Однако после рассмотрения всех трех версий комиссия заключила, что «прийти к точному и доказательно обоснованному выводу не представляется возможным, приходится лишь оценивать вероятность этих предположений, сопоставляя выяснившиеся при следствии обстоятельства».
Из возможных версий две первые комиссия в принципе не исключала. Что касается злого умысла, то даже установив ряд нарушений в правилах доступа к артиллерийским погребам и недостаток контроля за находившимися на корабле рабочими-ремонтниками, комиссия посчитала эту версию маловероятной.
Возможность злого умысла не подтверждал и адмирал А.В. Колчак, который уже спустя 15 минут после начала пожара прибыл на обреченный корабль. В своих показаниях после ареста Чрезвычайной следственной комиссией 24 января 1920 г. Колчак заявил: «Насколько следствие (комиссия морского министерства. — Примеч. авт.) могло выяснить, насколько это было ясно из всей обстановки, я считал, что злого умысла здесь не было.
Подобных взрывов произошел целый ряд за границей во время войны — в Италии, Германии, Англии. Я приписывал это совершенно непредусмотренным процессам в массах новых порохов, которые заготовлялись во время войны… Другой причиной могла явиться какая-нибудь неосторожность, которой, впрочем, не предполагаю. Во всяком случае, никаких данных, что это злой умысел, не было».
Иначе говоря, ни одна из выдвинутых комиссией версий не нашла достаточного фактического подтверждения.
Расследованием причин гибели «Императрицы Марии» также занимались тесно связанные в силу специфики своей деятельности и одновременно остро между собой конкурировавшие Севастопольское жандармское управление, возглавляемое полковником Редловым, и созданное по инициативе моряков в конце 1915 г. при штабе командующего Черноморским флотом самостоятельное контрразведывательное отделение, начальником которого был прикомандированный к Севастопольскому жандармскому управлению ротмистр Автамонов. Вместе с возложенной на отделение задачей по борьбе с «иностранным соглядатайством» в его ведение перешла и специальная агентура, которая содержалась до этого Севастопольским жандармским управлением на средства, выделяемые командованием Черноморского флота.
Сразу же после гибели линкора жандармское управление в Севастополе развертывает бурную деятельность — производятся обыски на квартирах и аресты 47-ми подозреваемых в причастности к взрыву лиц.
Через неделю после трагических событий Редлов, используя поступившие к нему от агентуры данные, в письме на имя начальника штаба командующего Черноморским флотом приводит возможные версии причин взрыва, не исключая при этом, что корабль был взорван шпионами. «В матросской среде, — пишет он, — определенно держится слух о том, что взрыв был произведен злоумышленниками с целью не только уничтожить корабль, но и убить командующего Черноморским флотом, который своими действиями за последнее время, а особенно тем, что разбросал мины у Босфора, окончательно прекратил разбойничьи набеги турецко-германских крейсеров на побережье Черного моря, кроме того, он своими энергичными действиями в этом направлении вызвал недовольство в командном составе, особенно у лиц с немецкими фамилиями, которые при бывшем командующем флотом (адмирале Эбергарде. — Примеч. авт.) абсолютно ничего не делали».
Однако ни одна из выдвинутых жандармами версий не набрала впоследствии достаточного количества фактов. Ход расследования осложнялся также и взаимными препирательствами между жандармским управлением Севастополя и контрразведывательным отделением штаба Черноморского флота, которому было поручено расследовать причины этого взрыва.
Подоплека препирательств, очевидно, заключалась в том, что созданное в ходе войны контрразведывательное отделение полностью оттеснило от ведения дел по шпионажу жандармское управление. В письме директору департамента полиции Редлов, резко отрицательно отзываясь о деятельности начальника севастопольской контрразведки, высказал мнение о его полной несостоятельности в расследовании причин гибели «Императрицы Марии». Эти межведомственные «разборки» свели к нулю попытки установить истину.
Новые документы, уже из архивов советской контрразведки, свидетельствуют о пристальном внимании к «Императрице Марии» и другим кораблям Черноморского флота военной разведки главного противника России в Первой мировой войне — Германии. Вполне возможно, что лица, о которых пойдет речь, имели отношение к гибели корабля.