Именно сотрудничество с частными театрами побудило Ипполитова-Иванова вновь взяться за создание собственных опер. Кроме того, он широко использовал возможности частного театра для «реанимации» тех опер своих учителей, которые не имели должного успеха в императорских театрах. К их числу следует отнести оперы Чайковского «Чародейка», «Мазепа» и «Черевички». Также именно им были осуществлены мировые премьеры «Кащея Бессмертного», «Сказки о царе Салтане» (с декорациями М. А. Врубеля) и «Царской невесты» Римского-Корсакова.
Революция 1905 года многое перевернула в российском укладе, вихри перемен не обошли стороной и Московскую консерваторию. На волне демократических веяний состоялись первые выборы ректора. Вместо прежнего ректора В. И. Сафонова, человека эффективного, но властного, жесткого и конфликтного, общественность, определенно, должна была выбрать либерала. Добросовестный, воспитанный, не идущий на конфронтацию с коллегами и пытающийся в любом увидеть хорошее Ипполитов-Иванов как нельзя лучше подходил на эту роль. Избранный в 1906 году в угоду политической конъюнктуре, он на этом посту закрепился и проработал более полутора десятков лет, проявив неординарные организаторские и административные способности.
Руководящая работа, хотя и существенно ограничивает Ипполитова-Иванова во времени, тем не менее, не заставляет его прекратить композиторскую деятельность, и в 1907 году выходит его единственная симфония. Кроме того, обширные административные возможности позволяют реализовывать ранее невиданные по масштабам проекты. В частности, Ипполитов-Иванов организует первое исполнение в России 9 марта 1913 года «Страстей по Матфею» И. С. Баха сводным хором Русского хорового общества.
В 1910 году появилась следующая опера «Измена», в которой Ипполитов-Иванов обращается к жанру исторической драмы.
Автор либретто А. И. Сумбатов (Южин) — потомок кавказских князей, друг Чехова, сам не только драматург, но и талантливый актер и, в целом, весьма значимый для своего времени театральный деятель — первоначально написал свою историческую трагедию «Измена» или «Перевалы Кавказа» (1903 г.) как пьесу для драматического театра. Главная роль Зейнаб писалась для самой великой Марии Николаевны Ермоловой. Но, несмотря на успех у зрителей, критикам пьеса не понравилась, они усмотрели в ней «не высокое литературное достоинство» и лишь «канву» для актерских интерпретаций. В итоге ее преобразовали в оперное либретто.
Действие оперы происходит в XVI веке в Грузии, в эпоху завоевания ее персами. В Грузии правит наместник шаха — жестокий Солейман-хан. Двадцать лет назад он захватил не только власть, но и жену убитого им последнего царя Грузии Теймураза — Зейнаб. Она мечтает о мести, и роль мстителя возлагает на своего сына Эрекле, воспитанного в крестьянской семье вдали от двора наместника. — Однако самого Эрекле больше волнует любовная страсть к прекрасной рабыне Рукайе, ради которой он предает заговорщиков. И только в последний момент он вспоминает о патриотическом долге и, раскаявшись, смертью искупает предательство. Победа над Солейманом не искупает горя Зейнаб, которая закалывается над трупом сына.
Как и оперу «Азра», «Измену» можно отнести к ряду условно восточных произведений Ипполитова-Иванова, но это уже более серьезная попытка создать историческую музыкальную драму, в которой немалое место занимает хор, включены масштабные балетные номера. Самый известный номер оперы — ария Эрекле, весьма полюбившаяся лирическим тенорам начала XX века — также перешла впоследствии в концертный репертуар.
«Оле из Нордланда», поставленная в 1916 году в Большом театре, — последняя опера, которую композитор успел создать до революции. В основе либретто — повесть норвежского автора М. Иерсена о жизни северных рыбаков, главная сюжетная линия — трагическое любовное противостояние бедного рыбака и богатого трактирщика. В основном, опера дошла до репертуара современных певцов в виде концертных фрагментов арий и ансамблей главных героев.
