В монастыре находятся три церкви: соборная — Вознесения Господня, Преподобного Михаила Малеина и Св. Великомученицы Екатерины. Все они имеют приделы: Божьей Матери всех Скорбящих Радости[43], Успения Божьей Матери[44], Священномученика Феодора и Божьей Матери Казанской[45].
В соборной Вознесенской церкви иконостас украшен живописью старинного греческого письма. Царские врата обложены серебром и вызолочены. Возле Царских врат по левую сторону образ Смоленской Божьей Матери в серебряной вызолоченной ризе. За престолом крест с мощами, устроенный игуменьей Трефиной в 1816 году. По правую сторону Царских врат — образ храмовый Вознесения. По левую — Благовещения, святителя Николая и др. Из других святынь замечательны два золотых напрестольных креста — дар царя Михаила Федоровича, водосвятная серебряная чаша — дар царя Алексея Михайловича, семь серебряных блюд, золотые потир, дискос, звезда, лжица (ложка), к потиру ковшичек — дар императрицы Анны Ивановны, два Евангелия на александрийской бумаге, обложенные серебром и украшенные жемчугом и каменьями. Из особенно достопамятных святостью и древностью утварей замечателен образ чудотворный Божьей Матери Казанской. Образ этот украшен крупным жемчугом и разными дорогими каменьями. Он находится в теплой Екатерининской церкви на хорах.
В Вознесенском монастыре, как известно, похоронены почти все великие княгини, царицы и царевны русские: от времени Евдокии до XVIII столетия. Всех гробниц в нем более 35. Древнейшая и богатейшая — самой основательницы монастыря преподобной Евфросиньи. Она помешается у правой стены церкви, недалеко от боковой южной двери. На верхней доске раки написан образ преподобной, который при устроении раки обложен серебряной ризой. На раке вырезана следующая надпись: «Сия рака Великой княгини Евдокии, во инокинях Евфросинии, супруги Димитрия Иоанновича Донского, бывшей основательницы сея обители, преставившейся 1407 года июля седьмого дня. 1821 года мая тридесятого, благословением Высокопреосвященнейшего Московского Митрополита Серафима начата делаться рака благоверной княгини Евфросинии усердием доброхотных дателей, тщанием игумении Афанасии и окончена 1822 года февраля дня при Высокопреосвященном Московском Архиепископе Филарете».
Из других гробниц особенно замечательны при входе в старую соборную церковь на правой стороне подле стены: государыни царицы Анастасии Романовны, первой супруги Грозного, второй супруги — Марии Темрюковны, третьей — Марфы Васильевны Собакиной, седьмой — Марии Федоровны. Затем идут гробницы: Елены Васильевны (Глинской), царицы Евдокии Лукьяновны (Стрешневой), второй супруги царя Михаила Федоровича, царицы Марьи Ильиничны Милославской, первой супруги царя Алексея Михайловича, царицы Натальи Кирилловны (Нарышкиной), второй супруги царя Алексея Михайловича, несколько гробниц дочерей Михаила Федоровича и Алексея Михайловича. Здесь же погребена и царица Ирина Федоровна: она одна из фамилии Годуновых покоится в стенах Кремля.
За левым столпом подле западных дверей на левой стороне у стены: гробницы царицы Марии Владимировны (Долгорукой), первой супруги царя Михаила Федоровича, царевны Анны Алексеевны, старицы Иулианы, супруги боярина Романа Юрьевича Захарьина и матери известной добродетелью своей Анастасии, первой супруги Ивана Грозного.
В углу: гробница царицы Парасковьи Михайловны, супруги Грозного Александры Сабуровой, царевен Марии и Феодосии, дочерей царя Ивана Алексеевича.
У южных дверей: царевны и великой княжны Анны Михайловны, дочери Михаила Федоровича, По другую сторону дверей: царевны Татьяны Михайловны, дочери Михаила Федоровича.
В головах: гробница великой княжны Натальи Алексеевны, сестры императора Петра II, и тут же гробница родной сестры императрицы Анны Ивановны, Парасковьи. Тут же погребены супруга великого князя Софья Витовтовна и обе жены Ивана III — Мария Тверская и Софья Палеолог.