Никита Семенов достиг на оленях Колымы, а летом 1658 года продолжал путь морем, а потом Леной Он благополучно прибыл в Якутск с ценным грузом. Воевода поспешил отправить «костяную казну», а также «мягкую рухлядь» в Москву, в Сибирский приказ в сопровождении конвойного отряда. Во главе его был поставлен Михайло Стадухин, возвратившийся к тому времени после многолетних скитаний в Якутск. В стадухинский отряд были включены Никита Семенов и Василий Бугор, оба бывшие беглые, и еще некоторые из старых товарищей Дежнева. Нехватка людей заставляла власти воеводства забыть о прежних прегрешениях беглых и не возбуждать против них какого-либо дела. Более того, Семенову могла быть поставлена в заслугу доставка с Анадыри в Якутск костяной казны.
В Москве Стадухин передал весь груз в Сибирский приказ, а заодно подал на имя царствовавшего тогда царя Алексея Михайловича челобитную. В ней он пространно описывал свои службы — было о чем написать, не забывал упомянуть о своих заслугах и просил награды. Решением боярской думы Михайло Стадухин получил звание казачьего атамана, звание немалое в тогдашней российской иерархии чинов. Возможно, ему помогли личные связи с богатыми торговыми домами.
Шли годы. Семен Иванович старел, его волосы и борода серебрились сединой. Здесь суровые условия жизни, тяжкие испытания заставляли людей рано седеть. Ему шел шестой десяток, а многие из его товарищей не дожили до этого возраста. Кто утонул в бурной пучине Студеного моря, кто пал от меткой юкагирской стрелы, кого сразила черная смерть и голод. Давали о себе знать и старые раны, О них напоминали глубокие шрамы, которых много осталось на теле анадырского героя. Но полагаясь на свое могучее здоровье, поморскую физическую выносливость, Дежнев старался не подаваться хворям, не замечать боль старых ран. Он по-прежнему много работал, ходил в походы и на промыслы рачительно считал соболиные шкурки и тяжелые моржовые клыки. Хлопотная, многообразная служба приказчика тяготила его. Из прежних испытанных соратников остались единицы. Приходили новые люди с разными характерами и норовом. Не со всеми легко налаживались отношения. Семен Иванович хотел бы отдохнуть от административных забот, снять с себя начальственное бремя, остаться рядовым казаком — промышленником. Давно уже писал он якутскому воеводе, чтобы прислали ему замену. Но замены все не было. Амос Михайлов, назначенный было на его место, до Анадыри не доехал. Другого человека на роль представителя власти в Анадырском крае воевода смог подобрать не сразу. Край суров, бремя власти хлопотно — не каждый согласится взвалить его на свои плечи.
Наконец-то якутские власти остановили свой выбор на Курбате Иванове, прибывшем на Лену из Енисейска еще вместе с первым воеводой Петром Головиным. Имел он тогда чин пятидесятника, на якутской службе дослужился до сотника. Человек заслуженный, бывалый, грамотный, участник многих походов, он, казалось, был подходящей фигурой.
Курбат Иванов добрался до Анадырского зимовья весной 1659 года. Возрадовался Семен Иванович — дождался-таки замены. Жадно расспрашивал он Курбата про якутские новости, про знакомых по прежним походам. Сотник, наделенный официальными полномочиями анадырского администратора, записанными в воеводской наказной памяти, принимал дела у рядового казака приказчика выборного, чьи полномочия никогда официально не подтверждались якутскими властями Власти молчаливо признавали в лице Дежнева исполнявшего обязанности главного должностного лица на Анадыри ввиду вынужденных обстоятельств — преждевременной гибели Моторы. Двусмысленность положения Дежнева создавала определенные неудобства, давая повод Стадихину, а потом Селиверстову оспаривать власть у «самозваного» приказчика. Сам же Семен Иванович, по присущей ему скромности, мирился со своим положением, не настаивал на подтверждении своих прав специальной бумагой с витиеватой росписью воеводы. А сами власти не очень-то беспокоились о престиже рядового безродного казака Семейки, отделенного от воеводского центра тысячами верст. Шлет исправно соболиную и костяную казну — и ладно. Что же еще?
