За время его карьеры мало кому удалось избежать его злой сатиры, положенной на музыку. Как Рэнди Ньюмен с клыками, Заппа набрасывался на моду, лицемерие и стереотипы - ему удалось вызвать раздражение удивительного множества людей. Женщины были разгневаны песней «Сиськи и пиво», родителей приводили в ужас такие строчки, как «Смотри, куда ходят собаки и не ешь жёлтый снег», а голубые выходили из себя от песни «Он такой голубой». Антидиффамационную Лигу общества Б'най Б'рит возмутила «Еврейская принцесса» («у неё натруженные челюсти, она визжит, когда кончает»), и у Заппы потребовали извинений. Он, как всегда, извиняться отказался.
Его враги, как и друзья, могли найти кое-какое утешение в том, что они не одиноки. Атаки Заппы пересекали политические и идеологические границы: их мишенями были Джесси Джексон, бывший Главный Хирург Эверетт С. Куп, хамы и телеевангелисты.
Его музыка тоже сбивала поклонников с толку. Диапазон Заппы часто казался безграничным - он успешно перепрыгивал с рока на джаз, с джаза на классику. Он выпустил более 50 альбомов, в том числе такие, как Freak Out!, Sheik Yerbouti, 200 Motels (есть и одноимённый фильм, теперь культовый) и Jazz From Hell. Его классическую музыку хвалили в узких кругах, его произведения записывал Лондонский Симфонический Оркестр. Альбом The Yellow Shark, который вскоре должен выйти в свет, прошлой осенью стал гвоздём программы музыкального фестиваля во Франкфурте. Уже в этом году Линкольнский Центр Исполнительских Искусств представил программу «Музыка Фрэнка Заппы» в своей серии «Великие исполнители».
Заппе удавалось нажить себе врагов, даже не делая музыки. Он бросил вызов Типпер Гор и Сьюзан Бейкер, жене бывшего Государственного секретаря Джеймса Бейкера, когда они потребовали классифицировать пластинки по содержанию, как фильмы. Заппа выступил перед Сенатским комитетом по коммерции и назвал Бейкер с её комитетом «группой усталых вашингтонских домохозяек», желающих «ограбить всех композиторов и исполнителей из-за текстов некоторых из них». В этом крестовом походе он потерпел поражение, но остался энергичным защитником прав, изложенных в Первой Поправке.
Заппа также проводил агитационную кампанию, в которой призывал своих слушателей голосовать. В вестибюлях концертных залов, где проходили его концерты, устанавливались кабинки для голосования. В своё «Видео из ада» (пара «Джазу из ада») он включил такую строку: «Зарегистрируйтесь для голосования и прочтите Конституцию, пока она не потеряла силу и не запрещена законом». Разочарование правительством привело его к решению войти в него: в 1991 г. он объявил, что намерен баллотироваться в президенты.
После нескольких неприятных впечатлений от индустрии грамзаписи (в песне «У коричневых ботинок ничего не получится» он увековечил бизнесменов, обманывавших его), Заппа со своей женой (и менеджером) Гейл основал несколько своих компаний и начал торговую деятельность. (У Заппы есть и горячая линия - 1-818-PUMPKIN.) Его глубокое понимание экономики и политики побудило телекомпанию Financial News Network предложить ему стать одним из ведущих в своём ток-шоу. Это соглашение и привело его в Чехословакию, где он познакомился с Гавелом, президентом ещё не распавшейся республики.
Музыка Заппы ещё с 60-х годов контрабандным путём проникала за железный занавес, и он стал героем чехов. Его песня «Пластмассовые люди» стала гимном подполья. Когда он был в Праге, студенты сказали ему, что он считался одним из злейших врагов коммунистического государства. Один из них рассказывал о том, как его арестовала тайная полиция - он был избит и брошен в тюрьму. Офицер кричал: «Сейчас мы выбьем у тебя из головы музыку Заппы»! Встретившись с Заппой, парень сказал: «Сегодня наша мечта сбылась.»
Гавел был столь очарован Заппой, что сделал его специальным посланником своей страны на Западе по вопросам торговли, культуры и туризма. У Заппы были большие планы по разрушению культурных и экономических барьеров между Востоком и Западом. Его назначению, однако, воспрепятствовал Государственный секретарь Бейкер. Журналист Джек Андерсон сообщил, что это было результатом старой обиды за то, что Заппа назвал Сьюзан Бейкер «усталой домохозяйкой». Андерсон писал: «Когда Бейкер приехал в Прагу, он поручил своим заместителям передать Гавелу своё неудовольствие.» Гавел поддался давлению и отменил назначение.