Наконец, в 1893 году по рекомендации Чайковского Ипполитова-Иванова приглашают в Москву на должность профессора музыкально-теоретических дисциплин и композиции Московской консерватории. Спустя годы он еще несколько раз вернется в Тифлис для решения организационных задач Тифлисской консерватории, и, надо отдать должное, деятели грузинской музыкальной культуры сохранят о нем добрую память, может быть, даже более бережно, чем их российские коллеги. Его до сих пор чтят как одного из основателей собственной музыкально-педагогической школы Грузии.
И все же основная часть дальнейшей жизни композитора связана с Москвой. Скоропостижная смерть Чайковского в октябре 1893 года возлагает на Ипполитова-Иванова негласные моральные обязательства продолжать его традиции. В Москве композитор совмещает собственно творчество, преподавание в консерватории и работу в должности дирижера капеллы Русского хорового общества, которую он занимал в период 1895–1901 годов, а также дирижирует концертами московского отделения ИРМО и преподает в Синодальном училище церковного пения.
К периоду 1900–1915 годов относятся лучшие хоровые произведения Ипполитова-Иванова, которые еще в большей мере, чем оркестровые, следуют музыкальной традиции Чайковского, в том числе получившая широкую известность Литургия Святого Иоанна Златоуста (1904) и другие духовные хоры. Литургию самого Чайковского, как мы помним, современники приняли далеко не сразу, она была под запретом для исполнения в храмах до самой смерти композитора. И вообще к тому, что «светский» композитор пишет для церковной службы, общественность привыкала очень медленно. К временам Ипполитова-Иванова это уже не было новаторством, поэтому он смело взялся за канонические тексты и, как и во всем остальном, достиг отличных результатов за счет старательной гармонизации и врожденного чувства мелодии. Композитор умышленно постарался сделать некоторые песнопения простыми, доступными для исполнения провинциальными и даже сельскими хорами.
В своих духовных хоровых сочинениях Ипполитов-Иванов, с одной стороны, руководствуется принципами, характерными для всей традиционной русской хоровой композиторской школы: его произведениям свойственна четкость линий, простота и, если можно так выразиться, эргономичность голосоведения, позволяющая певцам любой партии чувствовать свой текст как мелодию с собственным смыслом. Не чужды композитору и определенные новации, свежие и нешаблонные гармонии, которые еще дальше, чем произведения Чайковского, отводили духовное сочинение от чисто церковной музыки и придавали, ему высокохудожественное, слишком светское, по тогдашним меркам, звучание. Светлая, легкая, чаще мажорная музыка резко отличает сочинения Ипполитова-Иванова от тоскливо-депрессивных духовных опытов сочинений его современников, что не всегда поддерживалось церковными деятелями. Но это, безусловно, до сегодняшнего дня находит отклик в душе слушателя, в том числе при концертном исполнении. К слову сказать, композитор написал немало и светской хоровой музыки, не только миниатюр, но и произведений более крупной формы.
Тем временем девятнадцатый век подходил к концу, и на политическом небосклоне понемногу собираются тучи. В мае 1896 года состоялась коронация Николая II, по случаю которой Ипполитов-Иванов написал свою «Коронационную кантату».
В 1899 году его пригласили к сотрудничеству со знаменитой театральной антрепризой — Товариществом русской частной оперы Саввы Мамонтова, правда, переживавший в тот момент не лучшие свои времена. Его первой постановкой в театре стала мировая премьера «Царской невесты» Римского-Корсакова (22 октября 1899, с Н. Забелой в роли Марфы). Это произошло уже без Мамонтова, который, из-за грандиозного скандала и интриги между министром путей сообщения Н. Муравьевым и министром финансов С. Витте, был обвинен в крупной недостаче и 11 сентября арестован (Савва Иванович, как известно, вел крупную предпринимательскую деятельность)! Но еще до этого 6 сентября в спектакле текущего репертуара «Фауст» состоялась знаменательная первая творческая встреча на этой сцене дирижера с великим русским певцом Ф. И. Шаляпиным, впоследствии ставшим его другом, с которым он вел обширную переписку. Судьба предоставила возможность Ипполитову-Иванову еще несколько раз выступить с Шаляпиным, пока тот не покинул труппу и не поступил: на службу в Большой театр. Это были «Князь Игорь» (12 сентября), «Псковитянка» (17 сентября), «Жизнь за царя» (19 сентября) и вновь «Борис Годунов» (21 сентября, этот спектакль стал последним выступлением. Шаляпина на этой сцене).
