4.06.1989.С утра 4 июня специально выделенные автобусы в Ташлаке до полудня собирали и свозили турок в здание райкома, где к тому времени собралось более 500 человек. В ночь с 3 на 4 июня в Фергану стали прибывать подразделения ВВ МВД СССР. С утра нападения на турок и поджоги возобновились в Фергане, Маргилане и Ташлаке. Погромы начались в других местах, где проживали турки. Толпа требовала освобождения тех, кого милиция задержала накануне, и выдачи турок на расправу.
В результате нападению и частичному разгрому подверглись здания Ташлакского районного комитета Компартии Узбекистана и Ташлакского РОВД. После того как милиции удалось очистить помещение РОВД от погромщиков, толпа в течение 4 часов держала здание в осаде. Получили ранения 15 сотрудников милиции, позже один из них скончался.
В тот же день был принят Указ Президиума Верховного Совета Узбекской ССР о введении 4 июня комендантского часа в ряде районов Ферганской области. В Маргилане продолжались беспорядки. Утром 4 июня собрался митинг у кинотеатра «Увайсий», по требованию толпы выступила первый секретарь горкома партии Х. Ю. Мухитдинова. Ее призывы к спокойствию услышаны не были. Мало того, активисты митинга предъявили ультиматум: выдать турок из здания горкома, отпустить задержанных накануне участников беспорядков и не мешать расправе с турками. Во второй половине дня толпа обыскала Маргиланский горком, но турок оттуда уже успели эвакуировать.
Обстановка в Фергане 4 июня была крайне напряженной: с утра в центре города собирались возбужденные толпы молодых людей, вооруженных палками и арматурой, которые били машины и киоски. Милиции нигде в городе не было видно, так же, как и на следующий день. Толпа окружила здание обкома, пыталась прорвать оцепление, бросала камни. Небольшой группе удалось проникнуть в здание. Днем толпа в 200–300 человек поджигала турецкие дома около аэропорта. К вечеру обстановка еще более накалилась; в городе и в близлежащих кишлаках начались погромы.
В этот же день в кишлаке Сурхтепа колхоза им. Фрунзе Ахунбабаевского района местная молодежь нападала на турок, выгоняла их и поджигала дома.
5.06.1989.К утру 5 июня группировка внутренних войск в зоне конфликта была доведена до 6 тысяч человек, а в течение дня — до 8,5 тысячи военнослужащих (сюда стоит добавить и 1,5 тысячи курсантов школ милиции). Центр беспорядков переместился в Фергану: в центре города на площади Ленина и у Ферганского обкома продолжались стихийные митинги. Толпе удалось прорваться в здание обкома, к счастью, турки оттуда уже были эвакуированы. В городе и в окрестностях продолжались погромы и поджоги домов, принадлежавших туркам. 5 июня группы молодежи собирались также в Кувасае, но их попытки начать столкновение были пресечены милицией. К исходу 5 июня обстановка в Фергане и других населенных пунктах области в целом стала разряжаться и стабилизироваться. Ферганская агломерация в основном была взята под контроль подразделениями милиции и внутренних войск.
6.06.1989.Это был день относительного затишья, в эти сутки в области практически не было массовых беспорядков, столкновений и погромов. Днем или к вечеру в Фергане появились патрули внутренних войск. На основных дорогах, ведущих в Фергану, появились многочисленные армейские и милицейские контрольно-пропускные пункты. Начался массовый досмотр проходящего автотранспорта. Только в этот день информация о массовых беспорядках появилась в газетах и на телевидении.
7.06.1989.В этот день центр событий перенесся в западную часть области, в Коканд, где оставалось еще более 1,5 тысячи турок-месхетинцев. Многие из них в предшествующие дни пытались выехать из города, но их задерживали и отправляли обратно выставленные на окраинах посты милиции. После полудня в город на грузовиках, автобусах и тракторных прицепах двинулось более 5 тысяч сельских жителей (главным образом, молодежи) из близлежащих районов (Риштанского, Узбекистанского, Фрунзенского, а также Ташлакского и Ферганского, Папского района Наманганской области). Толпа захватила кирпичный завод и на некоторое время — Кокандский городской отдел внутренних дел, который вскоре был отбит обратно курсантами и спецназом МВД. Из следственного изолятора были освобождены силой 68 заключенных (по другим данным — они были отпущены властями по требованию толпы).
Пока внимание нападавших было сосредоточено на городском отделе внутренних дел (ГОВД), местным властям удалось собрать на автобазе и в санатории всех оставшихся в городе турок, поэтому жертв среди них (по официальным данным) не было. Рассыпавшиеся по городу погромщики громили и жгли дома, причем не только турок, но и местных узбеков. Толпа, ломившаяся в ГОВД, требовала выдачи ранее задержанных, а также якобы перевезенных туда турок.