Когда Крашенинников вернулся в Большерецк, он узнал, что помощник его Степан Плишкин во время его отсутствия работал плохо. Выгнав нерадивого работника, Крашенинников взял нового – Ивана Пройдошина. Дождавшись весны, когда стаял снег, он с новым помощником вскопал землю под Большерецком и посеял в небольшом опытном огородике ячмень, репу, бобы, морковь, огурцы, редьку. Разбил он и сад, в котором высадил боярышник, смородину, малину, шиповник. Камчатская земля обладает удивительной особенностью – дикие растения на ней страдают гигантизмом, самые обыкновенные лопухи вымахивают выше человеческого роста. «Все сочные злаки, как, например, капуста, горох и салат, – писал в отчетах Крашенинников, – идут токмо в лист и ствол. Травы по всей Камчатке без изъятия столь высоки и сочны, что подобных им трудно сыскать во всей Российской империи. При реках, озерах и в перелесках бывают оные гораздо выше человека, и так скоро растут, что на одном месте можно сено ставить по последней мере три раза в лето».
К сожалению, культурные растения на Камчатке тоже пошли, в основном, «в лист и в ствол».
«Поскольку эта страна бесхлебная и неудобная для скота, – писал о Камчатке Крашенинников, – подверженная большой опасности от частых землетрясений и наводнений, а также продолжительным беспокойным ветрам, – кажется, что она больше годится для жизни животных, а не людей. Почти единственное развлечение там – смотреть на высокие, покрытые нетающим снегом горы или, живя у моря, слушать шум морского прибоя и глядеть на разнообразных морских животных, изучая их нравы и взаимную вражду и дружбу».
В сентябре 1740 года в Большерецк прибыл адъюнкт Академии наук Георг Стеллер, а вместе с ним (для участия в плавании Беринга и Чирикова к берегам Северной Америки) астроном Делиль де ла Кройер.
Сдав Стеллеру собранные за прошлые годы материалы, Крашенинников продолжил камчатские исследования. Только в мае 1741 года ему было разрешено вернуться в Охотск.
Из Охотска Крашенинников еще почти два месяца добирался до Якутска.
В Якутске жизнь замечательного исследователя резко изменилась – он женился. Женой его стала дочь майора Д. И. Павлуцкого, с которым Крашенинников познакомился еще на Камчатке, где майор Павлуцкий, будучи якутским воеводой, возглавлял следственную комиссию 1739 года по делу об известном восстании камчадалов.
Еще полгода Крашенинников провел в Иркутске.
Дождавшись денежного жалованья для Делиля де ла Кройера и Георга Стеллера, он закупил и завез для них снаряжение и продовольствие в Якутск.
Только в феврале 1743 года, пробыв в командировке почти десять лет, Крашенинников вернулся в Петербург.
Как всем другим студентам, участвовавшим в северных экспедициях, Крашенинникову был устроен специальный экзамен. Этот экзамен он блестяще выдержал и был оставлен в Академии с назначенным ему годовым жалованьем в 200 рублей. В представлении на Крашенинникова академик Гмелин особо отметил: «Следует воздать публичную хвалу ревности студента Степана Крашенинникова, человека прекрасного характера, в чем можно было убедиться в течение всего путешествия».
Через два года Крашенинников был избран адъюнктом Академии.
Ему было поручено заведовать Ботаническим садом Академии наук.
Одновременно Крашенинников приступил к обработке материалов, собранных им во время путешествий по Камчатке. Получил Крашенинников для обработки и рукопись Г. Стеллера, который умер в Тюмени в 1745 году при возвращении в Петербург.
В апреле 1750 года, при прямой поддержке Ломоносова, Крашенинников был утвержден профессором на кафедре истории натуральной и ботаники, а несколько погодя – ректором Академического университета и инспектором Академической гимназии.
«Понеже адъюнкт Степан Крашенинников, – говорилось в постановлении Конференции Академии от 11 апреля 1750 года, – служа при Академии честно и беспорочно, чрез долгое время отправлял все положенные на него должности со всякою верностью и радением и был в путешествии камчатском один из российских ученых людей, которое отправил с немалым успехом к пользе Императорской Академии наук и к чести своей, сверх же того и в науках, а особливо в истории натуральной и ботанике, непостыдное в ученом свете искусство приобрел и притом поступками своими оказал, что прилежный, кроткий и постоянный человек, чем всем довольно себя удостоил имени и содержания профессорского, того ради в канцелярии Академии наук определено:
ему, Крашенинникову, от сего времени быть профессором истории натуральной и ботаники, а притом как членом Академического, так и Исторического собраний, и в обоих оных собраниях заседать, о чем в профессорские собрания послать указы, а ему, Крашениникову, объявить о том в канцелярии и на новопожалованный чин привести его к присяге.
А жалованья определяется ему в год по шестисот по шестьдесят рублев, которое начать с мая с первого числа сего 1750 году, и за повышение чина вычесть из его нового годового жалованья что следует за один месяц».