Так, в новых воеводствах, по мере освоения Сибири, складывался феодально-бюрократический аппарат. Кроме штатных чиновников административной службы, при съезжей избе состояли выборные от русской части населения целовальники, привлекавшиеся к охране казны и запасов, а также заключенных. Судопроизводство вершилось по усмотрению воеводы.
Из всех якутских воевод заслужил наиболее отрицательную оценку современников самый первый из них по времени пребывания, Петр Петрович Головин, пробывший на Лене в течение пятилетнего периода. Источники характеризуют его как человека крутого, подозрительного, надменного и корыстолюбивого. От его жестокости пострадали многие служилые люди, ставшие жертвой его подозрительности и изведавшие застенок. Давая оценку жестокостям воеводы, авторы книги очерков «Якутия в XVII веке» пишут: «Головин, несомненно, отличался исключительной жестокостью, поражавшей даже современников, но и самый метод следствия и даже формы пыток были не им изобретены и являлись обычным в то время». Столь же жестоким было средневековое судопроизводство и в западноевропейских странах, а пытка служила обычным средством дознания. Особенно свирепствовали инквизиционные церковные суды в католических странах, перед которыми меркнут все жестокости якутского воеводы.
Не избежал воеводского гнева и пыточной избы даже будущий герой амурского похода Ерофей Павлович Хабаров. Дежнева сия горькая чаша миновала только потому, что он во время воеводства Головина находился преимущественно в походах вдалеке от Якутска и с воеводой непосредственно почти не сталкивался.
От преследований и тюрьмы не спасала и поповская ряса. Подозревая якутское духовенство в сговоре со своими противниками, мнительный Головин проникся к нему недоверием. Был схвачен и брошен в оковах в тюрьму иеромонах Симеон, личный духовник воеводы. Другого священника, Стефана, тоже держали в тюрьме. Воевода разрешал его отпускать на время лишь для отслужения треб. Отслужив панихиду или окрестив младенца, злополучный Стефан снова препровождался под конвоем в камеру. Священника Порфирия сковали в колоде большой нашейной цепью и водили в застенок, где подымали на дыбу. Церковные службы в городе почти прекратились.
В XVII веке православная церковь в Восточной Сибири обслуживала преимущественно русское население. Кроме Якутска, лишь в нескольких наиболее людных поселениях и острогах были церкви или часовни. Возводились они исключительно из дерева, повторяя выразительные черты деревянного зодчества русского Севера. Пока перед духовенством не ставилась цель широкой миссионерской деятельности. «Церковь в Сибири не была призвана в XVII в. воздействовать на туземное население путем принудительного крещения, — писали авторы работы «Якутия в XVII веке». — Более того, правительство неодобрительно смотрело на принятие туземцами христианства. Это объяснялось опасением, что крещение может привести к русификации ясачных люден и отказу их от охотничьих промыслов. В условиях Сибири церковь была необходима для царского правительства главным образом для воздействия на русских колонистов, в частности, на буйных служилых людей, которых не всегда было легко держать в узде одними средствами принуждения». Все же случаев обращения якутов в христианство было немало, особенно среди тех, кто оказывался в родстве с русскими или поступал на русскую службу. Обращение в христианство обычно носило внешний, формальный характер. Выкрест, то есть крещеный якут, продолжал придерживаться своих традиционных верований и обрядов, но при этом посещал церковь, желая извлечь из этого определенные для себя выгоды. Крестились, как правило, якутки, становившиеся женами русских. Но основная масса якутов продолжала в XVII веке придерживаться своих верований. Еще в большей мере это относилось к эвенкам, эвенам и юкагирам.
Служилые и торговые люди не намерены были молча сносить обиды и злоупотребления воеводы. Они писали на него жалобы, перечисляя все его лихости и прегрешения, и слали в Москву. Головин опасался жалоб и старался вылавливать жалобщиков и наказывать их лото. По повелению воеводы таможенные заставы досматривали караваны, трясли с пристрастием все грузы, чтобы обнаружить тайные грамоты, обличающие Петра Головина. И все же грамоты доходили до Москвы с купцами, со служилыми людьми, сопровождавшими соболиную казну. Беспредельна была всеобщая ненависть к жестокому воеводе. Рискуя многим, люди зашивали письма-жалобы в одежду, тайники и довозили. Сибирский приказ оказался осведомленным об обстановке в Якутске.
