При царе Михаиле Федоровиче застраиваемый внутри Кремль снаружи оставался в прежнем виде. Переделаны были только Фроловские ворота, о которых далее будет особая статья.
В царствование Алексея Михайловича была выстроена в Кремле Крестовая палата Патриаршего дома, набережные хоромы Иконного терема и Потешный дворец. Указом 1657 года было запрещено погребать в Кремле усопших, а до тех пор при кремлевских церквах находились кладбища, огороженные надолбами и заборами. Кромецарских дворцов, приказов, аптек и других казенных зданий в Кремле в то время помещались и палаты бояр и духовных лиц. Из боярских дворов известны: Трубецкого, Одоевского, Голицына, Милославского, Морозова, Шереметева, Черкасского, Стрешнева и др. Однако же, деревянных строений было больше, чем каменных, потому что москвичи предпочитали в то время для житья деревянные хоромы и брусяные избы каменным палатам. Улицы были вымощены тоже брусьями и досками. При Михаиле Федоровиче, а затем и при Алексее Михайловиче в Кремле были разбиты два сада, верхний и нижний, по скату Кремлевской горы, в которых были пруды, выложенные свинцовыми досками, водометы и оранжереи с редкими иностранными растениями и плодовыми деревьями. У Боровицких ворот, на Неглинной, был разбит плодовый царский сад, в котором даже имелись виноградные лозы, лимонные, лавровые и фиговые деревья, а в царском тереме был сделан комнатный сад. Кроме того, царские сады были на Царицыном лугу, где Болотная площадь[28], близ Немецкой слободы, и в селе Измайлове.
Страшное несчастье в виде чумы охватило Москву и ее окрестности в сравнительно счастливое царствование Алексея Михайловича в 1654 году. Царь в то время, после удачного похода против Польши, находился в Вязьме. Никакие меры против ее распространения не помогали. Под угрозой смертной казни было запрещено сообщение между зараженными и незараженными деревнями. Зараженные деревни оцеплялись стражей, которая никого не пропускала и раскладывала частые огни вокруг поселений. Царское семейство вместе с патриархом Никоном поместилось в Калязинском монастыре. Грамоты, присылаемые туда из Москвы, тщательно окуривались. Ужасны были известия, сообщаемые этими грамотами: в них говорилось, что почти вся Москва вымерла, в лавках никто не сидит, преступники из тюрем разбежались, множество дворов разграблено и остановить грабежа некому. По списку, сделанному царским наместником князем Пронским, всего умерло 400 800 человек. Сам Пронский сделался жертвой моровой язвы, а равно и три митрополита, присланные вместо себя Никоном. Множество трупов валялось по улицам Москвы и по ее домам, и голодные псы и свиньи рвали их на клочки. Дошло до того, что уже не хватало гробов для покойников, и их не успевали даже хоронить с обычными обрядами, а рыли просто огромную яму и сваливали туда тела. Тогда от царя прислан был в Москву приказ запереть все ворота в Кремле, оставив только калитку на Боровицкий мост, но и ту запирать на ночь. Осенью болезнь начала ослабевать, а начавшиеся морозы в декабре и совсем прекратили бедствие. Весь Кремль по случаю смерти дворцовых людей занесло снегом. Только в феврале следующего года царь приехал в Москву.
При царе Федоре Алексеевиче московские церкви стали разделяться на сорока, или заказы[29]. Сороков было шесть: Китайский, Пречистенский, Никитский, Сретенский, Ивановский и Замоскворецкий. В первом сороке было 136 церквей и, кроме того, не считавшихся в этом сороке — 23. Во втором — 210. В третьем — 176. В четвертом — 150. В пятом — 117. В шестом — 44, да придельных и домовых церквей — 87, итого во всех сороках насчитывалось 943 церкви, в том числе во имя св. Николая Чудотворца церквей соборных, монастырских, придельных и домовых — 128.