Однако профессорская деятельность Конта вскоре оказалась прерванной. После третьей лекции он впал в психическое расстройство, в припадке которого бежал из Парижа. По-видимому, кроме чрезмерного умственного напряжения, здесь сказалась и серия неудач, преследовавших философа в личной жизни.
В ранней юности он сошелся с замужней женщиной, много старше его, от которой имел дочь и массу неприятностей. Потом, познакомившись в публичном доме с проституткой Каролиной Массен, пленился ею настолько, что в 1825 году вступил с ней в гражданский (а позднее и в церковный) брак. Союз этот оказался неудачным. Каролина, обладавшая сильным характером, третировала своего супруга и доводила его до исступленных припадков ревности. Во время одного из таких припадков он чуть не утопил жену в озере, другой же раз сам пытался утопиться в Сене.
Помещенный в психиатрическую лечебницу, а затем отданный на попечение жены, Конт выздоровел, в начале 1829 года дочитал свой прерванный курс и повторил его снова при большей аудитории.
Воцарение Луи-Филиппа (1830 год) на первых порах ничем не порадовало Конта. Прежде всего за отказ вступить в Национальную гвардию его бросили на несколько дней в тюрьму. Философ попытался наладить контакт со своим бывшим почитателем Гизо, получившим портфель министра просвещения. Золотой мечтой Конта была кафедра истории математических и естественных наук в университете. Но устные и письменные просьбы по этому поводу, обращенные к Гизо, не дали положительных результатов. Министр давно забыл о своем лестном отзыве на первый труд Конта и ныне не пожелал иметь ничего общего с «полоумным фанатиком». Философу пришлось приналечь на частные уроки. Но затем он получил место репетитора и экзаменатора в Политехнической школе и смог жить безбедно.
К этому времени относится начало работы Конта над главным трудом жизни — «Курсом позитивной философии». Создавая свой «Курс», Конт отказался от чтения газет, журналов и книг, в том числе даже таких, которые непосредственно относились к разбираемым им проблемам. Этот странный прием философ назвал «мозговой гигиеной» и практиковал его в течение двенадцати лет, пока не увидел света шестой и последний том «Курса» (1842 год).
Едва окончив свой труд, Конт рассорился с коллегами по Политехнической школе, вследствие чего потерял место и жалованье. Пришлось обращаться к частной благотворительности. Джон Стюарт Милль, узнав о бедственном положении своего учителя, организовал в Англии подписку и прислал Конту значительную сумму денег. Конт счел эту субсидию «выражением общественной обязанности» к его «нравственной магистратуре» и потребовал ее возобновления в следующем году. Возмущенные англичане отказали. Тогда философ обратился с «циркуляром к приверженцам позитивизма на всем Западе», требуя материальной поддержки для себя как создателя и единственного авторитета нового учения. Подписка, установленная учеником Конта Э. Литтре, оказалась довольно успешной и затем возобновлялась ежегодно.
Разделавшись с «Курсом позитивной философии», Конт стал все больше углубляться в нравственные и духовные проблемы. Он пришел к убеждению, что «позитивная философия» должна завершиться «позитивной религией», а сам он обязан стать первосвященником этой религии.
Формирование новых взглядов было ускорено внешними событиями.
В 1842 году Конт окончательно разошелся с Каролиной. А три года спустя произошла встреча, наложившая неизгладимый отпечаток на всю его дальнейшую жизнь.
Клотильда Во была женой лишенного прав преступника. Женщина вполне эмансипированная, она занималась самообразованием и даже пыталась писать. Ей было тридцать лет, когда Конту исполнилось сорок семь. По-видимому, эта дама обладала как раз теми качествами, которые отсутствовали у бывшей супруги философа: женственностью, сердечным чувством и нравственной чистотой. Как бы то ни было, она полностью покорила Конта, пленила его воображение, овладела его умом. Между Контом и Клотильдой установилась тесная, хотя и чисто платоническая, связь.
Связь продолжалась ровно год. Ее оборвала внезапная смерть Клотильды.
Однако любовь Конта к Клотильде не только не иссякла с ее смертью, но, напротив, еще более возросла, превратившись в мистический культ обожания. Алтарем этого культа сделалось кресло, в котором обычно сидела Клотильда, а обряды состояли из песнопений и молитв, ежедневно совершаемых безутешным влюбленным.