Хисс принимал участие в опросах свидетелей, вызывавшихся комитетом, в том числе Дюпона и Баруха. Впрочем, изоляционистские и антирузвельтовские настроения многих членов комитета Ная не нравились Хиссу. В августе 1935 года он оставил работу там.
Посещая кружок Уэйра, Хисс сблизился с Уиттекером Чамберсом, видным функционером компартии США, в конце 1920-х гг. редактировавшим партийный орган Daily Worker, а с 1932 года перешедшим на подпольную работу. Чамберс был связным между нью-йоркским отделением партии и вашингтонскими ячейками, одновременно контактируя с резидентами советской разведки в США по линиям Разведупра Красной армии и ОГПУ-НКВД. Первая встреча Чамберса и Хисса состоялась весной 1934 года, вскоре после перехода Хисса в комитет Ная, а их сотрудничество продолжалось до конца 1937 ― начала 1938 гг. Хисс приносил Чамберсу оказывавшиеся в его распоряжении правительственные документы и другие материалы, которые тот переснимал и отдавал своим кураторам из советской разведки.
Работа в госдепартаменте. После ухода в августе 1935 года из комитета Ная Хисс некоторое время работал в министерстве юстиции, в аппарате главного юрисконсульта Стенли Рида. Он принимал участие в защите администрацией важнейшего для её сельскохозяйственной политики Закона о регулировании сельского хозяйства (Agricultural Adjustment Act), оспаривавшегося в Верховном суде.
В сентябре 1936 года Хисс перешёл на новое место работы, ставшее для него на долгое время основным ― в государственный департамент. Он был приглашён в офис Фрэнсиса Сайра, своего прежнего профессора по Гарвардской школе права, занявшего должность помощника госсекретаря по торговым соглашениям. Когда в 1939 году Сайр был назначен уполномоченным Соединённых Штатов на Филиппинах, Хисс перешёл в аппарат Стенли Хорнбека, советника государственного секретаря К. Хэлла по дальневосточным делам.
В 1944 году Хисс, приобретший уже солидный опыт внешнеполитической работы, был направлен в новообразованный отдел специальных политических операций госдепартамента, одной из главных задач которого была подготовка к образованию ООН ― международной организации, призванной заменить после войны бесславно канувшую в Лету Лигу Наций. Создание такой организации было предусмотрено решением конференции министров иностранных дел союзников ― Московской декларацией от 30 октября 1943 года. Директором отдела специальных политических операций был назначен Лео Пасловский. Хисс, вскоре ставший его заместителем, занимался вопросами, связанными с ООН и отвечал за свою работу непосредственно перед государственным секретарём Эдвардом Стеттиниусом и его помощником Дином Ачесоном.
И Ачесон, тоже выпускник Гарвардской школы права и тоже член фи-бэта-каппа, и Стеттиниус, относились к младшему коллеге в высшей степени благосклонно. Работа по подготовке к созданию ООН обеспечивала Хиссу расположение и президента Рузвельта, давнего поборника расширения участия США в международных делах.
С 21 августа по 7 октября 1944 года в Вашингтоне пошла международная конференция, посвящённая вопросам организации ООН, в которой приняли участие представители США, СССР, Англии, Китая. На ней обсуждались вопросы состава ООН, её функций, роли Совета безопасности и т. д. Председательствовал на конференции государственный секретарь США Стеттиниус, а её исполнительным секретарём был заместитель директора отдела специальных политических операций госдепартамента Элджер Хисс.
Следующим важным событием в политической карьере Хисса стало участие в Ялтинской конференции, проходившей с 4 по 11 февраля 1945 года. Согласно Стеттиниусу, президент Рузвельт лично выбрал Хисса одним из своих советников. В Ялте Хисс занимался вопросами, связанными с ООН и дальневосточными делами.
В марте 1945 года Хисс был назначен директором отдела специальных политических операций.
С 25 апреля по 26 июня 1945 года в Сан-Франциско прошла учредительная конференция по образованию Организации Объединённых Наций. Её генеральным секретарём был Элджер Хисс. Конференция приняла Хартию ООН, которую Хисс на специальном самолёте доставил для подписи новому президенту США Гарри Трумэну.
В июле 1945 года государственный секретарь США Э. Стеттиниус ушёл в отставку; его место занял Джеймс Бирнс. Перед уходом бывший госсекретарь направил благодарственные письма разным своим коллегам, среди которых был и Э. Хисс.
Однако в начале 1946 года блистательная карьера Элджера Хисса неожиданно для многих окружающих застопорилась. По госдепартаменту начали ходить странные слухи. Рэймонд Мэрфи, шеф отдела безопасности госдепа, несколько раз беседовал с Хиссом. Его посетили агенты ФБР. 11 марта 1946 года новый госсекретарь Бирнс вызвал Хисса и спросил: "м-р Хисс, Вы коммунист?" Трудно было предположить, что ответственный пост в правительстве США, да ещё во время холодной войны, может занимать коммунист. Хисс ответил: "нет". Тем не менее, в марте 1946 года имя Хисса было внесено в список лиц, которым закрыт доступ к конфиденциальной информации.