Рождества Иоанна Предтечи. В Боровицких воротах, куда перенесена после сломки старой церкви, находившейся на Кремлевской горе и построенной в то время, когда Москва готовилась быть столицей великого князя. Ее построил Иван Калита в 1321 году, и для ее стен был вырублен находившийся на Боровицком холме лес, или густой бор, почему она и получила название «на Бору». Когда св. Петр перенес престол свой из Владимира в Москву, а Успенский собор еще не существовал, тогда церковь Иоанна Предтечи была митрополичьей. Великий князь Василий Васильевич Темный вместо старой церкви, пришедшей в ветхость, построил новую, каменную, которая в пожаре 1492 года сгорела и обрушилась, при этом погибли и сокровища княгини, хранившиеся под церковью. В 1509 году великим князем Иваном III была сооружена новая церковь, опять каменная, которая и существовала до разборки ее в сороковых годах XIX века. При церкви находился придел во имя преподобного Варлаама Хутынского, который впоследствии, в царствование Ивана Грозного, переименован в честь св. мученика Уара, в день памяти которого в 1583 году родился царевич Дмитрий, почему церковь и известна более под именем Уара-мученика. Стоявший здесь храмовой образ сего святого, современный св. царевичу Дмитрию — Уару, с частицей его мощей теперь находится в приделе Архангельского собора. У старожилов московских долго велось изустное предание, что икона Св. мученика Уара была написана по обету матери царицы Марии Федоровны Нагой, в меру роста великого князя Уара — Дмитрия — в его младенчестве. Московские и углицкие сердобольные матери приходили к двум святым угодникам с грудными младенцами, молились и просили об исцелении болящих детей. У подножия иконы Св. мученика Уара лежал четырехгранный, известковой породы камень длиной почти с аршин, служивший ступенью для прикладывающихся к иконе. На этот камень во время молебна матери клали спеленутых младенцев, а иные и двухгодовалых детей.
Упраздненные соборы и церкви
Сретенский собор. Находился против церкви Спаса на Бору и основан первоначально великим князем Василием Дмитриевичем по случаю встречи на этом месте принесенного из Суздаля ковчега со Страстями Христовыми, находящимися потом в Благовещенском соборе. Сретенский собор разобран в 1801 году.
Собор Черниговских Чудотворцев. Храм был построен в 1577 году по повелению царя Ивана Васильевича Грозного и находился близ Константино-Еленских ворот. Он был построен по случаю принесения в Москву из Чернигова мощей князя Михаила и боярина его Федора, которые тогда и положены в нем. При царе Федоре Алексеевиче собор был перестроен, а в 1770 году, при Екатерине II, разобран, чтобы очистить место для предполагавшегося дворца, а мощи чудотворцев перенесены в Архангельский собор.
Собор Николая Чудотворца Гостунского. Был построен супругой Ивана III Софьей на месте подворья ханских баскаков близ Спасских ворот с целью выжить татар из Кремля. Церковь сперва была деревянная и носила название Николы Ельняного, так как построена была из елового леса. В 1506 году великий князь Василий Иванович построил на ее месте церковь каменную, перенеся в нее из села Гостуни Лихвинского уезда икону Николая Чудотворца, и церковь стала известна под именем Николы Гостунского. Храм этот был издревле предметом благоговения невест и женихов, которые приходили сюда после сговора, молились и записывали имена свои в особую книгу, как бы поручая себя через то ходатайству и заступлению великого угодника, В конце XVI века был здесь дьяконом Иван Федоров — первый московский типографщик. Собор разобран в 1816 году и перенесен на Ивановскую колокольню.
Церковь Петра Митрополита. Существовала в Кремлевской башне подле Свибловской стрельницы. Построена в начале XVII века, возобновлена царем Михаилом Федоровичем. Упразднена после 1812 года, когда башня была взорвана. Теперь башня уже новая.
Введения Богородицы. Находилась между Чудовым монастырем и Никольскими воротами. Построена в 1491 году. Разобрана при постройке здания Сената.
Входа в Иерусалим. Существовала на месте Арсенала и была в старину сборным местом стрельцов. Упразднена при построении Арсенала.
Евдокии Мученицы на Сенях. Была сооружена на месте теремов св. Евдокией. Упразднена при Алексее Михайловиче.