По информации источников, пожелавших остаться неназванными, управление службы безопасности НАТО предположительно было вовлечено в операцию «Гладио» (9). Расположенное в штаб-квартире НАТО в Брюсселе, секретное управление службы безопасности НАТО было неотъемлемой частью альянса с момента его создания в 1949 году. Это управление координирует, контролирует и проводит политику НАТО в вопросах безопасности. Директор службы безопасности, ведущий советник генерального секретаря по вопросам безопасности, руководит службой безопасности штаб-квартиры НАТО и является ответственным лицом за общую координацию служб безопасности внутри организации. Самое главное, что директор по безопасности является также председателем Комитета НАТО по вопросам безопасности, в котором руководители служб безопасности стран — членов альянса регулярно встречаются для обсуждения вопросов шпионажа, терроризма, диверсий и других угроз, включая угрозу коммунизма в Европе, который может также затронуть НАТО.
В Германии, как сообщил исследователь Эрик Шмидт Иэнбум, главы нескольких спецслужб Западной Европы — в их числе Испания, Франция, Бельгия, Италия, Норвегия, Люксембург и Великобритания — в конце 1990 года провели несколько встреч для разработки стратегии против распространения разоблачений сведений относительно «Гладио» (10). Наиболее вероятно, что эти встречи тайно проходили в стенах службы безопасности НАТО. «Тот факт, что секретные подразделения «Гладио» координировались международным комитетом, состоявшим исключительно из членов различных секретных служб, — размышляла португальская ежедневная газета Expresso, — приводит к другой проблеме, касающейся национального суверенитета каждого государства». Прежде всего той, что военные секретные службы во время холодной войны были в большинстве своем вне любого демократического контроля. Очевидно, что многие европейские правительства не контролировали свои спецслужбы, пока НАТО поддерживало хорошие отношения с военными спецслужбами всех членов ЕС. «Это означает, что НАТО следует доктрине ограниченного доверия. Суть подобной доктрины в том, что некоторые правительства не будут действовать против коммунистов, и следовательно, не стоит информировать их о деятельности секретных подразделений НАТО» (11).
Под заголовком «Манфред Вернер дает объяснения по поводу «Гладио» португальская пресса изложила дальнейшие подробности встречи руководства НАТО, которая состоялась 7 ноября. «Генеральный секретарь НАТО в Германии Манфред Вернер довел до сведения послов 16 стран — участниц НАТО, как функционировала тайная сеть, которая была основана в 1950-х годах для организации сопротивления в случае советского вторжения». За закрытыми дверями «Вернер подтвердил, что военное командование союзнических сил — штаб Верховного главнокомандующего Объединенными вооруженными силами НАТО в Европе — координировал деятельность сети «Гладио», которая была создана спецслужбами во многих странах НАТО, через комитет, созданный в 1952 году под председательством генерала Раймонда Ван Калстера, главы бельгийской военной секретной службы» (12).
Этот комитет, как позже выяснилось, был Объединенным комитетом НАТО по планированию секретных операций. «Вначале, еще до 1947 года, эта секретная организация («Гладио») была создана в Италии, затем аналогичные тайные организации были созданы во Франции, Бельгии, Великобритании, Голландии, Люксембурге, Дании, Норвегии, Греции», — сообщалось в газете. «Генеральный секретарь сообщил также, что штаб Верховного главнокомандующего Объединенными вооруженными силами НАТО в Европе предоставил «ложную информацию», когда его представители отрицали существование подобных сетей. Но в то же время представители упомянутого штаба отказались объяснить многочисленные противоречия, с которыми столкнулся ряд правительств, которые то подтверждали, то отрицали существования сетей «Гладио» в той или иной стране» (13).