Благодаря проискам царевны Софьи, желавшей по смерти брата Федора захватить в руки власть. Кремль видел в своих стенах мрачные буйства стрельцов, разразившиеся многими убийствами: стольника Салтыкова с отцом, боевого воеводы Ромодановского, любимца царя Федора, Языкова, доктора Гадена, Ивана и Афанасия Нарышкиных и, наконец, знаменитого Артамона Сергеевича Матвеева, родственника царицы Натальи Кирилловны.
В Кремле же, в Грановитой палате, произошел 5 июля 1682 года и безобразный спор раскольников с православными, коноводом которого был расстрига Никита Пустосвят, вскоре казненный. В той же палате при правительнице Софье Алексеевне торжественно были принимаемы послы польские и шведские, а в 1686 году москвичи впервые увидали царевну Софью, участвовавшую в торжественном шествии государей Ивана и Петра Алексеевичей по случаю перенесения мощей святителя Алексея из церкви Архангела Михаила в новую церковь во имя того же святителя в Чудовом монастыре. Это было не в обычае того времени: в подобных всенародных шествиях царицы никогда прежде не участвовали. При большом звоне во все колокола Софья вышла вместе с обоими государями из дворца и прошла с ними в Чудов монастырь. Здесь она стояла во время службы подле них, а когда цари вместе с патриархом понесли угодника, она одна из всего царского семейства следовала за ними. С этих пор она не пропускала уже ни одного торжества или крестного хода, чтобы не показаться народу. Этим она старалась достичь того, чтобы народ привыкал смотреть на нее как на свою царицу.
Великое царствование Петра придало Кремлю новый величавый характер. Стирая с лица земли все негодное, старое, отжившее свой век, он очистил Кремль от загромождавших его частных домов, находившихся между Никольскими и Троицкими воротами по обеим сторонам улицы до ограды Чудова монастыря и до кремлевской стены у Вознесенского монастыря. При этом были сломаны дворы князя Одоевского, кравчего Салтыкова и взята земля, бывшая под двором боярина Стрешнева. Кроме того, разобраны Сахарные палаты, где был первый сахароваренный завод. Тут начата постройка Арсенала. При Петре же, указом 1705 года, велено вместо деревянных мостовых делать в Кремле, в Китай-городе и на больших улицах мостовые из дикого камня.
В последующие царствования были окончены в Кремле постройки, начатые Петром, произведены новые, и старый Кремль явился как бы в обновленном виде — чистый, сияющий, священный. Не одолел его даже своими силами великан своего века — стопобедный Наполеон. В бессильной злобе взорвал он кремлевскую стену — ребро груди Москвы белокаменной — и нагло писал императору Александру: «Твоего Кремля нет — покорись!» «Отпущу бороду по пояс и отступлю за Волгу и Урал, но не покорюсь врагу!» — ответил царь могучего народа. И несметные силы гордого пришельца растаяли, как воск пред лицом огня, под дыханием народного мщения. Так дохнула Москва — и за ней вся Россия! Кремль уже более не видал в недрах своих врага!
Кинув беглый взгляд на Кремль (о его святынях и достопамятностях речь пойдет далее), предлагаем прочесть, что пишет о значении Кремля известный историограф Николай Михайлович Карамзин:
«Кремль есть место великих исторических воспоминаний. Здесь среди развалин порядка гражданского возникла мысль спасительного единодержавия, как жизнь среди могил истления; здесь, под звуком цепей ханских, воспылала ревность государственной независимости, изготовились средства победы свободы; здесь Донской развернул черное знамя великокняжеское, чтоб идти на Мамая; здесь Иоанн Васильевич растоптал басму или образ хана; здесь началось, утвердилось самодержавие не для особенной пользы самодержцев, но для блага народного; отсюда священные тени добродетельных предков изгнали Иоанна Грозного, когда он изменил добродетели. В Спасские ворота въехал на коне Василий Иванович Шуйский, держа в одной руке святой крест, а в другой меч обнаженный, чтобы свергнуть Лжедмитрия; здесь показывают место, где лежал самозванец, выскочив из окна задних переходов дворца; на паперти храма Успенского нововенчанный царь, юный Михаил, лил горькие слезы, когда россияне лобызали ноги его также со слезами, но радостными! Сия священная ограда бывала театром ужасов, тут кипели войны бунтов стрелецких, тут издыхал на копьях знаменитый Матвеев; мысленно видим коварную улыбку торжествующей Софьи, видим десятилетнего Петра, уже монарха взором и гласом повелительным. Сей великий государь прославил Россию, отнял у Кремля славу быть всегдашним жилищем царей, но здесь приемлют они венец от Бога и отечества; здесь, как в средоточии России, от времени являются они пред нами в важные, решительные минуты своего царствования. Так, мы видели здесь Александра в роковой, незабвенный 1812 год, когда надлежало искусить твердость и великодушие россиян; здесь померкла блудящая звезда Наполеона. Вот славнейшее из всех воспоминаний кремлевских для веков грядущих!»