В разгар этого кризиса, когда султан готовился послать армию, чтобы изгнать мамлюков из Багдада раз и навсегда, город опустошался другими способами. В марте 1831 года в городе разразилась чума, распространившаяся из еврейского квартала по всему городу. Из-за слабого контроля Давуда над ситуацией не были введены карантины, и караваны продолжали ходить в зараженные чумой районы и обратно, распространяя болезнь по всей провинции. Нормальная жизнь в городе остановилась. Запасы продовольствия были на исходе, на улицах скапливались трупы, рушился закон и порядок. В самый разгар чумы случилось еще одно бедствие: После проливных дождей, превосходивших все, что было на памяти людей, разлилась река Тигр. Один английский путешественник, который "спал в верхней части дома", когда река вышла из берегов, ярко описал, что был "разбужен грохотом воды, промчавшейся мимо зала", и сказал: "Никакой крик не сопровождал судороги; я не слышал ни воплей, ни стенаний; но, сидя на верхней части стены, я мог видеть... мутные воды, беззвучно проносящиеся мимо". Один из местных жителей описывает последовавшие разрушения как "Божий гнев на город, который был затоплен со всех сторон, а чума и смерть распространились. Никто никогда не слышал о подобном бедствии в этом регионе". Еще один человек сообщил, что "лишь немногие из жителей Багдада остались в городе посреди смерти, наводнения и чумы". По оценкам, погибло более 15 000 человек, а население Багдада и его пострадавших районов сократилось примерно со 150 000 до 80 000.
Наводнение и эпидемия означали конец для Давуда. Многие багдадцы хотели бежать из города, но все выходы были сопряжены с опасностью. Дороги контролировались племенами, а лодки были переполнены и заражены чумой. Паша и его приближенные жаждали бежать, но не ценой своих "накопленных богатств". Британскому резиденту и его приближенным удалось уплыть на лодке в Басру; те, кто остался, забаррикадировались в своих домах, отказываясь пускать посторонних из страха заразиться. Согласно одному из отчетов в османских архивах, Давуд покинул Багдад, когда наводнение спало, но обнаружил, что его поддержка в вилайетах (провинциях) испарилась: "Его армии и сторонники вымерли из-за чумы, а его казначей, семья, жены, дети, банкиры" были удалены. Другой донос сообщал константинопольскому двору, что новый правитель Али-паша заключил мир с жителями Багдада, а также с племенами на юге: