Делу взялся помочь угодливый родственник царя — Семен Годунов. Подкупив слугу Романовых, он подговорил его подбросить в кладовую боярина Александра Никитича мешок с ядовитыми кореньями и донести потом, что боярин замышляет на жизнь царя. Поручение это было выполнено, бояр Романовых схватили, судили, и хотя на суде выяснилась лживость доноса и их невиновность, однако был вынесен в июне 1601 года суровый приговор: старшего брата, Федора Никитича (отца будущего основателя новой великой династии), постриженного под именем Филарета, сослали в Антониев-Сийский монастырь, а жену его, Ксению Иоанновну, урожденную Шестову, постриженную под именем Марфы, — в один из заонежских; шестилетний сын их, Михаил, был сослан вместе с семьею зятя Романовых, князя Бориса Черкасского, женатого на их сестре, на Белоозеро; Александр Никитич был выслан к Белому морю, Михаил Никитич — в Ныробскую волость Пермской области, Иван Никитич — в Пелым, место ссылки опальных угличан, и пятый брат, Василий Никитич, — в Яренск. Вместе с боярами Романовыми были высланы в разные далекие области их родственники: Шестовы, Карповы, князья Сицкие, Репнины.
Тяжело жилось сосланным боярам. В местах ссылки их разместили под неусыпным наблюдением приставов в уединенных избах и даже в землянках, вдали от сел и городов. Бояре томились, скованные по рукам и ногам, лишенные возможности перемолвиться словом с кем бы то ни было; случайному прохожему люду под страхом смерти запрещалось даже смотреть на место заключения бояр, считавшихся изменниками. Несколько лучше было положение инока Филарета, жившего в монастыре. Впоследствии в виде особой милости ему было разрешено выходить в церковь на клирос, богомольцы стали посещать монастырскую церковь, закрытую для них со времен ссылки Федора Никитича в монастырь. Наконец, чтобы окончательно удалить инока Филарета от мира, он был посвящен в иеромонахи, а затем — в архимандриты. Дети его, и в том числе сын Михаил вместе с семьею овдовевшей княгини Черкасской, были затем переведены в отчину Романовых, село Клин Юрьевского уезда. Особенно тяжело жилось Михаилу Никитичу в тесной, сырой яме-землянке, в пудовых веригах. Пищей ему служили вода и хлеб, которые хищный пристав скудно отпускал вместо назначенного белого хлеба, рыбы и мяса. Могучий богатырь, одаренный огромной силой и железным здоровьем, Михаил Никитич не выдержал тяжкой доли и вскоре скончался. В народе говорили, что его и брата, Александра Никитича, почти одновременно умершего, убили. Василий Никитич, захворав во время ссылки, прожил в заточении всего восемь месяцев и последовал за братьями. Кроме Филарета выжил только Иван Никитич. Судя по летописи, решено было и его уморить, согласно приказанию Бориса, но за него заступился зять Романовых, Иван Годунов: распоряжение было отменено и Ивана Никитича не только помиловали, но вскоре освободили из заточения; он был переведен на службу в Уфу, затем в Нижний Новгород и в Москву. Однако ссылка Романовых и насильственная смерть троих братьев в тяжкой неволе от руки злодеев-приставов, угодливых приверженцев Бориса Годунова, — все это волновало народ, продолжавший любить Романовых и сильнее возненавидевший царя. А по мере усиления ропота росла тревога в душе Бориса. Власть его еще была сильна, но он чувствовал, что она может уйти из его рук. Виделось наступление новых бедствий, жестокой всесокрушающей бури. Появились невероятные чудесные знамения, придуманные вымыслом народным, суеверные приметы. Очевидцы рассказывали, как будто в небе всходили одновременно три солнца и три луны; ночью темное небо освещалось кроваво-красным пламенем, в свете которого, проступали столкновения враждующих войск. Женщины и животные рожали чудовищных уродов, появились не виданные раньше странные звери, по людным улицам Москвы бродило множество черных лисиц, а над городом со страшным клекотом парили хищные орлы. Летом 1604 года днем на небе появилась яркая комета с огненным хвостом, и какой-то иноземец-чародей, вызванный когда-то Борисом (большим любителем чародеев и звездочетов) из Германии, объясняя это видение, предвещал Москве неизбежное бедствие. Несомненно, что все эти россказни были вымышлены или преувеличены.
Борис в страшных предчувствиях изнемогал от душившей его мрачной тоски. Сон покинул несчастного царя в его роскошной опочивальне. В довершение всего поползли слухи, с каждым днем все упорнее утверждавшие, что царевич Дмитрий жив и он вскоре придет к Москве занять трон, дерзко отнятый у него властолюбивым временщиком. Борис совсем пал духом.