Днем основания Академии наук считается 28 января 1724 года, когда именной указ о ее учреждении был объявлен Сенатом. Официальное же ее открытие состоялось уже после смерти Петра I.
Вначале Академия находилась на Петербургской стороне. Она занимала двухэтажный дом бывшего вице-канцлера П. П. Шафирова на набережной Большой Невы близ Домика Петра I. Здесь 27 декабря 1725 года состоялось первое торжественное заседание Академии.
Первым президентом Академии наук был назначен лейб-медик Л. Л. Блюментрост, который занимал этот пост до 1733 года. Блюментрост — сын известного врача, лечившего царя Алексея Михайловича, — родился в Москве, обучался медицинской науке в Галле и Лейдене. По заданию Петра он побывал в Италии, Франции и Англии, а по возвращении из-за границы в 1719 году был определен в лейб-медики. Блюментрост всегда находился при Петре I и обычно сопровождал царя во время его многочисленных поездок. Ему же были вверены натуральный кабинет, императорская библиотека и «анатомический музей Рюйша», приобретенный царем в Амстердаме.
С каждым годом возрастало значение Петербургской Академии наук как научного и просветительного центра страны.
Из дома Шафирова на Петербургской стороне Академия наук переехала на Стрелку Васильевского острова, расположившись в Кунсткамере и в бывшем дворце царицы Прасковьи Федоровны, который стоял на месте Южного пакгауза. В 1783–1789 годах по проекту архитектора Дж. Кваренги на берегу Невы рядом с Кунсткамерой было построено главное здание Академии наук. Трехэтажное, на высоком гранитном цоколе, оно украшено мощным восьмиколонным портиком с фронтоном. Это монументальное, строгое и величественное здание является прекрасным образцом классической архитектуры второй половины XVIII века.
С городом на Неве связаны имена выдающихся людей, прославивших русскую и мировую науку. Среди них прежде всего следует назвать таких ученых, как М. В. Ломоносов, Л. Эйлер, С. П. Крашенинников, В. Беринг, М. В. Остроградский, С. В. Ковалевская, П. Л. Чебышев, В. В. Петров, Б. С. Якоби, А. М. Бутлеров, Д. И. Менделеев, Н. Н. Зинин, Н. М. Пржевальский, Н. Н. Миклухо-Маклай, И. М. Сеченов, И. И. Мечников, И. П. Павлов, А. С. Попов, А. Е. Ферсман, Г. О. Графтио, С. В. Лебедев, С. И. Вавилов, А. Ф. Иоффе, И. В. Курчатов.
В 1917 году первым выборным президентом Академии наук стал крупнейший русский геолог А. П. Карпинский.
Академия наук 210 лет находилась в городе на Неве. В 1934 году президиум Академии и некоторые ее институты были переведены в Москву. Но Санкт-Петербург по-прежнему сохраняет значение крупнейшего научного центра. Здесь находятся многие научно-исследовательские институты Российской Академии наук.
Здания Академии наук и Кунсткамеры
Самый старый музей города и страны — Кунсткамера (кабинет редкостей). Основан он был еще в 1714 году.
Как известно, Петр I часто совершал поездки за границу и посещал многие западноевропейские музеи. Большинство их имело целью развлекать посетителей. Но царя больше интересовали те из них, экспонаты которых рассказывали об успехах математики, физики, астрономии, ботаники, минералогии. Из своих поездок Петр привозил модели кораблей и машин, различные приборы и астрономические инструменты, редкие книги и глобусы, чучела животных, увеличительные стекла и географические карты, а также всякие диковинки — буддийских идолов, шаманские бубны и т. п. Интересные экспонаты были собраны и в результате его многочисленных поездок по России — это одежда и предметы быта народностей, населяющих страну, различные минералы, самородки золота и многое другое. Среди собранных экспонатов можно было увидеть заспиртованных в стеклянных сосудах монстров (уродов), например «вельми удивительную ящерицу с острыми челюстями» или «золотого жука из шпанских Западных Индей». Первоначально собранные коллекции были размещены в Летнем дворце. В 1719 году их перевезли в Кикины палаты на Первую Береговую линию (ныне Шпалерная улица). Музей был общедоступен. Желая, чтобы его коллекции служили просвещению жителей города, Петр издал указ, в котором говорилось: «В оную Куншткамеру впредь всякого желающего пускать и водить, показывая и изъясняя вещи».