Жалобы на Францбекова дошли до Москвы. Над якутским воеводой учинили дознание, у него отобрали часть награбленного добра. Выяснилось, что он давал промышленным людям деньги из казны под видом личных средств. Новому воеводе было предписано полностью взыскать в казну деньги с должников среди которых оказался и Юрий Селиверстов. В счет уплаты огромного долга у него отобрали 68 пудов моржовой кости, оцененной в 2281 рубль. После этого за ним осталось долгу около 1400 рублей. Таким образом все результаты экспедиции Селиверстова были сведены на нет. Юрий показал, что примерно такую же сумму равную оставшемуся за ним долгу, он ссудил прежним своим товарищам по промыслам и просил нового воеводу Михаила Лодыженского отпустить его снова на Анадырь с тем, чтобы он мог поправить свои дела и рассчитаться с казной.
Лодыженский разрешил Селиверстову вновь отправиться в Анадырский край, но уже не во главе самостоятельного отряда, а в составе отряда казачьего сотника Курбата Иванова, которому суждено было сменить Дежнева. Сумел ли Юрий выплатить государственный долг, мы не знаем. Известно, что летом 1666 года он появляется на Колыме и продает там моржовую кость. Это последнее известие о нем, которое удалось найти исследователям среди документов якутского воеводства XVII века. По всей видимости, он погиб или умер во время последнего похода, оставив по себе репутацию человека незаурядного, отважного, но непомерно честолюбивого, вздорного, склонного к интригам.
Вслед за Селиверстовым ушли с Анадыри многие соратники Дежнева, в их числе Василий Бугор, Евгений Павлов, Анисим Костромин, Федот Ветошка. Они добыли значительные партии моржовой кости и решили возвращаться в Якутск. Беглые казаки надеялись, что якутские власти примут во внимание их долгую усердную службу на Анадыри и не станут строго спрашивать за прежние проступки. На Павлова Дежнев возложил доставку большой" костяной и соболиной казны, накопившейся за последние годы на Анадыри. Вспомним, этот самый Евсевий Павлов был в сговоре с Селиверстовым и писал на Семена Ивановича донос. По-видимому, после того, как Дежнев не дал в обиду беглых казаков, Евсевий изменил свое отношение к начальнику. И это дало основание незлобивому, незлопамятному Дежневу возложить на него доставку казны.
Не прав писатель Сергей Марков, утверждая, что Бугор, Павлов и их товарищи весь путь от Анадыря до Лены проделали морем, обогнув Большой Каменный нос. «Костяная казна впервые доставлена в Якутск на корабле, — утверждает он. — Почему же биографы Дежнева не заметили этих удивительных свидетельств о плавании от Анадыря на Лену. Ведь в этих походах нельзя было миновать пролива между Азией и Америкой, нельзя было не обойти Чукотского полуострова с востока на запад!» Мы разделяем восхищение писателя мужеством и отвагой славных героев его интересной книги «Подвиг Семена Дежнева». Но вольно или невольно, очевидно, из-за недостаточного знакомства с источниками, автор приписывает своим героям подвиги, которых они не совершали. Бугор, Павлов и другие дежневские соратники не огибали Чукотки, не проходили Беринговым проливом. Такое из ряда вон выходящее событие, если бы оно действительно имело место, вряд ли не нашло бы отражение в документах.
На самом же деле отряд, возглавлявшийся, очевидно, Евсевием Павловым, шел сухим путем вслед за Селиверстовым, перевалил через Анюйский хребет, а с Анюя вышел на Колыму. Этот маршрут подкрепляется документальными свидетельствами. Из Нижнеколымска Селиверстов и Павлов с Бугром и товарищами вышли в море на разных кочах. Корабль Евсевия Павлова и Василия Бугра занесло в Омолоеву губу, где пришлось зазимовать.