Он продолжает работу и в камерном жанре. Создается немало произведений для камерного ансамбля, как лирических романсов общепринятой стилистики, так и достаточно нетрадиционных по инструментальному составу, например необычные сочетания арф, духовых инструментов и вокальных партий.
Консервативный в том, что касается оперной и симфонической музыки, Ипполитов-Иванов не боялся экспериментировать на камерном уровне. Нельзя отрицать влияние, которое оказала на камерные сочинения супруга композитора — первая исполнительница многих произведений, обладавшая камерным лирическим сопрано. Легкий, полетный стиль исполнения певицы стал общим стилем вокальных миниатюр Ипполитова-Иванова. Наиболее популярными до наших дней остаются циклы «Пять японских песен» и «Четыре стихотворения Рабиндраната Тагора». К последнему относится жемчужина камерного творчества композитора — романс «И руки льнут к рукам». Мелодичная, волнующая, тонкая, пронизанная скрытым эротизмом музыка совершенно не похожа на традиционный стиль русского романса, с его поверхностно-показными страстями.
Октябрь 1917 года позиций Ипполитова-Иванова у руля Московской консерватории не поколебал, он прослужил в руководящей должности до 1922 года. Много сил профессор и его супруга отдали становлению оперного класса в Московской консерватории, он же во многом предопределил основы народного театра и принципы развития самодеятельных музыкальных коллективов. А вот от сочинения лирических опер, когда кругом была объявлена война всему «мещанскому», пришлось навсегда отказаться. Нельзя было продолжать и сочинение духовной музыки. Хоровое направление работы композитора было не то что совсем приостановлено, но приобрело некоторый вспомогательный характер по отношению к основной деятельности — музыкально-педагогической. В частности, разрабатывая принципы обучения советских хормейстеров, он написал несколько пионерских песен для детского хора — «Два поколения», «Гимн ТРУДУ» и т. п.
В 1917 году Ипполитов-Иванов вместе с Варварой Михайловной организовал Вокальную студию им. П. И. Чайковского, в которой занималась рабочая молодежь. В 1922–1923 годах здесь были поставлены: «Свадьба Фигаро», в 1925–1926 — «Снегурочка», в 1926–1927 — «Так поступают все», в 1927 — «Хованщина», в 1928 — «Черевички» и «Евгений Онегин».
Фактически, за исключением небольшого числа оркестровых и вокально-хоровых произведений, после революции Ипполитов-Иванов больше ничего не пишет, окончательно сосредоточившись на административной и педагогической деятельности. Послужила ли тому причиной огромная занятость как руководителя, возраст, а может, неосознанное внутреннее психологическое сопротивление, нежелание перестраиваться на новые идеологические рельсы — сейчас уже трудно судить. Но, тем не менее, к сочинению музыки профессор заметно остыл.
В 1922 году Ипполитов-Иванов получает звание народного артиста Республики и возглавляет Всероссийское общество писателей и композиторов. Он покидает консерваторию, которую в последующие годы возглавляют его бывшие ученики. Наивысшие регалии нового государства предоставляют ему шанс реализовать давнюю мечту — встать за дирижерский пульт Большого театра, ставшего к тому времени главной столичной музыкальной сценой.
Для Большого театра Ипполитов-Иванов делает множество фундаментально значимых вещей. В частности, в инструментовке Ипполитова-Иванова впервые в Москве прозвучала не исполнявшаяся ранее сцена «У Василия Блаженного» из оперы Мусоргского «Борис Годунов».
Конечно, нет смысла отрицать определенное влияние, которое оказали на композитора перемены культурной конъюнктуры. Предпочитающий не ссориться ни с какой властью, он без проблем согласился привнести в свое творчество элементы новой советской идеологии, за что был очень высоко оценен «пролетарскими» критикам.
Юбилейный (Ворошиловский) марш, написанный в 1931 году к 50-летнему юбилею героя гражданской войны, наркома обороны Клима Ворошилова, отчасти стал образцом возврата к раннему тифлисскому стилю оркестровых произведений Ипполитова-Иванова, хотя и на новой, переосмысленной основе. Как и «Шествие сардара», это марш, больше похожий на танец или оркестровый концерт, мелодичный и звонкий.