Видя столь искреннее, усердное и поистине высокое подвижничество старца о. Серафима, диавол, исконный враг всякого добра, вооружился против него разными искушениями. По своей хитрости, начиная с легчайших, он сперва наводил на подвижника разные «страхования». Так, по сказанию одного почтенного летами иеромонаха Саровской пустыни, однажды во время молитвы он услышал вдруг за стенами келии вой зверя; потом, точно скопище народа, начали ломать дверь келии, выбили у двери косяки и бросили к ногам молящегося старца претолстый кряж (отрубок) дерева, который восемью человеками с трудом был вынесен из келии. В другие разы и днем, особенно же ночью, во время стояния на молитве, ему видимо вдруг представлялось, что келия его разваливается на четыре стороны и что к нему со всех сторон рвутся страшные звери с диким и яростным ревом и криком. Иногда вдруг являлся пред ним открытый гроб, из которого вставал мертвец.
Так как старец не поддавался страхованиям, диавол воздвигал на него жесточайшие нападения. Так, он, по Божию попущению, поднимал тело его на воздух и оттуда с такою силою ударял об пол, что, если бы не Ангел-Хранитель, самые кости от таких ударов могли бы сокрушиться. Но и этим не одолел старца. Вероятно, при искушениях, он духовным оком своим, проникавшим в горний мир, видел самих злых духов. Может быть, духи злобы и сами видимо в телесных образах являлись ему, как и другим подвижникам.
Духовное начальство знало о. Серафима и понимало, как полезно было бы для многих сделать такого старца аввою, настоятелем где-нибудь в обители. Открылось место архимандрита в городе Алатыре. О. Серафима предназначили было туда настоятелем монастыря с возведением в сан архимандрита. В прошлом и в текущем столетиях Саровская пустынь не раз давала из своей братии хороших настоятелей в другие обители. Но старец Серафим убедительнейше просил тогдашнего Саровского настоятеля Исаию отклонить от него это назначение. Строителю Исаии и братии Саровской жаль было отпустить от себя старца Серафима, усердного молитвенника и мудрого наставника. Желания обеих сторон сошлись вместе: все стали просить другого иеромонаха из Сарова же, старца Авраамия, принять на себя звание архимандрита в Алатырский монастырь, и брат, единственно из повиновения, принял на себя это звание.
Во всех искушениях и нападениях на о. Серафима диавол имел целью удалить его из пустыни. Однако же все усилия врага остались безуспешны: он был побежден, отступил со стыдом от своего победителя, но в покое его не оставил. Изыскивая новые меры к удалению старца из пустыни, злой дух начал воевать против него через злых людей. 12-го сентября 1804 года подошли к старцу три неизвестных ему человека, одетые по-крестьянски. Отец Серафим в это время рубил дрова в лесу. Крестьяне, нагло приступив к нему, требовали денег, говоря, что «к тебе ходят мирские люди и деньги носят». Старец сказал: «Я ни от кого ничего не беру». Но они не поверили. Тогда один из пришедших кинулся на него сзади, хотел свалить его на землю, но вместо того сам упал. От этой неловкости злодеи несколько оробели, однако же не хотели отступить от своего намерения. О. Серафим имел большую физическую силу и, вооруженный топором, мог бы не без надежды обороняться. Эта мысль и мелькнула было мгновенно в его уме. Но он вспомнил при сем слова спасителя: «Вси бо приемши нож ножем погибнут» (Мф 26, 52), не захотел сопротивляться, спокойно опустил на землю топор и сказал, кротко сложивши крестообразно руки на груди: «Делайте, что вам надобно». Он решился претерпеть все безвинно, Господа ради.
Тогда один из крестьян, поднявши с земли топор, обухом так крепко ударил о. Серафима в голову, что у него изо рта и ушей хлынула кровь. Старец упал на землю и пришел в беспамятство. Злодеи тащили его к сеням келии, по дороге яростно продолжая бить, как звероловную добычу, кто обухом, кто деревом, кто своими руками и ногами, даже поговаривали о том, не бросить ли старца в реку?.. А как увидели, что он уже был точно мертвый, то веревками связали ему руки и ноги и, положив в сенях, сами бросились в келию, воображая найти в ней несметные богатства. В убогом жилище они очень скоро все перебрали, пересмотрели, разломали печь, пол разобрали, искали-искали и ничего для себя не нашли; видели только у него св. икону, да попалось несколько картофеля. Тогда совесть сильно заговорила у злодеев, в сердце их пробудилось раскаяние, что напрасно, без всякой пользы даже для себя, избили благочестивого человека; какой-то страх напал на них, и они в ужасе убежали.
Между тем, о. Серафим от жестоких смертных ударов едва мог прийти в чувство, кое-как развязал себя, поблагодарил Господа, что сподобился ради Его понести раны безвинно, помолился, чтобы Бог простил убийц и, проведши ночь в келии в страданиях, на другой день с большим трудом, однако же сам, пришел в обитель во время самой литургии. Вид его был ужасен! Волосы на бороде и голове были смочены кровью, смяты, спутаны, покрыты пылью и сором; лице и руки избиты; вышиблено несколько зубов; уши и уста запеклись кровью; одежда измятая, окровавленная, засохла и по местам пристала к ранам. Братия, увидев его в таком положении, ужаснулась и спрашивала: что с ним такое случилось? Ни слова не отвечая, о. Серафим просил пригласить к себе настоятеля о. Исаию и монастырского духовника, которым в подробности и рассказал все случившееся. И настоятель, и братия глубоко опечалены были страданиями старца. Таким несчастием о. Серафим вынужден был остаться в монастыре для поправления здоровья. Диавол, воздвигший злодеев, по-видимому, торжествовал теперь победу над старцем, воображая, что навсегда изгнал его из пустыни.