Вопросам религии в романе отведено довольно значительное место. Воззрения самого Понтоппидана на религию претерпели известную эволюцию. Несколько пассивное отношение к религии в начале творческого пути и объяснение её смысла с точки зрения морально-этической сменяется у писателя осуждением церкви и вероучения в разных его проявлениях, критикой как официальной церкви, так и различного рода сектантских учений, чрезвычайно распространенных в Дании и оказывавших тлетворное влияние на общество.
Пер знакомится с представителями различных религиозных течений. В лице своего отца он увидел служителя церкви, верящего слепо, отдающегося своему делу с самозабвением, порою даже доходящим до фанатизма. Но среди церковников он увидел и немало своеобразных реформаторов. Пастор Бломберг, последователь грундтвигианского учения, казался ему борцом «за так называемое более человеческое отношение к божественным вопросам». Как человек дела, далёкий от религиозного энтузиазма, Пер был склонен идеализировать Бломберга, видел в нём какого-то «викинга-христианина», протестующего против эпохи пара и железных дорог и отстаивающего наивную «веру в природу». Недаром Перу казалось, что в его проповедях «было много такого, что напоминало датский ландшафт». Любопытна в романе и фигура «неверующего» пастора Фьяльтринга, справедливо утверждавшего, что религия превратилась в своего рода «рыночный товар». Все они способствовали формированию бунтарства Пера и его критического отношения к церкви.
Занятия математикой и естествознанием способствовали выработке у Пера объективного взгляда на природу. Но последовательным и сознательным атеистом он всё же не стал. Со времени вступления в брак с Ингер, дочерью пастора Бломберга, его сознание как бы раздвоилось. Внешне все чаще проявлялись в нём черты, свойственные Сидениусам. Он начинает даже цепляться за веру, как за якорь спасения и источник «духовного возрождения», наивно считая, что величие человека заключено в страдании. Гораздо более сложным — и это очень важно — был процесс его внутренней эволюции. До конца жизни в нём сохранится протест против религиозных догм. Он не останавливается и перед открытым признанием своего безбожия, понимая, что это грозит ему разрывом с женой и утратой семьи. Показательно, что завещание Пера было составлено в пользу «свободной от религии школы Якобы Саломон».
Падение Пера обусловлено, однако, не только его размолвкой с Якобой и отказом от многообещающего брака с ней. Трагичность его образу придаёт то обстоятельство, что он приходит к выводу о ложности избранного им ранее пути, распознаёт преступность капиталистических хищников, на которых делал свою ставку. Привыкший действовать смело, идти прямо «к осуществлению своей воли через Рубиконсомнений», он отказывается от таких приемов, как ложь и лицемерие, от закулисной борьбы против своего конкурента, инженера Стейнера, который в конечном счёте способствовал его падению.
Герой Понтоппидана сохраняет критическое отношение и к целому ряду других уродливых порождений капиталистической системы — таких, например, как национализм, унижение человеческой личности (проявляющихся нередко в форме антисемитизма), война и жестокая конкуренция во имя обогащения. Однако автор романа отнюдь не отождествляет своей позиции в этих вопросах с суждениями Пера.
Понтоппидан бережно руководит им, тонко и вовремя подмечает его промахи, нередко с юмором говорит о его заблуждениях. Пер часто действует в одиночку, на свой страх и риск, но никогда его образ не предстаёт изолированным от окружающего, от жизни. Временами он инстинктивно тянется к людям науки и искусства, казавшимся ему самобытными по мысли и отважными в делах. В больном поэте Эневольдсене, авторе «маленьких шедевров с тончайшей резьбой», он видит в чём-то родственную себе одинокую натуру. Подлинное же изумление и Даже зависть вызывали у него люди активного действия. К таковым он относил молодого живописца Йоргена Халлагера, «бунтаря и анархиста», а также журналиста и комедиографа Реебаля, называвшего себя «последним эллином» и стремившегося «преобразить мир» в духе идеалов античности.
Вопрос о путях развития искусства нередко приобретает в романе и самостоятельное значение, независимо от образа Пера. В этих случаях Понтоппидан как бы берёт слово от себя, высказывает собственные эстетические суждения. Центральное место среди деятелей национальной культуры и литературы отведено в романе журналисту доктору Натану. В образе Натана, по-видимому, изображён пользовавшийся шумным успехом в Дании и Европе Георг Брандес. В романе он представлен как потрудившийся для будущего Дании и своей ораторской и писательской деятельностью заложивший основу для духовного подъёма». И всё же Понтоппидан был далёк от безоговорочного восхваления деятеля такого типа. Он пытается объяснить характер противоречий литератора, «осыпанного самыми пышными почестями и подвергающегося ожесточённым нападкам». Пропагандист-популяризатор, воспитанный в традициях европейского свободомыслия, Натан был кумиром молодёжи, отвергавшей туманную философию и мистицизм Грундтвига и Кьеркегора. Публицист, «искрящийся бурной любовью к жизни», Натан, по мысли Понтоппидана, «явление совершенно необычайное для такой затхлой, крестьянской страны, как Дания». Вместе с тем писатель не приемлет «бесцеремонную бойкость» его речи, слишком категоричную защиту принципов индивидуализма.