному лому.
28 февраля появляется воззвание патриарха. «С точки зрения Церкви, — говорилось в нем, — подобный акт является актом святотатства. Мы допустили, ввиду чрезвычайно тяжких обстоятельств, возможность пожертвований церковных предметов, не освященных и не имеющих богослужебного употребления. Мы призываем верующих чад Церкви и ныне к таковым пожертвованиям, лишь одного желая, чтоб эти пожертвования были откликом любящего сердца на нужды ближнего, лишь бы они действительно оказывали реальную помощь страждущим братьям нашим. Но мы не можем одобрить изъятия из храмов, хотя бы и через добровольное пожертвование, освященных предметов, употребление коих не для богослужебных целей воспрещается канонами Вселенской Церкви и карается ею, как святотатство: мирян — отлучением от нее, священнослужителей — низвержением из сана».
Изъятие богослужебных предметов из храмов, совершаемое к тому же с оскорблением религиозных чувств верующих, с глумлением, в большинстве случаев встречало сопротивление простого народа. 15 марта 1922 года в городе Шуя Ивановской губернии произошло вооруженное столкновение, в ходе которого несколько человек было убито и ранено.
Спустя четыре дня Ленин обратился к В. М. Молотову с секретным письмом для членов Политбюро по поводу событий в Шуе. «Для нас именно данный момент представляет из себя не только исключительно благоприятный, но и вообще единственный момент, когда мы можем 99-ю из 100 шансов на полный успех разить неприятеля на голову и обеспечить за собой необходимые для нас позиции на много десятилетий. Именно теперь и только теперь, когда в голодных местностях едят людей и на дорогах валяются сотни, если не тысячи трупов, мы можем (и поэтому должны) провести изъятие церковных ценностей с самой бешеной и беспощадной энергией и не останавливаясь перед подавлением какого угодно сопротивления. Именно теперь и только теперь громадное большинство крестьянской массы будет либо за нас, либо, во всяком случае, будет не в состоянии поддержать сколько-нибудь решительно ту горстку черносотенного духовенства и реакционного городского мещанства, которые могут и хотят испытать политику насильственного сопротивления советскому декрету». Продуманный до мелочей план использования шуйских событий предусматривал арест и скорейший расстрел «очень большого числа самых влиятельных и опасных черносотенцев г. Шуи, а по возможности также и не только этого города, а и Москвы и нескольких других духовных центров». «Изъятие ценностей, в особенности самых богатых лавр, монастырей и церквей, — писал вождь российской революции, — должно быть проведено с беспощадной решительностью, безусловно ни перед чем не останавливаясь и в самый кратчайший срок. Чем большее число представителей реакционного духовенства и реакционной буржуазии удастся нам по этому поводу расстрелять, тем лучше. Надо именно теперь проучить эту публику так, чтобы на несколько десятков лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать».
На следующий день на заседании Политбюро обсуждали план изъятия церковных ценностей, разработанный Троцким. Патриарха решено было не арестовывать сразу, но предупредить, что в случае каких-либо эксцессов он будет отвечать перед судом. 28 марта в «Известиях» был опубликован «Список врагов народов», который открывал патриарх Тихон «со всем своим церковным собором». Тем временем массовые изъятия ценностей во многих городах сопровождались кровавыми столкновениями — к концу года их насчитывалось более полутора тысяч.
26 апреля в Москве начался процесс над 54 священнослужителями и мирянами, обвиняемыми в сопротивлении при изъятии церковного имущества из московских храмов. 5 мая в Ревтрибунал в качестве свидетеля был вызван «гражданин Беллавин», патриарх Тихон. Допрашивали же его не как свидетеля, но как обвиняемого, ибо еще накануне на самом высоком уровне было принято решение о привлечении патриарха к суду. В тот же день патриарха допрашивали и в ГПУ.