Так было в 1693 и 1694 годах, когда Петр ездил в Архангельск смотреть большие торговые корабли на море. Так было и во время летних воинских маневров, и во время походов под Азов летом 1695 и летом 1696 годов. Так, наконец, было и в начале марта 1697 года, когда 250 человек отправились за границу в составе так называемого Великого посольства.
Великими послами именовались три человека — Франц Лефорт, Федор Алексеевич Головин и Прокопий Богданович Возницын, но фактически возглавлял посольство сам Петр, скрывавшийся под именем Петра Михайлова. Его сопровождал и бомбардир Преображенского полка Александр Меншиков, получивший свой чин четыре года назад и сравнявшийся в чине с Петром — бомбардиром того же полка.
С 1693 года Меншиков сопровождал Петра повсюду, безотлучно находясь при нем и становясь, по мнению многих, возможным соперником Лефорта. Однако умный и осторожный Меншиков предпочитал дружить с любезным Францем Яковлевичем и терпеливо ждал своего часа.
Путешествуя со своими спутниками по европейским странам — Курляндии, Пруссии, Бранденбургу, Голландии, Англии, Австрии, — Петр, изучая западную культуру и науку, исподволь готовил и перемены в личной жизни. Он поручил дяде Льву Кирилловичу Нарышкину и боярину Тихону Никитичу Стрешневу во время его отсутствия склонить Евдокию Федоровну к добровольному принятию монашества. Вторую часть своего плана Петр утаил: после пострижения Евдокии и заточения ее в монастырь он хотел жениться на Анне Монс. Однако Нарышкин и Стрешнев в этом деле не преуспели.
Все вроде бы шло хорошо, как вдруг заботы о семейных делах отступили на второй план: в середине августа 1698 года Петр получил известие, что в Москве произошел еще один стрелецкий бунт. В тот же день он оставил Вену и 25 августа уже примчался в Москву.
Летя в Москву, Петр уже знал, что мятеж, вспыхнувший 6 июня, был подавлен через две недели и что были казнены 57 главных его заводчиков, а четыре тысячи участников сосланы. Однако этого ему показалось совсем недостаточно, и он решил начать новое следствие. Оно привело на плаху и виселицу более тысячи человек, сотни стрельцов были изувечены, брошены в тюрьмы, усланы в медвежьи углы царства.
«Царь, Лефорт и Меншиков взяли каждый по топору. Петр приказал раздать топоры своим министрам и генералам. Когда же все были вооружены, всякий принялся за свою работу и отрубал головы. Меншиков приступил к делу так неловко, что царь надавал ему пощечин и показал, как должно отрубать головы», — писал позже саксонский посланник Георг Гельбиг.
Александр Данилович, способный к любому делу, тут же, на глазах у царя, немедленно исправился и к концу дня отрубил двадцать стрелецких голов, да еще и пристрелил одного из колесованных, чтобы прекратить его мучения. Последнее милосердное деяние произвел он, впрочем, не по собственной инициативе, а по приказу Петра. Как-то Петр с гордостью сказал, что он знает четырнадцать ремесел. Если это и так, то еще одно ремесло — ремесло палача — он тоже хорошо знал.
Петр лично участвовал в допросах и пытках, организовывал казни, но между этими занятиями не забывал и о своих личных делах.
Побывав в первый же день по приезде у Анны Монс, он лишь через неделю встретился с Евдокией. Причем не в ее кремлевских покоях и не у себя, а в доме одного из своих приближенных, думного дьяка Андрея Андреевича Виниуса. Разговор с женой ни к чему не привел — Евдокия наотрез отказалась уходить в монастырь и в тот же день попросила о заступничестве патриарха Адриана.
Патриарх заступился за царицу, но Петр накричал на семидесятилетнего иерарха, заявив, что это не его дело и он, царь, никому не позволит вмешиваться в свои семейные дела.
Через три недели Евдокию Федоровну посадили в закрытую карету, и два солдата-преображенца отвезли ее в Суздаль. Есть свидетельство, что Петр даже хотел казнить Евдокию, но за нее заступился Лефорт и дело ограничилось заточением в монастырь.
Ее силой постригли под именем Елены и, не обращая внимания на крики и слезы, заперли в тесную келью Покровского девичьего монастыря. Ей не дали ни копейки на содержание, и она была вынуждена просить деньги у своих опальных и обнищавших родственников: «Здесь ведь ничего нет: все гнилое. Хоть я вам и прискушна, да что же делать. Покамест жива, пожалуйста, поите, да кормите, да одевайте, нищую».
Со временем дела Евдокии немного наладились — родственники сумели установить с ней связь через ее духовника и местного архимандрита Досифея и стали регулярно пересылать ей деньги и вещи. Окружавшие несчастную царицу монахини прониклись к ней искренним сочувствием. Особенно тяжело переживала опальная царица разлуку с любимым сыном.