Трибунал приговорил 11 обвиняемых к расстрелу. После вынесения приговора патриарх Тихон обратился к председателю ВЦИК Калинину с ходатайством о помиловании. ВЦИК помиловал шестерых, пятеро же осужденных были казнены в камерах Лубянки.
6 мая на Троицком подворье, где размещалась резиденция патриарха, появилась вооруженная охрана. Святителю было объявлено, что он находится под домашним арестом. 19 мая патриарх Тихон был увезен под стражей в Донской монастырь и здесь помещен под арест в небольшом двухэтажном домике рядом с надвратной церковью во имя Тихвинской иконы Божией Матери. Ему было запрещено посещать монастырские храмы, принимать посетителей, выходить из комнат. Лишь раз в сутки заключенного выводили на прогулку на площадку в крепостной стене, откуда он благословлял приезжавших к нему отовсюду богомольцев. Заточение святителя продолжалось более года. Большую часть этого времени патриарх провел в Донском монастыре. (В апреле 1923 года на три недели его перевели во внутреннюю тюрьму ГПУ на Лубянке.) Здесь, в заточении, святейший узнал о Петроградском процессе, завершившемся расстрелом четырех подсудимых, в числе которых оказался митрополит Петроградский Вениамин (причтенный ныне к лику святых). Расправы над священнослужителями и верующими мирянами тем временем продолжались. К концу 1922 года по делам об изъятии церковных ценностей погибло и было расстреляно более восьми тысяч человек.
Изъятие церковных ценностей, изгнание монахов и закрытие монастырей (только к началу 1921 года было ликвидировано 573 монастыря), аресты и расстрелы церковнослужителей, глумление над святынями — все это стало лишь одной стороной наступления власти на Церковь. Но была и другая. В мае 1922 года возникает раскол в Русской Православной Церкви, получивший впоследствии название «Живой церкви». Ряд священнослужителей, при поддержке ГПУ, предпринял попытку захватить власть над Церковью и устранить патриарха.
Еще 12 мая 1922 года находившийся под домашним арестом на Троицком подворье патриарх принимает решение о передаче своих полномочий, «ввиду крайней затруднительности в церковном управлении, возникшей от привлечения» его «к гражданскому суду», ярославскому митрополиту Агафангелу. (По распоряжению ВЦИК митрополит Агафангел был вскоре также задержан властями.) 18 мая лидеры обновленчества во главе с протоиереем Александром Введенским вновь явились к патриарху и потребовали от него передать в их руки управления патриаршей канцелярией, «дабы не продолжалась пагубная остановка в делах управления Церковью». Патриарху было лживо заявлено, что по приезде в Москву митрополита Агафангела все дела будут тотчас переданы ему. Святитель вынужден был подчиниться этому требованию. Однако обновленцы, открыто вводя в заблуждение церковную общественность, объявили полученную ими обманом резолюцию патриарха актом передачи им всей церковной власти. Было объявлено о создании Высшего церковного управления, которое узурпировало власть над Церковью. ВЦУ поддержал ряд епископов, другие иерархи были смещены со своих постов. Открытую поддержку ВЦУ оказывали гражданские власти, передавшие обновленцам большинство храмов. (К 1923 году в их руках находилось 70 % православных приходов страны.) Народ, однако, так и не признал обновленцев и, в отличие от многих церковных иерархов, остался до конца верен своему патриарху.
В апреле 1923 года в Москве открылся так называемый Второй Поместный собор Русской Православной Церкви, получивший в народе название лжесобора. По его решению святитель Тихон был лишен сана, звания и монашества. 8 мая патриарха посетили делегаты «собора», потребовавшие от святителя не только расписаться в том, что он ознакомлен с «соборным» решением, но и снять с себя одеяние священнослужителя. Патриарх решительно отказался выполнять эти бесстыдные и незаконные с канонической точки зрения требования.
Тем временем весной 1923 года усиленно готовился судебный процесс над патриархом Тихоном. Было уже составлено обвинительное заключение, требовавшее приговорить патриарха за «контрреволюционную деятельность» к высшей мере наказания — расстрелу. Казалось, первосвятителя Русской Церкви, как и многих других русских иерархов, ждет мученическая смерть. Однако именно весной 1923 года во всем мире стала нарастать волна протестов против преследований верующих в СССР. 8 мая был озвучен ультиматум министра иностранных дел Великобритании лорда Дж. Керзона. Одним из его требований было остановить казни духовенства. Англия угрожала расторгнуть торговый договор с Советской Россией от 1921 года. Г. В. Чичерин и Л. Д. Троцкий обратились к Петроградскому и Московскому советам с призывом не делать ни одного шага, который мог бы осложнить отношения Советской России с Западом.