Президент Клинтон подписал секретный приказ, в котором ЦРУ разрешалось применять любые средства для уничтожения организации Усамы бен Ладена.
25 июня взрыв грузовика уничтожил жилой комплекс Хобартауэрс в Дахране (Саудовская Аравия), погибли девятнадцать американских солдат. Доказательств причастности «Аль-Каиды» к взрыву не обнаружено, но американское правительство уверено, что бен Ладен был вдохновителем этого теракта.
Усама бен Ладен издал «Декларацию джихада», в которой были изложены основные цели его организации. Он призывал к свержению власти саудовского правительства, к освобождению священных городов ислама от иностранцев, к поддержке революционных исламистских группировок и к выдворению сил американского правительства с Аравийского полуострова.
В сентябре Усама бен Ладен перевез своих жен, детей и афганских ветеранов с женами и детьми из Судана в Афганистан, в Джелалабад, затем переехал с ними на гору Тора-Бора.
Семья Усамы бен Ладена на время переехала в Джелалабад. В этот период Наджва родила десятого ребенка — девочку Рукхайю.
Усама перевез семью на военную базу при аэродроме в Кандагаре, где она в общей сложности жила до октября 2001 года, периодически выезжая в Кабул и Джелалабад.
Усама бен Ладен выпустил фетву (хоть и не был богословом), призывающую атаковать американцев. Он заявил, что это «личный долг каждого мусульманина, который следует выполнять в любой стране, где есть такая возможность».
8 июня американское Большое жюри по делу Усамы бен Ладена, начатому в 1996 году, наконец вынесло секретный обвинительный акт. Усаму бен Ладена обвинили в «организации заговора в целях нападения на оборонные объекты Соединенных Штатов», в руководстве террористической организацией «Аль-Каида» и широком финансировании исламистских экстремистских организаций по всему миру.
Группировка, называющая себя «Египетский джихад», предупредила: американцы вскоре получат важное послание, которое «как мы надеемся, прочтут с большим вниманием, потому что оно будет написано с помощью Господа и на понятном им языке».
7 августа произошел взрыв в посольствах США в Кении и Танзании. В Кении погибли 213 человек, в том числе 12 американцев; более 4500 человек получили ранения. В Танзании погибли 11 человек, 85 получили ранения.
Американские спецслужбы заявили, что перехватили телефонный разговор двух командиров Усамы бен Ладена, в котором утверждалась причастность «Аль-Каиды» к взрывам в посольствах.
Мулла Омар, глава «Талибана», группировки, контролирующей Афганистан, отверг требование саудовского правительства об экстрадиции Усамы бен Ладена.
20 августа США нанесли ответный удар по «Аль-Каиде», направив крылатые ракеты на учебные лагеря боевиков. За два часа до удара Усама со своими сыновьями и командирами покинул один из лагерей в провинции Хост и направился в секретное убежище в Кабуле. Источники утверждают, что погибли всего шесть боевиков. Омар бен Ладен заявляет о тридцати погибших.
США выдвинули обвинение против Усамы бен Ладена, военного командира Мухаммеда Атефа и ряда других лиц в организации взрывов в посольствах США и заговоров в целях совершения других террористических актов против американцев, проживающих в других странах. За поимку Усамы бен Ладена и Мухаммеда Атефа предложена награда в 5 миллионов долларов.
Омар бен Ладен получил предупреждение от Абу-Хаади, который полагал, что «Аль-Каида» совершит грандиозное нападение, а США в ответ попытаются убить всех, кто хоть как-то связан с Усамой бен Ладеном. Омар увез свою беременную мать, брата Абдул-Рахмана и маленькую сестру Рукхайю из Афганистана в Сирию.
В конце 1999 года Наджва родила одиннадцатого и последнего ребенка — дочь Нур.
В начале 2000 года Наджва вернулась в Кандагар с двумя малолетними дочерьми и Абдул-Рахманом. Омар остался в Сирии и подал прошение о возвращении ему саудовского гражданства, которое было удовлетворено через четыре месяца.
12 октября была совершена террористическая атака на американский военный эсминец «Коул» в морском порту Адена, в Йемене. При взрыве погибли семнадцать американских моряков. Президент Клинтон не нанес ответный удар, заявив, что нет конкретных доказательств того, что за взрывом стояла «Аль-Каида», хотя многие полагают, что это именно так.