После ареста Мамонтова административно частную труппу возглавила соратница Мамонтова К. Винтер. Творческая, жизнь коллектива продолжалась. Здесь вскоре состоялась премьера оперы самого Ипполитова-Иванова «Ася» {1900). Он дирижировал также операми «Кавказский пленник» и «Сын мандарина» Ц. Кюи, «Мазепа» и «Пиковая дама» П. Чайковского, «Тангейзер» Р, Вагнера и др. При его участии были осуществлены. мировые премьеры «Сказки о царе Салтане» Н. Римского-Корсакова (21 октября 1900, с историческими декорациями художника М. Врубеля, ведущие партии исполняли Н. Забела, А. Секар-Рожанский, Е. Цветкова) и. «Кащея Бессмертного» (12 декабря 1902).
Затем, после распада проекта Мамонтова, он перешел в частную оперу С. И. Зимина, объявившего себя продолжателем традиций Товарищества. В распоряжении Ипполитова-Иванова оказывается огромный, по меркам частного театра, творческий коллектив: 80 человек хора, 80 человек оркестра и 30 человек балетной труппы. Кроме того, сильной стороной театра стало сотрудничество с ведущими художниками, включая П.П.-Кончаловского, А. М. Васнецова, В. Д. Поленова, В. А. Серова и др.
Здесь Ипполитов-Иванов дебютировал, как, дирижер в опере Римского-Корсакова «Майская ночь» (1904). Несколько лет занимал пост главного дирижера театра. Под его руководством осуществлена российская премьера оперы «Заза» Руджеро Леонкавалло (1904). Дирижировал также операми «Кармен» Ж. Бизе, «Орлеанская дева», «Чародейка» и «Черевички» П. Чайковского, «Сказка о царе Салтане» Римского-Корсакова (1906). Был руководителем постановок своих опер «Ася» и «Измена» (обе — 1910). Уже после революции он осуществил советскую премьеру-оперы «Мазепа» П. И. Чайковского.
После переезда в Москву Ипполитов-Иванов в 1900 году написал оперу «Ася» по произведению; И. С. Тургенева, либретто Н. Маныкина-Невструева. Художником данной постановки был сам Михаил Врубель.
Подобно «Евгению Онегину» Чайковского, опера «Ася» названа «лирическими сценами». В принципе, сюжету тургеневской повести о несчастной любви девушки Аси, незаконнорожденной дочери небогатого помещика от-горничной, к удалившемуся от света пресытившемуся повесе, можно было придать и характер социальной драмы, как «Травиата» или. «Манон Леско». Но Ипполитов-Иванов проигнорировал шанс придать произведению социальную остроту и предпочел сделать именно сугубо бытовые лирические сцены — минорные, с изящными мелодическими ходами! и меланхолическими вздохами.
Ариозо Аси «Что ответит он» вошло в хрестоматии для обучения певиц-сопрано как образец чувственного музыкально-драматического произведения, раскрывающего душевные волнения русской лирической repoини. Но, — безусловно, оно очень сильно перекликается со сценой письма Татьяны Онегину — и по смыслу, и по музыкальным подходам.
Но не только лирические номера-стали «хитами» после премьеры. Действие оперы происходит с нашими соотечественниками в Европе, поэтому вторым планом проходит тематика западноевропейских студенческих — застольных песен. В частности, в хоре студентов цитируется знаменитый «Gaudeamus». Кроме того, хорошо известна и нередко исполняется на концертах Баллада о Лорелее для меццо-сопрано.
Не менее популярной стала застольная для баса-профундо, более известная в литературе как «Песня старого бурша». По сюжету оперы номер воспроизводит жанр старинных немецких застольных, так называемых «пьяных песен». Залихватский бас, не без известного технического риска, рисует образ веселого пьяницы, мало похожего на немца, а скорее в духе князя Галицкого из «Князя Игоря» или Варлаама из «Бориса Годунова». Благодаря своей эффектной зрелищности и смысловому соответствию, тайным устремлениям русской души, забавная песенка моментально и надолго перекочевала с оперной сцены в басовый концертный репертуар.