От стояния на камнях, от трудности этого молитвенного подвига, тело его очень заметно изменилось, в ногах возобновилась болезнь, которая с этого времени до кончины дней не переставала мучить его. Отец Серафим понял, что продолжение таких подвигов привело бы к изнурению сил духа и тела, и оставил моление на камнях. Подвиги сии он проходил в такой тайне, что ни одна душа человеческая не ведала о них и не догадывалась. К бывшему после Исаии игумену Нифонту был тайный запрос об о. Серафиме от епископа Тамбовского. В бумагах обители сохранился черновой отзыв Нифонта, в котором настоятель отвечал: «О подвигах и жизни о. Серафима мы знаем; о тайных же действиях каких, также и о стоянии 1000 дней и ночей на камне, никому не было известно». При кончине дней своих, чтобы не остаться загадкой для людей, по подобию других подвижников, в числе прочих явлений своей жизни, он, в назидание слушателям, рассказал и о сем подвиге некоторым из братии.
Часть II
Отец Серафим, со времени смерти старца Исаии, наложив на себя труд молчания, жил в пустыне своей безвыходно, точно как в затворе. Прежде он хаживал по воскресеньям и праздникам в обитель причащаться Св. Таин. Теперь, со времени стояния на камнях, у него болели ноги; ходить он не мог. Было неизвестно, кто его причащает Св. Таин, хотя ни на минуту не сомневались, что он без вкушения Тела и Крови Христовой не оставался. Строитель созвал монастырский собор из старших иеромонахов и вопрос о причащении о. Серафима предложил на рассуждение. Решили же дело так: предложить о. Серафиму, чтобы он или ходил, буде здоров и крепок ногами, по-прежнему, в обитель по воскресным и праздничным дням для причащения Св. Таин, или же, если ноги не служат, перешел бы навсегда жить в монастырскую келию. Общим советом присудили спросить через брата, носившего пищу по воскресеньям, что изберет о. Серафим? Брат, в первый же приход к старцу, исполнил решение Саровского собора, но о. Серафим, выслушав безмолвно предложение собора, отпустил брата, не сказав ни слова. Брат, как дело было, передал строителю, а строитель велел ему повторить соборное предложение в следующее воскресенье. Принесши пищу на будущую неделю, брат повторил предложение. Тогда старец Серафим, благословив брата, вместе же с ним отправился пешком в обитель.
Приняв второе предложение собора, старец показал, что он не в силах был, по болезни, ходить, как прежде, по воскресным и праздничным дням в обитель. Это было весною 8 мая 1810 года. Вступив в монастырские врата, после 15-летнего пребывания в пустыне, о. Серафим, не заходя в свою келию, отправился прямо в больницу. Это было днем, до наступления всенощной службы. Когда ударили в колокол, о. Серафим явился на всенощное бдение в храм Успения Богородицы. Братия удивилась, когда мгновенно разнесся слух, что старец решился жительствовать в обители. Но удивление их возросло еще более, когда произошли следующие обстоятельства: на другой день, 9-го мая, в день Святителя и Чудотворца Николая, о. Серафим пришел, по обычаю, в больничную церковь к ранней литургии и причастился Св. Христовых Таин. По выходе же из церкви, он направил стопы свои в келию строителя Нифонта и, принявши от него благословение, водворился в прежней своей монастырской келии; к себе никого не принимал, сам никуда не выходил и не говорил ни с кем ни слова, то есть он принял на себя новый труднейший подвиг затворничества.
О подвигах о. Серафима в затворе известно еще менее, чем о его пустынножительстве. В келии своей он не хотел иметь, для отсечения своеволия, ничего, даже самых необходимых вещей. Икона, пред которой горела лампада, и отрубок пня, служивший взамен стула, составляли все. Для себя же он не употреблял даже огня.
В течение всех лет затвора старец во все воскресные и праздничные дни причащался Св. Тела и Крови Христовой. Для сохранения во всей чистоте затвора и молчальничества, Пренебесные Тайны, по благословению строителя Нифонта, приносили ему из больничной церкви в келию после ранней литургии.
Чтобы никогда не забывать о часе смертном, чтобы яснее представить и ближе видеть его пред собою, о. Серафим изготовил себе гроб из цельного дуба и поставил его в сенях затворнической келии. Здесь старец часто молился, готовясь к исходу от настоящей жизни. О. Серафим в беседах с Саровскими братиями часто говорил насчет этого гроба: «Когда я умру, умоляю вас, братия, положите меня в моем гробе».