Способности и энергия нового кандидата, в конце концов, впечатлили руководство республиканской партии. Весной Колеман и другие боссы GOP пришли к заключению, что Маккарти может составить реальную конкуренцию Лафоллетту.
Добровольный республиканский комитет, в отличие от партийного съезда, имел право поддержать того или иного кандидата до получения результатов первичных выборов-праймериз. Не ограничивал его закон и в затратах на кампанию. В 1-й половине 1946 года комитет собрал в свой фонд около 100 тыс. долларов. По предложению Колемана было решено бросить все финансовые и организационные возможности ― деньги, специалистов по рекламе, штат имиджмейкеров ― на продвижение кандидатуры Маккарти.
Получив желаемую поддержку от лидеров республиканцев, Маккарти удвоил свои усилия. На средства, собранные комитетом Колемана, было напечатано 750 тысяч экземпляров 12-страничной брошюры-биографии Джозефа Маккарти под заголовком "Вашингтону нужен хвостовой стрелок". Его штаб рассылал адресную рекламу избирателям. В своих выступлениях Маккарти провозглашал традиционные республиканские принципы: низкие налоги, содействие производительному бизнесу, прежде всего малому и среднему, сокращение паразитической вашингтонской бюрократии.
Кандидатура Маккарти получила поддержку и от патриотической группы "Американское действие" (American Action, Inc), созданной в начале 1946 года на основе распавшегося в декабре 1941 года комитета "Вначале Америка" (America First Committee). Представитель этой группы в Висконсине Лансинг Хойт объявил, что часть собранных ими денег пойдёт на поддержку Маккарти, так как "у него хороший послужной список и он уважает конституцию США". Незадолго до выборов Milwaukee journal писал: "Группы, организовавшиеся на основе прежнего комитета "Вначале Америка", поставили своей целью провалить на выборах радикальных или прокоммунистических кандидатов в общенациональном масштабе и в Висконсине". По словам ChicagoSun, эти группы финансово и информационно поддерживались прежними спонсорами AFC, в том числе генералом Робертом Вудом, Ламонтом Дюпоном, обозревателем Эптоном Клоузом и полковником Маккормиком.
Впрочем, несмотря на столь внушительные успехи, опросы общественного мнения по-прежнему показывали безусловное лидерство Лафоллетта, опережавшего Маккарти в соотношении 3:1. Уверенный в своей победе, Лафоллетт прибыл в штат из Вашингтона для проведения предвыборной кампании всего за 10 дней до праймериз.
13 августа 1946 года состоялись республиканские праймериз. Они принесли неожиданный для многих результат. 207 тысяч голосов было подано за Маккарти, 202 тысячи за Лафоллетта. Даже в Милуоки, где в 1940 году за Лафоллета было подано 49 % голосов, на этот раз победил Маккарти: 41 % против 32 %.
В проигрыше популярного в штате Роберта Лафоллетта, представителя целой политической династии, малоизвестному до того времени окружному судье сыграл роль целый комплекс факторов. Во-первых, многие влиятельные республиканцы категорически отказались поддержать кандидатуру Лафоллетта и направили средства на кампанию Маккарти. Во-вторых, от Лафоллетта отошла в сторону демократов часть профсоюзов. Морис Рубин, редактор основанного в 1934 году Робертом Лафоллеттом-младшим еженедельника "Прогрессист" (Progressive), писал об итогах выборов: "большие сегменты организованного рабочего класса нанесли удар в спину своему самому верному защитнику". Многие демократы приняли участие в республиканских праймериз и подали голоса за Маккарти, рассчитывая, что он, как более слабый, чем Лафоллетт, может проиграть на ноябрьских выборах кандидату от демократической партии. Наконец, в-третьих, немаловажное значение имела деятельность "третьей силы" ― организованных групп американцев, типа American Action, решивших дать бой на выборах в Конгресс недостаточно патриотическим или слишком "просоциалистическим", с их точки зрения, претендентам.
Вскоре после победы Маккарти на республиканских праймериз стало окончательно ясно, интересы каких социальных слоёв он будет представлять. В сентябре 1946 года Маккарти встретился с полковником Маккормиком, владельцем "Чикаго трибюн", ранее одним из лидеров комитета "Вначале Америка". Маккормик поддержал выдвижение Маккарти в сенаторы и призвал его к борьбе против инфильтрации в страну подрывных и враждебных американскому народу групп. Сам Маккарти уже на республиканском конвенте, одобрившем его кандидатуру, сказал: "работа сенатора Соединённых Штатов сейчас в десять раз важнее, чем в прошлом, из-за проникновения иностранных идеологий в нашу столицу". Таким образом, Джо Маккарти, ещё до появления в сенате США, позиционировал себя как выразителя интересов американских патриотов. Впрочем, это были и его собственные интересы, о чём свидетельствовала и его биография.