Но тут началась русско–японская война и лейтенант был назначен старшим офицером корабля на военный транспорт «Иртыш», входящий в состав 2‑й Тихоокеанской эскадры адмирала З. П. Рожественского. Правда, до Тихого океана, где в Цусимском проливе эскадру ждали японцы, Шмидт не дошел. Ставший к этому времени сенатором, дядя помог Шмидту во время стоянки в Суэце списаться с корабля по болезни, вернуться в Россию и получить назначение на Черноморский флот
Командующий флотом вице–адмирал Чухнин снова принял участие в судьбе болезненного и неуживчивого офицера и назначил Шмидта командиром отряда из двух устаревших миноносцев. Место тихое, должность необременительная, казалось бы, живи и радуйся. Но неожиданно похитив отрядную кассу, в которой было всего две с половиной тысячи золотых рублей, Шмидт пустился в бега, а когда деньги закончились, сдался властям. На следствии он пытался доказать, что деньги потерял или их у него украли, а в бега он подался, опасаясь неприятностей. Дезертирство в военное время — это уже не проступок, а преступление. Дяде пришлось изрядно постараться, чтобы спасти племянника от суда и каторги.
Уволенный с флота Шмидт решил заняться модной тогда политикой. Возможно, такое решение ему «помогли» принять. У революционеров, готовивших восстание в Севастополе, не было поддержки среди флотских офицеров, а выступления нервного и эксцентричного Шмидта на митингах пользовались такой популярностью, что Петра даже арестовали, а потом под давлением массовых выступлений в защиту «пламенного борца за свободу простого народа» отпустили, взяв подписку о немедленно выезде из Севастополя. Выполнять взятое на себя обязательство Шмидт не стал. Напротив, вняв призыву матросов, он 14 ноября 1905 года объявился на восставшем крейсере «Очаков» и призвал эскадру присоединиться к мятежному крейсеру.
Шмидт самовольно надел погоны капитана второго ранга и объявил себя командующим флотом. Настоящий командующий Черноморским флотом адмирал Чухнин попытался разрешить ситуацию миром, но не преуспел. Шмидт жаждал боя. И он его устроил.
Чтобы обострить обстановку, новый командующий попытался взорвать транспорт «Буг», загруженный морскими минами. Возможных последствий этого Шмидт явно не представлял. Между тем пострадать могли не только корабли, находящиеся в бухте, включая и сам «Очаков», но и часть города. К счастью, команда «Буга» успела затопить свой корабль. Тогда экспрессивный Шмидт направил миноносец в атаку на корабли эскадры. Но не тут было. Миноносец сразу же потопили залпом корабельных орудий. После этого Чухнин приказал открыть огонь шрапнелью по крейсеру. В ответ восставший корабль сделал шесть выстрелов и прекратил сопротивление.
Но огнем с «Очакова» руководил уже не Шмидт. При первых залпах по «Очакову» самовозглашенный главнокомандующий перешел на стоящий у борта крейсера миноносец и попытался уйти в Турцию. Миноносец был подбит и захвачен. Находившегося на нем Шмидта, успевшего переодеться в матросскую робу, арестовали.
Состоявшийся вскоре суд приговорил Шмидта к смертной казни. Ходатайства дяди о пересмотре дела, так как Шмидт душевнобольной, переданные Николаю II через премьер–министра Витте, результата не дали. Приговор был приведен в исполнение.
Жизнь после смерти
После расстрела имя Шмидта на волне завершающейся революции 1905 года стало чрезвычайно популярным среди революционно настроенной общественности и обросло массой домыслов и слухов.
Вторая волна популярности настигла Шмидта, когда после Февральской революции адмирал Колчак, командовавший тогда Черноморским флотом, распорядился перезахоронить останки лейтенанта и другим расстрелянных участников восстания на «Очакове» в Покровском соборе Севастополя.
Следующий «приступ» общественного внимания случился в ноябре 1923 году, когда останки Шмидта торжественно перезахоронили на севастопольском кладбище Коммунаров.
Тогда же стали появляться памятники лейтенанту Шмидту, его именем назвали набережную и мост в Севастополе.
Более, государство сочно нужным и назначить пенсию любовнице Шмидта, которая в подтверждение своих отношений с лейтенантом предоставила адресованные ей письма лейтенанта.
Изнанка событий номер два или концы в воду!
«Очаков» был спущен на воду в 1902 году, но к моменту восстания в ноябре 1905 года работы на нем еще не были завершены, и большая часть вооружения не была установлена. В ноябре 1905 года крейсер был уничтожен. Хотя, по мнению специалистов, явных причин к тому не было.