Бородин в Гуанчжоу занимался расширением и изменением социальной базы Гоминдана, делая упор на вовлечении в его ряды крестьян и пролетариата. К началу 1926 года в его аппарате действовала группа специалистов по аграрным и рабочим отношениям.
1/4-19 января 1926 года в Гуанчжоу состоялся II съезд Гоминдана. В партию ныне входило более 250 тыс. человек, в том числе 70 тыс. военнослужащих НРА. Был избран ЦИК из 36 человек, в который входили 7 коммунистов. Новый ЦИК направил в Москву просьбу о принятии Гоминдана как партии в Коминтерн. (18 февраля 1926 года эта заявка была отклонена Политбюро как преждевременная).
Тогда же, в январе 1926 года, в Китай с инспекционной поездкой прибыла комиссия Политбюро под председательством начальника Главного политуправления Красной армии А. С. Бубнова. Она работала три месяца. 15 и 17 февраля М. М. Бородин доложил на заседании комиссии Бубнова о своих успехах. Они также были немалыми: фактическое превращение Гоминдана из "движения" в партию со своей программой, уставом и т. д.
В конце марта 1926 года Политбюро приняло решение создать Дальневосточное бюро ИККИ с местопребыванием в Шанхае. 15 апреля 1926 года резолюция Политбюро о военно-политической работе в Китае потребовала дальнейшего укрепления Кантонской армии и выполнения её заявок на материальную помощь и инструкторов. С мая по конец июня 1926 года из Советской России в Кантон было отправлено около 18 тыс. винтовок, 11 млн. патронов, 9 аэропланов.
В начале июля 1926 года пленум ЦИК Гоминдана принял решение о проведении "северного похода" против других военных группировок с целью политического объединения страны. 9 июля Национальная революционная армия под командованием Чан Кайши выступила на север. Оперативный план похода был разработан Блюхером. Финансовое содействие оказали шанхайские бизнесмены и купцы. Осенью 1926 года из Шанхая в Гуанчжоу на счёт правительства ими было переведено $500 тыс. (около ¼ расходов по Северному походу); в январе ещё $1 млн.
Войска НРА двигались успешно, встречая поддержку местного населения и пополняя за его счёт свои ряды. 10 октября 1926 года ими был захвачен крупный город Учань, затем Наньчан. 1 января 1927 года правительство юга официально переехало в трёхградье Ухань. Его возглавил близкий соратник Сунь Ятсена Ван Цзинвэй. 27 марта войска НРА почти без сопротивления заняли Нанкин.
Переворот Чан Кайши. Деятельность Коминтерна в Китае, однако, вызывала противодействие многих политических сил страны, в том числе значительной части Гоминдана. В Гоминдане (особенно в его армии) ведущие деятели и офицеры происходили из семей помещиков, чиновников или купцов. Коминтерн же ставил своей целью захват собственности национальной буржуазии и замену национальных кадров своими ставленниками. Соответственно, внутриэкономические программы националистов и коминтерновцев были не просто различными, а принципиально несовместимыми. Многие китайцы, вдобавок, не находили особенной разницы между назначением представителями Коминтерна членов их правительства и "империалистическим вмешательством во внутренние дела страны".
28 ноября 1925 года в храме Биюньсы в Западных горах (Сишань) около Пекина состоялось собрание группы членов Гоминдана под руководством Дай Цзитао (1890–1949 гг.), побратима Чан Кайши. Оно приняло решение об исключении коммунистов из ГМД и освобождении Бородина с поста советника ЦИК ГМД. Хотя это решение было осуждено и отменено на II съезде Гоминдана в январе 1926 года, но весной этого года уже сам Чан Кайши попытался ограничить влияние коммунистов в партии. 22 мая 1926 года на пленуме ЦИК он добился решения о запрете коммунистам занимать посты завотделами в ЦИК.
Моментом решительных действий против КПК Чан Кайши избрал вступление его войск в Шанхай. Китайские коммунисты приняли активное участие в подготовке захвата Шанхая Национальной революционной армией. 21 марта 1927 года в Шанхае состоялась всеобщая забастовка и началось восстание под руководством Чжоу Эньлая. Вскоре в город вступили войска НРА. 26 марта в Шанхай прибыл Чан Кайши. 5 апреля 1927 года он ввёл в городе военное положение и потребовал от нерегулярных отрядов ― то есть, от групп рабочих, руководимых коммунистами ― сдать оружие. Тем временем, в Пекине 6 апреля 1927 года китайские полицейские совместно с военными Чжан Цзолиня совершили налёт на советское полпредство; изъяли документы и арестовали укрывшихся там коммунистов, в т. ч. Ли Дачжао. Из документов стало ясно, что посольство активно занималось "деятельностью, несовместимой с дипломатическим статусом" ― конкретнее, готовило замену китайского правительства марионеточным режимом. В частности, в начале 1927 года Бородин отдал секретный приказ об аресте Чан Кайши. Документы были переданы гоминдановцам, а Ли Дачжао казнён.