На следующее лето казаки добрались до Жиганска. Из отписки Лодыженского известно, что анадырская кость прошла через жиганскую таможенную заставу, Василий Бугор решил замолить свои прежние грехи и сделал богоугодное дело — пожертвование моржовыми клыками на строительство новой часовни. А его разгульный товарищ Ветошка буйствовал и пропивал свою добычу в кабаках Жиганска.
После отъезда Селиверстова, Бугра и других с Дежневым осталось совсем мало прежних соратников. Вместо них на Анадырь прибывали новые торговые и промышленные люди, привлеченные сюда рассказами о богатствах края, об обширных моржовых лежбищах Семен Иванович продолжал ясачный сбор, ходил в походы. Иногда на Анадыри появлялся неугомонный возмутитель спокойствия, князец Мекерка, нападавший на ясачных анаулов, грабивший их становища. В устье реки приходили воинственные неясачные коряки, от которых также немало страдали ясачные. Обиженные и пограбленные шли с жалобами к Дежневу, просили помощи и защиты. Летом отряд отправлялся на промысел к корге и, загрузив кочи моржовой костью, возвращался к зимовью с богатой добычей.
В 1656 году воевода направил на Анадырь казачьего сотника Амоса Михайлова. Он должен был сменить Семена Дежнева и выслать с Анадыря Юрия Селиверстова, с которого власти воеводства намеревались взыскивать большой долг, а заодно произвести там дотошный розыск. В Якутске еще не были осведомлены о том, что Селиверстов уже покинул Анадырь.
Долгое время исследователи придерживались ошибочной версии, что Амос якобы благополучно прибыл в Анадырское зимовье и, наделенный большими полномочиями, принял у Дежнева казну, аманатов и все дела, самого его отстранил от дел и принялся проводить дотошное дознание, нет ли на совести Семена Ивановича и его людей каких-либо злоупотреблений. Напрашивалось предположение, что основанием для такого дознания могли послужить клеветнические доносы Селиверстова и его сторонников. Дознание, которое вел Амос Михайлов, закончилось якобы благоприятным для Дежнева исходом. Если и были какие-либо обвинения в его адрес, то они не подтвердились, никаких злоупотреблений замечено за ним не было. В результате Семен Иванович был восстановлен в своих правах, а Амос через некоторое время уехал с Анадыри. Эту версию подхватил и С. Марков. В версии этой есть, однако, необъяснимое противоречие. Сотник Михайлов направляется якутскими властями на Анадырь, чтобы сменить Дежнева. Но проведя дознание, он восстанавливает Семена Ивановича в правах старшего анадырского приказчика, а сам уезжает (вопреки предписанию воеводы!) обратно, поскольку никаких документальных свидетельств о его дальнейшем пребывании на Анадыри нет. Ошибочность этой версии показал М. И. Белов. В действительности Амос Михайлов не достиг Анадыри. И не только Анадыри, но даже и Колымы. В течение трех лет добирался он морем только до Индигирки. Препятствовали плаванию неблагоприятные погодные условия, да и сам Амос не горел желанием спешить на далекую неласковую Анадырь. Видимо, его назначение анадырским приказчиком на место Дежнева не вызвало у Михайлова большой радости. Медлительность сотника вывела из терпения якутские власти, потерявшие всякое доверие к нему. И Амос был отозван обратно.
Мы очень мало знаем о последних годах пребывания Дежнева на Анадыри. Главой Анадырского острога и приказчиком он оставался до 1659 года, когда его сменил казачий сотник Курбат Иванов. За год до этого Дежнев отослал в Якутск большую «костяную казну» и поручил сопровождать ее ближайшему своему помощнику Никите Семенову. Немало лет делили вместе радости и тяжкие заботы, трудились рука об руку не знали ссор и раздоров, вдвоем несли тяжкий крест ответственности за государеву службу. Жалко было терять надежного товарища. Но именно ему, Никите поручил Семен Иванович ответственное дело, доставку казны надеясь на его исполнительность.