В целом программа Гюйссена выглядит логичной и достаточно насыщенной. В отличие от программы обучения царя Фёдора Алексеевича, составленной в духе схоластики с упором на латынь и гуманитарные науки, образование Алексея Петровича должно было иметь практический уклон — основное место уделяется естественным наукам, а изучение латыни не предполагалось вовсе. Главным же недостатком программы является не её содержание, а весьма короткий срок — всего два года, которые барон Гюйссен отводил на её реализацию.
Впрочем, может быть, педантичный немец и преуспел бы в своём деле, если бы не вмешательство царя. Не считаясь с «учебным планом» сына, Пётр вызывает его в действующую армию, для того чтобы тот на деле познал солдатскую науку. Пятнадцатилетним юношей царевич в чине рядового солдата участвует в штурме Ниеншанца (1703 год), и во второй осаде Нарвы (1704 год). Участие в военных действиях одновременно и государя, и наследника престола создавало большой риск для страны, поэтому в дальнейшем царь не привлекал Алексея к участию непосредственно в боевых действиях.
Участие в войне было не единственной причиной, помешавшей царевичу нормально завершить образование. Уже в 1705 году царь отправляет барона Гюссена за границу с дипломатическим поручением, а наследник оказывается предоставлен самому себе. Его «воспитатель» Меншиков занимается строительством Санкт-Петербурга, отец тоже часто находится в отъезде… Чтобы заполнить свободное время, Алексей увлекается токарным ремеслом, к которому был неравнодушен и его отец.
К 1707 году относится первое свидетельство о конфликте отца и сына. Поводом послужило то, что Алексей, несмотря на строгий запрет отца, посетил мать, о чём Петру донесла его сестра царевна Наталия Алексеевна, которой племянник имел неосторожность довериться. Царь жестоко выбранил сына за этот поступок, выразив своё крайнее неудовольствие. Уже это столкновение показывает, насколько по-разному его участники смотрели на одно и то же. Пётр полагал, что, нарушая запрет на посещение его бывшей супруги, царевич бросает ему вызов, пренебрегая царской волей. Алексей, в свою очередь, просто хотел посетить мать, которую очень любил.
Отметим и ещё одну особенность ситуации — царь выражает своё недовольство наследником на основании доноса.
Начиная с 1708 года Пётр поручает Алексею выполнение разного рода заданий, связанных с обеспечением армии продовольствием, набором рекрутов, представительскими функциями и т.д. Как отмечает Н.И. Павленко, в течение десяти лет (1707–1716) переписка между отцом и сыном носит почти исключительно деловой характер. По содержанию писем можно узнать и о полученных царевичем заданиях, и об усердии, с котором он их выполнял. Для нас важно отметить два момента — царевич не был включён отцом в круг своих ближайших соратников, тех, кого потом назовут «птенцы гнезда Петрова», с порученными ему заданиями царевич в целом справлялся — претензии царь высказывал ему редко.
В 1710 году царь осуществляет своё намерение и отправляет наследника для продолжения образования за границей. На первый взгляд такое решение может быть оправданно — в пределах России существовали только два высших учебных заведения, и специализировались они в богословии (Академия имени Петра Могилы в Киеве и Славяно-греко-латинская академия в Москве). Поэтому направление наследника на учёбу в один из университетских городов, этих интеллектуальных центров тогдашней Европы, было бы весьма целесообразно.
Но Алексей по воле отца отправился в столицу союзной Саксонии — Дрезден, где его образованием занялись всё те же нанятые учителя. То есть по сравнению с пребыванием в России его образование не претерпело существенных изменений. Зато царь мог всем и каждому показывать, как он стремится в Европу.
Впрочем, пребывание царевича в Саксонии имело и ещё одну цель — государь решил наследника женить, и женить в Европе. По-видимому, Пётр хорошо запомнил трагические события своего детства и решил прекратить практику женитьбы государей на собственных подданных. Искать спутниц жизни им отныне надлежало среди равных себе, то есть государей христианского мира. Однако при этом царь пренебрёг собственным горьким опытом женитьбы по чужому выбору, для своих детей и племянников он выбирал невест и женихов сам, исходя исключительно из политических соображений. Стоит ли удивляться, что из четырёх устроенных Петром Алексеевичем династических браков только один (брак его старшей дочери Анны) оказался более-менее удачным.