Подвалы под церковью — белокаменные, двухэтажные, с отдельными входами. Верхний подвал имеет слабое освещение через малые оконные просветы, нижний же совершенно темный; попасть в него можно только через особое замурованное отверстие с помощью приставной лестницы. Полагают, что именно здесь был заключен патриарх Гермоген; предположение это основано на польской брошюре, в которой говорится, что патриарх Гермоген заточен под церковью Архангела Михаила в Чудовом монастыре и ему ставили туда периодически ведро воды и куль овса. При открытии подвала в нем найдены железные вериги и несколько человеческих черепов и костей.
В Чудовом монастыре покоится немало бояр, вельмож прежнего времени и духовных лиц. Там погребены известный ученый, философ и мудрейший толкователь Священного Писания Епифаний Славинецкий[53], князья Трубецкие, Куракины, Хованские, Щербатовы, Оболенские, бояре Стрешневы, стольник Илья Морозов, последний царь казанский Симеон, отличавшийся своим разумом и дарованиями. Тут же погребены некоторые из московских митрополитов и, наконец, юродивый Тимофей Архипов. Все надгробные камни их украшены резными красноречивыми надписями о их значении и подвигах при жизни. Последняя надпись обращает на себя внимание. Вот она:
«1731 года мая в 29 день при державе Благочестивейшей Великой Государыни нашей Императрицы Анны Иоанновны, самодержицы всея России преставился раб Божий Тимофей Архипов сын, который, оставя иконописное художество, юродствовал миру, а не себе; а жил при Дворе Матери ее Императорского Величества Государыни Императрицы, Благочестивейшей Государыни, Царицы и Великой княгини Парасковии Федоровны двадесят осмь лет и погребен в 30 день мая».
Этот юродивый, заметим мимоходом, был весьма любим и почитаем не только самой царицей Прасковьей Федоровной[54], но и всеми ее приближенными. Между прочим, одна из Нарышкиных, Настасья Александровна, любимица царицы Прасковьи, по смерти юродивого Архипова получила в дар его бороду. В роду этой Нарышкиной борода сохранялась как святыня. С этой бородой было связано, по суеверному преданию рода, благосостояние всей семьи Нарышкиных и с утратой ее должен прекратиться род Нарышкиных. Действительно, борода юродивого как-то исчезла, и в год исчезновения ее один из старших Нарышкиных, Александр Иванович, вельможа времен Екатерины II, заболел недугом помешательства, который и свел его в могилу. После смерти его эта ветвь Нарышкиных действительно пресеклась.
Между прочими могилами тут находится и могила князя Никиты Юрьевича Трубецкого, известного генерал-прокурора в царствование императрицы Елизаветы. Пышная надпись гласит о его последовательном возвышении, значении и проч. Но при жизни этот человек был ненавидим Петербургом и Москвой. По рассказам современников, князь Трубецкой был человек непостоянный, подобострастный, коварный, жестоко обращавшийся с подсудимыми и собственноручно бивавший их. Жестокосердие его доходило до того, что он в комиссии для суда над Остерманом и Минихом подал голос о колесовании и четвертовании их живыми. Последние годы своей жизни князь Трубецкой жил в Москве и умер в 1768 году.