Противъ уніи написалъ нашумѣвшую книгу — «Книжица на Римскій костелъ» — священникъ Стефанъ Зизаній, бывшій учитель Братской школы во Львовѣ, переселившійся въ Вильну.
Православное дворянство Литвы отправило въ началѣ 1596 г. своихъ делегатовъ на Варшавскій сеймъ, приказавъ имъ:
1. Добиваться лишенія сана епископовъ, отступившихъ отъ Церкви.
2. На ихъ мѣсто просить назначить православныхъ епископовъ, согласно постановленію 1573 г. и жалованнымъ граматамъ прежнихъ королей, подтвержденными присягой самого Сигизмунда III.
Король, другъ и слуга іезуитовъ, конечно, на это не согласился. Тогда кн. Острожскій и депутаты торжественно объявили королю и сейму, что епископы-ренегаты не будутъ признаны ни ими, ни русскимъ населеніемъ.
Вмѣстѣ съ этимъ, они составили оффиціальный протестъ противъ творимыхъ притѣсненій православной вѣры. Кн. Острожскй настоялъ на внесеніи протеста въ актовыя книги сейма, заклеймивъ предательство Поцея и Терлецкаго.
Однако, манифестомъ отъ 29 мая 1596 года Сигизмундъ III извѣстилъ всѣхъ православныхъ о совершившемся соединеніи церквей, утвердилъ санъ Поцея и Терлецкаго и принялъ на самого себя отвѣтственность за состоявшуюся унію. Несмотря на это, волненія въ странѣ все усиливались.
Наконецъ, въ началѣ октября 1596 года, въ Брестѣ былъ созванъ соборъ для церковнаго рѣшенія вопроса объ уніи. Прибыли туда: экзархъ Константинопольскаго патріарха Никифоръ; экзархъ Александрійскаго патріарха Кириллъ Лукарисъ (Лукарисъ заслужил ненависть іезуитовъ, какъ бывшій въ то время ректоръ епископ Острожскаго училища); митрополитъ Михаилъ съ семью русскими епископами, многими архимандритами, игуменами и священниками. Среди православныхъ делегатовъ были, кромѣ того: Макарій, архимандритъ Аѳонскаго Симонопетрскаго монастыря, делегатъ епископа Паисія Венчацкаго (Сербскаго); Матѳей, архимандритъ Пантелеимонскаго Аѳонскаго монастыря; делегатъ Амфилохія Мукачевскаго (русскаго архіерея Венгріи). Всѣхъ было больше ста человѣкъ. Къ архіереямъ слѣдуетъ еще причислить Луку, митрополита Бѣлградскаго, бѣжавшаго отъ турецкихъ гоненій. Изъ мірянъ прибыли кн. Острожскій съ сыномъ и многочисленные дворяне съ вооруженной свитой. Брестъ, окруженный шатрами и пушками, имѣлъ видъ военнаго лагеря, ожидающаго нападеніе.
Среди делегатовъ-католиковъ выдѣлялись Петръ Скарга съ тремя іезуитами и три вельможи, королевскіе послы.
Православные представляли большинство, что очень испугало приверженцевъ уніи. Кн. Острожскій торжественно обѣщалъ, что спокойствіе въ Брестѣ не будетъ нарушено и сдержалъ свое слово.
Первое засѣданіе было назначено на 6-е октября, но соборъ сразу же раздѣлился на два лагеря: православныхъ и уніатовъ, что помѣшало устройству одного общаго собранія въ церкви, какъ было принято.
Замѣтимъ, что митрополитъ Рагоза, на котораго расчитывали, какъ на хозяина съѣзда, въ это время гдѣ-то скрывался.
Уніаты стали засѣдать подъ предсѣдательствомъ католическаго Львовскаго архіепископа Соликовскаго въ городскомъ соборѣ; православнымъ же Поцей, къ епархіи котораго принадлежалъ Брестъ, запретилъ доступъ въ городскіе храмы и имъ пришлось расположиться въ частномъ домѣ. Предсѣдательствовалъ на соборѣ экзархъ Никифоръ. Посрединѣ лежало Евангеліе. Послѣ обычныхъ молитвъ, еп. Гедеонъ Львовскій произнесъ рѣчь по-русски, которую переводилъ на греческій языкъ іеродіаконъ Кипріанъ. Онъ сказалъ, что всѣ собравшіеся намѣрены до смерти стоять за православную вѣру и что отрекшіеся отъ нея и измѣнившіе патріарху поступили незаконно.
Постановили послать за митрополитомъ Михаиломъ и четырьмя уніатскими епископами, но ни на одно изъ трехъ сдѣланныхъ призывовъ они не явились. Митрополитъ сперва отвѣтилъ, что онъ намѣренъ «подумать» съ католическими епископами, а затѣмъ прибудетъ на Соборъ, но не явился. На слѣдующій день отвѣтъ былъ болѣе яснымъ: «Напрасно насъ ждете: мы къ вамъ не придемъ». Наконецъ, третій отвѣтъ разсѣялъ всякое сомнѣніе: «Что сдѣлано, то сдѣлано; хорошо-ли, дурно-ли, мы сдѣлали, поддавшись Римской церкви, только теперь передѣлать этого нельзя». Такъ до конца Рагоза не рѣшился открыть своей игры, пока не принялъ унію.
На вопросъ экзарха, когда начались хлопоты объ уніи, Кіево-Печерскій архимандритъ Никифоръ Туръ отвѣтилъ: «Патріархъ Іеремія, узнавши о беззаконіяхъ Рагозы, отлучилъ его отъ Церкви, грозя, если не исправится, конечнымъ низложеніемъ; онъ и задумалъ отступить и отступилъ». Очевидно, судя по этому свидѣтельству, Рагоза дѣйствовалъ двулично, пока въ Брестѣ не скинулъ маску.