Вновь назначенный тогда на нижегородскую кафедру епископ Моисей вступился в дело пересмотра раскольников. Вследствие того у него с губернатором Руновским произошли пререкания. Синодальный указ 19-го июля 1777 года ясно говорил: "что касается до записки желающих в раскол, то следует ли их в оный записывать оставить на рассмотрение светской команды", следовательно епархиальному начальству и не следовало вмешиваться в неподлежащее его ведению дело. Но Моисей, человек пылкий и заносчивый, и в то же время слабо смотревший за духовенством, за что впоследствии и подвергся неприятностям, думал иначе. Он находил, что открытою запиской тайных раскольников в составленные списки наносится ущерб церкви, и говорил, "что чиновники для записи в раскол указывают раскольникам к тому способы и берут за то с них деньги". Дело дошло до Петербурга и было рассмотрено в комитете министров. В положении его сказано: "при собирании сведений о числе раскольников в Нижегородской губернии, чиновники, занимавшиеся этим делом, действовали не вполне осторожно и открывали некоторым образом способы записываться в раскол и таким, которые прежде были православными". Император Александр Павлович на журнале комитета 18-го июня 1812 года собственноручно написал: "и не следовало никогда гласной переписки делать; нужно только иметь под рукою сведение о них". На основании этой резолюции, циркуляром министерства полиции сообщено всем губернаторам, что "его величеству благоугодно было приказать, чтобы сведения о старообрядцах не иначе были собираемы, как под рукою и без всякой малейшей огласки, и чтобы ведомости о них по таковым собираемым сведениям присылаемы были к министру полиции единожды в год, к 1-му января".[11]
Это распоряжение, совершенно противное принятой со времен императрицы Екатерины II системе и резко отличающееся от предшествовавших указов императора Александра, состоялось в самую трудную минуту. Император находился тогда в Вильне, при нем был и Балашов, не участвовавший в заседании комитета министров, когда обсуждалось дело о пререканиях Руновского с Моисеем. На присланном из Петербурга журнале Александр Павлович написал выше приведенную резолюцию чрез шесть дней по вступлении Наполеона в пределы России, в то время, когда он уже приближался к Вильне. В такое время нельзя было предпринимать каких-либо решительных мер, надо было всячески заботиться о полнейшем внутреннем согласии.
Начавшаяся перепись раскольников была таким образом прекращена повсеместно. Она нигде не была кончена. В составленные для того книги внесены были одни только записные раскольники, то есть потомки плативших двойной оклад, да и то не все. В некоторых местах в эти книги были внесены только главы семейств, в других один только мужеский пол и т. п. Списки, составленные таким образом по распоряжению 1811 года, в некоторых местах остались без изменений даже до 1852 года. Таким образом во время исследований, произведенных статистическими экспедициями, о которых будет сказано ниже, в некоторых земских судах было обнаружено, что именные списки раскольников велись без всяких изменений с 1811 г., и в продолжение сорока лет умершие из них не исключались, новорожденные не приписывались, а ежегодно показываемое в ведомостях число раскольников означалось наобум, один год немножко побольше, другой немножко поменьше. Во многих уездах именных списков вовсе не велось, а ежегодно показываемая в отчетах цифра ставилась совершенно произвольно.
Число раскольников между тем умножалось. В начале двадцатых годов покойный московский митрополит Филарет уже указывал на быстро увеличивающееся в Москве число раскольников и на необходимость принять против усиления раскола решительные меры. Александр Арсеньев, бывший долгое время раскольничьим попом на Рогожском кладбище и потому хорошо знавший дела поповщинского раскола, впоследствии, когда уже был благочинным единоверческих церквей Черниговской губернии, официально заявил, что в исходе 1823 года в городе Москве последователей поповщинского раскола было до 35.000 человек, а в 1825 году 68.000.[12]