Никита Романович скончался раньше проявления по отношению к нему коварных происков властолюбивого друга. Оставалось покончить с Шуйским, особенно ненавистным Борису. Раньше он со своими сторонниками пытался было склонить Федора Иоанновича к разводу с царицей Ириной, сестрой Годунова, из-за ее бесплодия. Годунов решил свести счеты со своим недругом: под благовидным предлогом Шуйский был обвинен в измене государственному строю, сослан на Белое озеро и там задушен. Все соперники были удалены, и Борис расправил крылья, готовясь отправиться в безумно смелый полет к вершинам царского трона. К несчастью для России, эта дерзкая попытка вскоре увенчалась успехом.
Шаг за шагом Борте захватывал верховную власть в стране, легко дававшуюся ему в руки благодаря доверчивости кроткого царя. Награждая себя высокими титулами, он за короткое время достиг звания «правителя» страны и был признан иностранными державами, что было важно для него: оно окрылило его надежды на дальнейшее. Новый «правитель», «любезнейший друг» английской королевы, как она уже называла его в письмах, спешил использовать расположение иностранных государей: мирные отношения, установленные с ними, упрочивали безопасность внешних границ, давали Годунову возможность обратить внимание на внутреннее устройство государства. Он достиг в этом успеха: после недавно пережитых невзгод народ успокаивался, жизнь входила в обычную колею, благосостояние умножалось, торговые обороты росли. Богатые купцы Строгановы заселяли недавно завоеванную Сибирь, и эта пустынная страна покрывалась сетью городов, которые вырастали со сказочной быстротой и по берегам Волги, и на северо-востоке, в далеком краю диких черемисов. Избегая военных действий, Борис предпочел политику мирных завоеваний. Русь продолжала расширяться. Внешние враги не беспокоили ее. Даже бесстрашные татары, которые раньше непрестанно изнуряли Русь своими набегами и в царствование Грозного сожгли и опустошили Москву, теперь будто устрашились Годунова. Казалось, что у нового «правителя» легкая рука, но она была слишком тяжелой. Один неосторожный политический шаг, один неумело заложенный кирпич в основание воздвигавшегося им здания государственной жизни — и оно рухнуло, погубив его самого и засыпав обломками загубленную Россию. Несомненно, что Годунов умелой рукой взялся за кормило правления, но беда заключалась в том, что «правитель» заботился исключительно о своих благах, а не страны: не он был для нее, а она. для него.
Достигнув высокого положения, неограниченной власти, приобрев огромные богатства, приносившие ему, по расчету тогдашнего английского посла и писателя Флетчера, около миллиона рублей годового дохода, Годунов задумался о дальнейшем. Властолюбие влекло его уже к ступеням трона. Все условия были в его пользу. Умри Федор, и трон станет его при отсутствии соперников, которые, конечно, были, но избавиться от них Борису показалось легко. Из законных наследников у Федора Иоанновича оставались трое: младший брат Дмитрий да дочь двоюродного брата Иоанна Грозного — Владимира Андреевича — с дочерью, вдова ливонского короля Магнуса, Мария Владимировна. Она продолжала носить титул королевы Ливонии, но никакими правами не пользовалась и вместе с дочерью Евдокией влачила довольно жалкое существование в Риге, живя на подачки польского короля. Были еще и племянники покойной царицы Анастасии — первой супруги Грозного — Романовы. Народ из благоговейной памяти к Анастасии любил ее племянников. Ходили слухи, что Федор Иоаннович хочет завещать престол Федору Никитичу Романову. Смущал еще Бориса соперник в лице «царя тверского» Симеона, происхождение которого было довольно любопытно. Крещеный сын ногайского царевича, Симеон Бекбулатович сумел снискать расположение Иоанна Васильевича и в минуту благодушия, под влиянием прихоти, Грозный наградил его званием «царя и великого князя всея Руси» и поставил во главе земщины. Позже Симеон, окруженный пышным двором, жил в Твери на правах удельного князя. Мысль избрать его царем России в случае смерти болезненного Федора Иоанновича не была чужда народу, и поэтому Симеон казался Борису также опасным.