Алтайские партизаны в массовом порядке истребляли лояльных властям зажиточных казаков. 3 сентября 1919 г. партизаны М. Назарова зарубили 116 казаков, взятых в заложники после сдачи центральной на Бийской казачьей линии станицы Чарышской; уничтожению подверглись также маральевские и слюденские казаки-заложники. Из оставшихся 228 пленников, втиснутых в нарочито маленькое помещение, в течение ночи задохнулось 50 чел. Всего партизанами с исключительной жестокостью было разгромлено 10 из 19 населённых пунктов Бийской линии, что предопределило ответный террор со стороны казаков (12). Общими для действий партизан были повальное ограбление сельского населения (особенно нерусского), насилия над женщинами, погромы церквей. В Горном Алтае партизаны, добывая припасы, лошадей и оружие, повсеместно грабили и уничтожали коренное население, вырезая целые деревни, особенно в южных районах, прилегавших к границе с Монголией. Как сообщал в 1925 г. в письме Сталину местный большевик и бывший глава Кош-Агачского аймисполкома Н. М. Адаев, после изгнания Колчака партизаны продолжали терроризировать алтайцев и казахов. В сентябре 1920 г. прибывшие из Монголии 30 жителей с. Черно-Ануй были зарублены местными партизанами, присвоившими затем их земельные наделы. Жители урочища Ши-шихман Онгудайской волости были разогнаны и частью перебиты, а деревню заселили партизаны из Бело-Ануя, грабившие её ещё в 1919 г. Аналогичная участь постигла население д. Аюл Чемальской волости, а д. Керзюн Шебалинского аймака была в 1922 г. "совершенно вырезана". Все эти преступления остались безнаказанными. Насилия над коренным населением Горного Алтая привело к тому, что оно активно поддержало многочисленные мятежи 1920-1922 гг. По сведениям Адаева, туземное население Алтая с 1919 по 1925 г. сократилось из-за террора (преимущественно красного) и вынужденной эмиграции с 90 до 37 тыс. чел. (13).Для Восточной Сибири и Дальнего Востока дикие партизанские расправы также были обычным явлением. Командовавший в 1920 г. Восточно-Забайкальским фронтом и 1-м Забайкальским корпусом казак Я. Н. Каратаев, воевавший с семёновцами, отличался крайней жестокостью и практиковал "красный бандитизм". Особую свирепость партизаны проявили на Сахалине. В последний день февраля 1920 г. партизанская армия Я. И. Тряпицына вошла в Николаевск-на-Амуре, после чего последовал безбрежный террор против всех слоев населения. Аналогично Тряпицын действовал и в отношении своих соратников: по словам воевавшего в его отряде А. А. Зинкевича, партизаны "расстреливались направо и налево". Белые власти официально констатировали, что с 1 марта по 2 июня 1920 г. "...представители советской власти в [Сахалинской] области расстреляли, закололи, зарезали, утопили и засекли шомполами всех офицеров... громаднейшую часть интеллигенции, много крестьян и рабочих, стариков, женщин и детей. Новая власть одной рукой расправлялась с "исторической контрреволюцией", а другой разоружала многочисленные формирования анархически настроенных партизан, претендовавших на положение хозяев в очищенных ими от колчаковцев районах и недоумевавших, почему советская власть препятствует им свободно истреблять белых "гадов". Большевики активно использовали партизан как "чистильщиков" огромных сибирских территорий, привлекая их в милицию и органы ЧК, предпочитая при этом зачастую закрывать глаза на бандитизм, мародёрство и самосуды. Партизанских вожаков стремились привязать, давая ответственные политические поручения, вроде участия в суде над министрами Колчака. С другой стороны, постоянным фоном начала 20-х годов были широкие репрессии против командного состава партизан. Сама же масса красных повстанцев считалась анархической и неблагонадёжной. Опасение по поводу возникновения сибирской "махновщины" как раз и определяло отношение коммунистических властей к своим недавним боевым союзникам. Получается, что жители отдыхали от веков угнетения и не могли отдохнуть. Революция завоевала Сибири новые сны и главной профессией сделала душу.