Тем временем, И. Левин, видя, что информация, переданная Чамберсом, никаких последствий не имеет, сообщил её сенатору У. Остину, послу Буллиту, журналисту У. Уинчелу. В марте 1940 года он направил информацию Чамберса Мартину Дайэсу, председателю Комитета палаты представителей по расследованию антиамериканской деятельности. По словам дипломата С. Брайдена, помощника государственного секретаря в 1940-х гг., вопрос о Хиссе по крайней мере трижды ставился перед президентом Рузвельтом, но безрезультатно.
Всё же в госдепартаменте начали поговаривать о Хиссе. Когда в 1939 году он перешёл работать в офис Хорнбека, тот сообщил ему о слухах среди сотрудников: "Хисс ― красный".
В октябре 1941 года М. Дайэс подготовил и направил генеральному прокурору Ф. Биддлу список 1124 коммунистов, попутчиков (fellowtravelers) и сочувствующих, находящихся на федеральной службе. В нём было и имя Хисса. Биддл переправил этот список в ФБР.
Получив список Дайэса, ФБР начало расследование. В феврале 1942 года агент ФБР встретился с Хиссом и спросил, состоит ли тот в компартии. "Нет", ответил Хисс. В мае того же года агенты ФБР допросили Чамберса, который повторил сказанное им ранее Бёрли ― о подпольной коммунистической организации в Вашингтоне, не акцентируя, впрочем, вопрос о шпионаже. Отчёт агентов ФБР был направлен Эдгару Гуверу; дальнейшего развития это дело не получило. Однако в 1943 году ФБР запросило и получило от помощника президента записки, сделанные им на встрече с Чамберсом.
Между тем, Хисс продолжал контакты с представителями советской разведки. Во время войны он поставлял информацию в СССР через нелегального резидента НКВД в США И. Ахмерова[15].
В начале 1945 года ФБР направило показания Чамберса в отдел безопасности госдепартамента. 20 марта 1945 года Рэймонд Мэрфи из отдела безопасности побеседовал с Чамберсом и услышал от него, что м-р Хисс, директор отдела специальных политических операций, является коммунистом. 25 марта 1945 года Д. Ладд, заместитель Э. Гувера, встретился с Хиссом и направил отчёт в госдепартамент, рекомендуя приостановить работу Хисса там.
По-видимому, начальство Хисса не знало, что с ним делать. С одной стороны, заместитель государственного секретаря Ачесон категорически утверждал: "Хисс ― лояльный служащий". С другой стороны, редактор журнала "Тайм" лично свидетельствовал, что тот ― коммунист. Поскольку кроме Чамберса никто против Хисса показаний не давал, дело повисало в воздухе. В мае 1945 года Мэрфи беседовал с Хиссом, а два агента ФБР ― с Чамберсом.
Между делом, сотрудники ФБР неофициально передали свою информацию священнику Джону Кронину, занимавшемуся изучением вопросов, связанных с распространением коммунизма. В ноябре 1945 года вышел его отчёт "Проблемы американского коммунизма", предназначенный для католических епископов США. В нём среди известных или предполагаемых коммунистов упоминалось имя Хисса.
Тем временем против Хисса появились новые данные. 5 сентября 1945 года Игорь Гузенко, шифровальщик в советском посольстве в Канаде, попросил политическое убежище. В своих показаниях он сообщил, что сотрудник госдепартамента, близкий к государственному секретарю, работает на советскую разведку. В октябре 1945 года эти его показания очутились в ФБР.
27 ноября 1945 года директор ФБР Эдгар Гувер подписал и направил президенту, государственному секретарю и генеральному прокурору расширенный отчёт о советском шпионаже в США. В отчёте на нескольких страницах рассказывалось и о Хиссе. Гувер обратился к генеральному прокурору Кларку с просьбой разрешить прослушивание телефона Хисса и установку у него микрофонов.
11 марта 1946 года состоялся разговор нового государственного секретаря Джеймса Бирнса с Элджером Хиссом. Бирнс сообщил Хиссу, что два комитета Конгресса обвиняют его в коммунистических связях и спросил: "Вы коммунист?" Хисс ответил отрицательно. Тем не менее, в марте 1946 года имя Хисса было внесено в список лиц, которым закрыт доступ к конфиденциальной информации, а его продвижение по служебной лестнице приостановлено.
15 мая 1946 года отдел безопасности госдепартамента подготовил документ с указанием 124 служащих ведомства, данные о которых указывали на возможную нелояльность или угрозу утечки информации. Среди них было 13 "коммунистов", 77 "подозреваемых", 14 "симпатизирующих коммунизму", 20 "агентов" ― в том числе и Э. Хисс.
15
Ахмеров Исхак Абдулович (1901-75 гг.). С 1930 г. сотрудник ОГПУ; с 1932 г. в ИНО ОГПУ. В 1932-34 гг. работал под дипломатическим прикрытием в Турции. В 1934 г. работал в Китае. С 1935 г. (с перерывами) нелегальный резидент ОГПУ-НКВД в США. В 1939 г. женился на племяннице генерального секретаря компартии США Эрла Браудера. Для выполнения разведывательных заданий выезжал в Европу и Китай. В 1942-45 гг. в США. С конца 1945 г. в Москве, зам. руководителя отдела нелегальной разведки НКВД (КГБ).