Поток жалоб встревожил московское правительство и заставил его поспешить с заменой Головина Василием Никитичем Пушкиным. Он не был прямым предком великого поэта, но представлял тот же старинный дворянский род. Колоритной в своем роде фигурой был третий якутский воевода Дмитрий Андреевич Францбеков (Ференсбах, 1649–1651), выходец из ливонских немцев, принявший православие. Человек деятельный, не лишенный организаторских способностей, он направлял экспедиции для открытия новых земель. Вместе с тем это был цепкий ростовщик, корыстный взяточник, изобретательность которого в изыскании новых источников личного обогащения поистине не знала предела. В целях вымогательства взяток у торговых и промышленных людей Францбеков практиковал под всякими предлогами задержку в выдаче разрешений на выезд на промыслы. Рискуя упустить сезон навигации и благоприятное время для охоты, купцы и начальники промысловых групп были вынуждены давать воеводе крупные взятки. Только после этого они могли выехать из Якутска. Таким путем Францбеков взял с Ивана Гурьева пятьдесят рублей деньгами и меду на сто рублей.
Среди документов XVII века сохранилось много жалоб на воевод и их приближенных. В 1646 году была подана коллективная жалоба. 400 служилых людей Якутского острога, среди которых был и Курбат Иванов, обратились с челобитной на царское имя. Они жаловались на свою судьбу на Лене и иных «сторонних реках», по острожкам и ясачным зимовьям. Им приходится покупать лошадей, лыжи и нарты и другое снаряжение по высокой цене у торговых людей. Приходится голодать, питаться травой, сосновой корой, кореньями, а иной раз и помирать голодной смертью. Они собирали ясак с большой прибылью, поставили новый Якутский острог и съезжую избу, церковь и амбары. А воевода Головин удерживает из их хлебного жалованья одну треть на содержание семьи, жены и детей, остававшихся в Якутске. Иной раз семья эту треть получала, а иной раз и не получала. Приходилось покупать хлеб также по дорогой цене — до 4 рублей за пуд. Челобитчики жаловались и на то, что воевода привлекает их к строительству кочей. Если же кто строить кочи не умеет, тот должен нанимать за свой счет плотника.
Торговые люди Матюшка Яковлев Воропаев и Стенько Семенов Самойлов жаловались в челобитной: «Нас, сирот твоих, задерживал и прикащиков наших и наемных людей и покручеников твой государев воевода Д.А. Францбеков в Якутском остроге, и мы, государь, сироты твои, в тех… худых местах, где соболей нет, и в том нам, сиротам твоим, становилась беспромыслица и мы, сироты твои, обнищали и одолжали великие долги».
Францбеков вымогал с якутов взятки и подарки, в частности, быками. Этих быков воевода потом раздавал служилым людям, отправлявшимся в дальние зимовья, и вынуждал их расплачиваться пушниной и деньгами. Судьба Дмитрия Францбекова едва не обернулась для него плачевно. Воевода затронул интересы влиятельных московских торговых людей, реквизировав хлебные запасы у их якутских приказчиков для экспедиции Хабарова. Один из приказчиков написал об этом в Москву, своему хозяину, главе крупного торгового дома Василию Федотову Гусельникову, и тот подал жалобу на имя царя. Пришел в движение громоздкий бюрократический механизм царских приказов, заскрипели перьями приказные, началось расследование злоупотреблении Францбекова. У него была конфискована мягкая рухлядь на огромную сумму. В конце концов воеводе, располагавшему влиятельными покровителями в столице, удалось выйти сухим из воды, хотя и пришлось испытать немало волнений и тревог. Но карьера корыстолюбца на том, кажется, и закончилась.