Принимал Курбат Иванов имущество, строения зимовья, аманатов дотошно, тщательно, выискивал изъяны и упущения. Потом подписал документ о сдаче-приеме заставив поставить свою подпись и Семена Ивановича! За неграмотного Дежнева расписался грамотей. Теперь бывший приказчик и другие анадырские старослужащие получили право вернуться в Якутск. Их служба на Анадыри считалась завершенной. Докладывая воеводе о приеме зимовья, Курбат писал: «А он, Семейка, отпущен в Якутский острог… да с ним же служилый человек Ортюшка Солдат да промышленные: Томилка Елфимов, Титка Семенов, Ивашка Казанец, Тренька Подберезпик, Филька Данилов, а на Анадыре-реке служилых людей 5 человек, да торговых и промышленных людей 32 человека, а живут с великою нужею и кормятся рыбою, делают сетишки из кропивы».
Следует обратить внимание на цифры, приведенные в донесении Курбата, количество русских на Анадыри. Старые соратники Дежнева составляли среди них незначительное меньшинство. В основном это были люди, прибывшие в Анадырский край после ухода Селиверстова, а также спутники самого Курбата Иванова.
Семен Иванович и несколько прежних его товарищей не сразу воспользовались правом выехать на Лену. Дежнев, теперь уже рядовой казак-промышленник, пробыл на Анадыри еще некоторое время. Он ходил на промысел на Анадырскую коргу вместе со старыми соратниками Артемием Солдатко и Фомой Семеновым Пермяком.
Курбат Иванов остался недоволен порядками, заведенными Дежневым. По своему характеру он представлял собой иной тип администратора, жесткого и волевого сторонника неукоснительного единоначалия. Он собирался действовать с размахом, вести с целью увеличения ясачного сбора наступательную политику против неясачных людей: юкагиров, чукчей, коряков, «приискивать новые землицы и реки». Для подкрепления своей политики Курбат просил воеводу прислать ему в помощь полсотни казаков. Он стремился строго централизовать управление всеми русскими людьми на Анадыри и для этого свел их всех в единый отряд, возложив часть правительственной службы также на торговых и промышленных людей. Эта мера вызвала ропот и неудовольствие многих.
Особенно недоволен остался Курбат Иванов состоянием зимовья, небольшого поселения, почти лишенного укреплений. По убеждению нового администратора, русские должны были располагать на Анадыри надежным опорным пунктом с прочными башнями и стенами, способными в случае необходимости выдерживать длительную осаду со стороны неприятеля. Здесь проявились два подхода. Дежнев, сторонник мягких, гуманных методов обращения с аборигенами края, не считал необходимым бряцать без нужды оружием и жил, по мнению Курбата, «оплошливо», не заботясь о возведении укреплений. Как справедливо пишет М.И. Белов: «В годы своего правления благодаря мягкому, но волевому характеру, вдали от опеки якутской администрации Дежневу удалось ладить с юкагирами. Конечно, идеализировать его отношения к местному населению ни в коем случае нельзя, но что оно, несмотря на присущую той эпохе суровость, являлось благожелательным, представляется бесспорным. При этих условиях Дежневу не очень-то нужен был острог. По существу, он был скорее промышленник, чем ясачный сборщик».
Все наличные силы Курбат Иванов мобилизовал на заготовку леса и строительство острога. Возводились новые избы, хозяйственные постройки, крепкие стены с башнями. Как писал Курбат воеводе: «В прошлом 168 (1660) году поставил я, Курбатко, острог и в остроге аманатцкую избу с нагороднею, и со всякими крепостьми, и зимовье построил, и в остроге государев амбар с служилыми и охочими промышленными людьми».
Летом 1660 года Курбат Иванов организовал и сам возглавил большую морскую промысловую экспедицию к северо-восточным берегам Чукотки, В ней приняли участие и некоторые из старых соратников Дежнева. Одной из задач экспедиции были поиски новых Моржовых лежбищ. В этом были заинтересованы и якутские власти. Направляя Курбата на Анадырь, воевода указывал в «наказной памяти», что открытие новых моржовых лежбищ будет поощрено освобождением промышленников от уплаты десятинной пошлины и другими привилегиями.