3 июля в 14 ч кабинет министров Израиля принял окончательное решение о начале операции. В 15 ч в воздух поднялась группа самолетов — четыре «Геркулеса C-130» и два «Боинга-707». В первых летели коммандос и их автомашины. Один «Боинг» вез штаб и центр связи — он должен был все время находиться в воздухе и оттуда координировать действия отдельных групп. Другой «Боинг» представлял собой госпиталь с медперсоналом и стартовал два часа спустя.
В полном радиомолчании воздушная эскадра пролетела над Красным морем, затем снизилась и над самой землей преодолела Эфиопию и Кению, которые разрешили перелет. Над озером Виктория самолеты выполнили поворот и в 23 ч 01 мин первый из них коснулся колесами посадочной полосы в Энтеббе.
Перед приземлением была пущена в ход дезинформация: на аэродром направляется самолет из Израиля с освобожденными палестинцами, как того хотели террористы. Этого известия хватило, чтобы вызвать временное замешательство и ослабить на несколько минут бдительность похитителей и угандийских солдат.
Самолет еще не затормозил, а из грузового люка начали выезжать джипы с коммандос. С этого момента в их распоряжении было не более 55 минут — времени для прибытия крупных подкреплений из Кампалы. За первым «Геркулесом» приземлились и остальные. После этого был пущен в ход еще один трюк. Из самолета выехал сверкающий черный «мерседес», во всех деталях напоминавший личный автомобиль Иди Амина. Эту машину прекрасно знали по всей Уганде. Предполагалось, что когда он покажется, то вызовет типичную панику, возникающую при появлении главы правительства.
Две группы коммандос заняли позиции на взлетной полосе, а «мерседес» и два джипа ринулись к зданию аэропорта. Здесь они затормозили перед сторожевым постом. С этого момента события стали разворачиваться стремительно.
При виде «президентского» автомобиля оба часовых остолбенели, но оказались людьми сообразительными: взгляд на едущие сзади джипы — верно, как и сообщалось, везут палестинцев. Боевики из ООП одеваются так. Но почему они все вооружены? Угандийцы схватились за оружие, но было уже поздно. Из окон «мерседеса» прозвучали выстрелы — это полковник Натаньяху и сидящий за рулем коммандос стреляли в часовых из пистолетов «Беретта» с глушителями. Оба очень меткие стрелки на этот раз промазали! Один часовой бросился наутек. Короткая пулеметная очередь с первого джипа скосила второго солдата.
Коммандос из «Миткаль» во главе с майором Ботцером побежали к главному входу аэровокзала, откуда их начали обстреливать террористы. Коммандос ворвались внутрь здания и под гул выстрелов закричали заложникам на английском и иврите: «Израильская армия! Ложитесь! Ложитесь!»
В течение 15 секунд погибли самые опасные террористы. Однако не все заложники послушались предостережения: двое растерялись и погибли под перекрестным огнем. Одновременно через другой вход ворвалась вторая группа коммандос и натолкнулась на двух террористов. В руке одного из них была граната. Падая на землю, коммандос поразили его очередями из «Узи». Однако граната все же взорвалась, оба террориста погибли, двое израильтян были ранены. Другие коммандос расправились с угандийскими солдатами. Из 10 минут, отведенных по плану на захват главного здания, штурмовая группа затратила только 3 минуты!
Тем временем на всей территории аэродрома продолжался бой с остатками подразделений угандийских вооруженных сил. После посадки всех «Геркулесов» израильтяне вывели из них два бронетранспортера и заблокировали аэродром со стороны дороги в Кампалу. Одна из штурмовых групп с боем захватила башню управления полетами и радиостанцию аэропорта. Другая огнем из гранатометов уничтожила истребители, которые могли бы взлететь вдогонку за израильскими самолетами.
Te, кто захватил здания, обыскали помещения и забрали всех заложников. За акцией следил с воздуха на «Боинге-707» штаб Шомрона.
На 40-й минуте солдаты бригады «Голани», очистив территорию от угандийцев, начали посадку заложников в самолеты. На 53-й минуте первый С-130 с освобожденными пленниками поднялся в воздух. Через минуту взлетели и остальные самолеты.
Уже в последнюю минуту угандийцы пытались помешать взлету четвертого самолета, выключив все аэродромные огни. Тем не менее пилот взлетел вслепую (тренировки не прошли даром!). Операция в целом длилась 58 минут! А из Кампалы подкрепления так и не пришли.