Според тази теория когато Homo sapiens прониква в земите на неандерталците, започват да се формират смесени двойки, което довежда до сливане на двете групи. Ако това е така, то днешните обитатели на Евразия не са чисти представители на вида Homo sapiens, а комбинация от двата вида. По подобен начин, когато Homo sapiens достига Източна Азия, там постепенно се смесва с местния Homo erectus, което означава, че китайците и корейците са комбинация от двата вида.
Противоположната теория, наречена „теория за заместването“, ни представя съвсем различна картина — на несъвместимост, отвращение и дори може би геноцид. Според нея Homo sapiens и другите видове се отличават по телесна структура, телесна миризма, вероятно и по практиките за съвкупление. Между тях не е съществувало сексуално привличане. И дори ако неандерталските Ромео и Жулиета от вида Homo sapiens се влюбят, те не биха имали плодовито потомство, защото съществува генетична пропаст, която вече е станала непреодолима. Двете групи останали напълно отделени и когато неандерталците постепенно изчезнали или били постепенно изтребени, техните гени изчезнали заедно с тях. Според този възглед Homo sapiens идва на мястото на всички останали човешки видове, без да се смесва с тях. Ако това е така, произходът на всички съвременни хора може еднозначно да се свърже с Източна Африка отпреди 70 000 години. Ние всички сме „чисти“ представители на вида Homo sapiens.
Много неща зависят от този дебат. От еволюционна гледна точка 70 000 години е сравнително кратък период. Ако теорията за заместването е вярна, всички хора днес имат сходен генофонд и расовите разлики са незначителни. Но ако е вярна теорията за кръстосването, може би съществуват големи генетични разлики между африканците, европейците и азиатците, възникнали преди стотици хиляди години. Това е политически взривоопасен въпрос, който може да стане основа на расови теории, способни да генерират множество конфликти.
През последните десетилетия теорията за заместването беше общоприета. Тя разполага с повече археологически свидетелства и е по-политически коректна (учените нямат желание да отварят кутията на Пандора на расизма, настоявайки, че съществуват значими генетични различия между съвременните човешки групи). Но това приключва през 2010 г., когато се публикуват резултатите от продължила четири години инициатива по картиране на неандерталския геном. Генетиците успяват да съберат достатъчно неандерталска ДНК от вкаменелости и правят подробно сравнение между нея и ДНК на съвременните хора. Резултатите удивяват научната общност.
Оказва се, че между 1 и 4% от ДНК на съвременния човек, обитаващ Средния изток и Европа, е неандерталска. Това не е кой знае колко голям процент, но самото свидетелство е важно. Второ шокиращо откритие идва няколко месеца по-късно, когато се картира ДНК, извлечена от вкаменелия пръст, открит в пещерата Денисова. Резултатите доказват, че до 6% от ДНК на съвременните меланезийци и австралийски аборигени е ДНК на Денисовия човек.
Ако тези резултати са валидни — а е важно да имаме предвид, че се правят допълнителни анализи, които могат да подкрепят или оборят направените изводи — поне някои от нещата, които твърдят поддръжниците на теорията за хибридизацията, са верни. Но това не означава, че теорията за заместването е напълно погрешна. Щом неандерталците и Денисовия човек са допринесли с толкова малко към съвременната човешка ДНК, не е възможно да се настоява за „сливане“ между Homo sapiens и другите човешки видове. Въпреки че разликите между тях не са толкова големи, че да не позволят създаване на безплодно потомство, сексуалните контакти са твърде редки.
Как трябва да разбираме биологичната връзка между Homo sapiens, неандерталците и Денисовия човек? Ясно е, че те не са напълно различни видове, каквито са конете и магаретата. От друга страна не са и просто различни групи от един и същ вид, каквито са булдозите и шпаньолите. Биологичната реалност не е черно-бяла, съществуват и важни сиви зони. Всеки два вида, произлезли от общ предшественик — като конете и магаретата, — в определен момент са били просто две групи от един и същ вид — като булдозите и шпаньолите. Вероятно е имало момент, когато двете групи вече са били твърде различни, но все още е било възможно да имат сексуални контакти и потомството им да е плодовито. След това поредната мутация е прекъснала и тази последна свързваща нишка и те са поели по различни еволюционни пътища.