Приступив тут ще до роботи проти Палія гетьман лівобережної (московської) України, Мазепа. Він боявся, що як Палій розворушить нарід до повстання не лиш по правім, але й по лівім боці Дніпра, то готов нарід його самого скинути з гетьманства, а вибрати гетьманом Палія. Бо треба знати, що нарід не любив Мазепу за його шляхотсько-аристократичні погляди. От і Мазепа починає обмовляти Палія перед царем, а в кінці підступом зловив його і віддав цареві в руки.
Увесь біль і уся лють народа звернулася проти Мазепи за те, що він підступним способом відобрав народові його любимця, геройського проводира та щирого демократа народолюбця. Багато народних пісень прегарно оспівує ту хвилю арештованя Палієвого і в них Мазепа прозиваний «проклятим псом» та подібними словами. Ось одна пісня:
От так Палій не передчуваючи нічого лихого, прибув до Мазепи. Гетьман його приймає та наповає. Аж тут:
То очевидно була брехня, а Мазепа видумав її лиш на те, щоби обмовити Палія перед царем і позбутися його. Тому й питається царя:
«Дозволяю ся найясніший царю йому з плечей голову зняти». «Не велю-ж я йому з плечей голову зняти, велю в Сибір ізослати».
От так заслано улюбленого народного проводира в далеку Сибір аж над ріку Єнисей, там де темні бори, вічні сніги, де живої людини на лік не найдеш. І промучився там Семен Палій за своє народолюбство цілих пять років. Доперва коли Мазепа, відступивши від царя, став в купі зі Шведами Москву воювати, загадав цар відкликати Палія, щоби тим приєднати собі український нарід та й придбати самого Палія до помочі проти неприятеля.
От і явився до царя Семен такий старий та оброслий, борода по пояс, а ізмучений в каторзі - Боже! Цар з ним поздоровкавсь, тай став просити прощеня. Каже: «Прости мене, Палію! Я тебе обидив». - «Бог тебе, царю простить, а я прощаю».
«Ну Палію Семене», каже цар, «чого ти тепер від мене хочеш? Чи великого панства, чи золота, чи що?» А він каже: «Що-ж, царю? Я буду просити - одну річ подаруй мені!» - Що таке? Кажи!» - «Не плюндруй, каже, України». «Ну, каже цар, для тебе дарую!»
Але цар, як звичайно, не дотримав слова. Вправді по війні Палій вибрався у Хвастів, кінчати розпочате діло, але швидко він побачив, що цар потайки ладиться відступити правобережну Україну раз на все Польщі. Супроти того Палій став порозуміватися з Туреччиною, але й тут не велося і серед гірких розчарувань задумав старець «лихом недобитий» перебути послідні хвилі житя в Межигорськім монастирі коло Києва.
Се було звичаєм у Запорожців, що не один лицар, вславившися у геройських борбах з турками-бісурменами та з шляхотською Польщею, вступав на старі літа у монастир спасати душу. Межигорський монастир повний був таких козаків-ченців. Такий сивий козарлюга, прощаючись зі світом, прощався також зі славним Січовим товариством, бенкетував у посліднє з братчиками-козаками, та вони його від так відвозили під браму монастиря.
Подібно і про Палія співає Тарас Шевченко в гарній поемі «Чернець». У Києві на подолі посувається вулицями громадний похід. Музика грає, козацтво витанцьовує, а на переді Семен Палій у червоних штанах оксамитних матнею мете, гуляє, аж встає курява, та ще приспівує наче молодий козак. І так:
В монастирі Семен Палій не довго ще проживав, не довго згадував молоді літа та молився за Україну. Року 1710 розстався з життям найліпший може та найщиріший проводир в тик незвичайно сумних часах української руїни. Погиб чоловік, що мав найкращі гадки і так гарно взявся був переводити їх в діло; але вороги України стали боятися його, а свої позавидували йому. І всі ті темні духи подали собі руки і зловили та знищили народного борця в самих починах його патріотичних, народолюбних змагань!
Полягла козацька голова, як від вітру на степу трава: але слава не вмре, не поляже.
І справді Семен Палій, народний герой до нині живе в пам'яти українського народу. Народ славить його та банує сердечно за своїм любимцем проводирем.
І розказує собі нарід на Україні, що Палій і тепер десь живий, і як Господь йому велів, міняється як місяць: старіє і молодіє.