Видимо, рано ещё было умирать Исаакию-Иоанну, спустя некоторое время здоровье его пошло на поправку, и он возвратился в Саров. Связанный принятыми на себя обетами, Иоанн практически отошёл от руководства монастырём, хотя братия по-прежнему обращалась к нему за советом. Но эта неопределённость в руководстве монастыря имела отрицательные последствия, и в молодой обители начались неурядицы и разногласия. Иеросхимонах Иоанн не мог спокойно смотреть, как его творение разрушается прямо на глазах.
В Красногривскую пустынь к настоятелю Макарию с посыльным отправлено письмо с просьбой отеческого совета. Но Макарий своими ответами только ещё больше связывает Иоанна по рукам и ногам. Весь 1715 год прошёл в тягостном ожидании. Наконец, братия собралась и решила обратиться с челобитной к государю и архиерею за разрешением возникшей проблемы.
Преосвященный Стефан в очередной раз оказал неоценимую услугу Саровской пустыни: 13 марта 1716 года он подписывает указ, в котором, ссылаясь на примеры из древней истории, когда монастырями управляли и схимонахи, — наиболее известный из них преподобный Пафнутий Боровский, архипастырь предписывает Иоанну быть вновь настоятелем и управлять ею по-прежнему.
Приведя в порядок внутренние дела, Иоанн приступил к делам земельным. Вопрос о приобретении и оформлении земель очень важный и хлопотный, требующий постоянных разъездов по всей округе, поэтому в Арзамасе и Темникове куплены хозяйственные дворы для строительства подворий.
Это оказалось как нельзя кстати: началась большая земельная тяжба с братьями Полчениновыми, которые подали в Вотчинную коллегию прошение с доказательством якобы самовольного захвата саровскими монахами земли, принадлежавшей ещё их отцу.
Для оправдания совершенных земельных приобретений Иоанн делал выписки из старинных писцовых книг, доказывающих принадлежность земель татарским мурзам и мордовским князьям. Пришлось ему заняться и родословиями всех продавцов, что служило оправданием более древнего права на земли, на которые претендовали Полочениновы. Между этими заботами саровский настоятель продолжал приобретать всё новые участки земли вокруг обители, с каждым разом всё более и более расширяя монастырские владения. Последние три купчие на землю оформлены в 1729 году, всего в монастырском архиве хранилось 63 купчих, дарственных и прочих документов. Саровскую пустынь можно было назвать крупнейшим землевладельцем — в её собственности первоначально находилось более 45 тысяч десятин.
Следует сказать, что влияние Саровского монастыря на духовную и экономическую жизнь этого лесного захолустья заметно возросло. Владельцы окрестных сел и деревень давно поняли благотворное воздействие иноческой обители на местное население. Когда весть о притязаниях братьев Полочениновых разнеслась по округе, на защиту молодой обители встало не только русское население, но и представители других вероисповеданий.
Да и центральной власти необходим оплот православия среди большого количества татар-мусульман, языческой мордвы и ревнителей старой веры. Тем более, что древняя Санаксарская пустынь, основанная ещё в далёком 1659 году и расположившаяся на берегах реки Мокши, близ Темникова, пришла в запустение. Указом Святейшего синода оскудевший Санаксар в 1723 году первый раз присоединён к Саровской пустыни16. Четыре года Санаксар находился под опекой саровской братии. В 1727 году указом Синода приписанным монастырям возвращалась самостоятельность. Настоятелем монастыря назначен иеросхимонах Пётр, а с ним шесть человек братии. При передаче хозяйства Санаксарскому монастырю излишне передали денег 6 рублей 4 алтына, хлебных запасов 13 четвертей, 23 улья с пчёлами, корову и две телки. Вернувшийся из поездки Иоанн обнаружил это упущение, но оставил без изменения, как благотворительный вклад.
В 1729 году земельная тяжба медленно, очень медленно, с большой натугой, но всё же выходит на финишную прямую. Иоанн в поисках защиты дошёл со своей челобитной до Верховного тайного совета, который предписал Вотчинной коллегии во всём разобраться. И закрутилась бюрократическая машина: «Оное дело записать... описать... принять... отдать по повытию... расписать дачи... выписать из указов и предложить Коллегии немедленно». Решение, которое было доведено до спорящих сторон, было неожиданным как для Полочениновых, так и для насельников Саровской пустыни.
Притязания первых были признаны необоснованными, но оказалось, что и настоятель монастыря по закону 1649 года не имел права покупать земли от инородцев. Поэтому все земли подлежали передаче в казну. Вот такое обескураживающее решение, которое любого повергнет в уныние. Но не таков был иеросхимонах Иоанн, он продолжал борьбу за существование монастыря и обращается в Сенат. В октябре 1730 года сенаторы Михаил Голицын, Алексей Черкасский, Иван Барятинский, Андрей Ушаков и Василий Новосильцев (все эти люди заслуживают поимённого упоминания, так как благодаря их заступничеству и ходатайству Саровская пустынь продолжила своё существование)17 подготовили доклад на имя императрицы Анны Иоанновны. Они «дерзнули» сделать предложение «не соблаговолит ли Ваше Императорское Величество, для не имущества доходов и крестьян и руги, те земли за оною Пустынью утвердить вечно, другим не в образец». Доклад был поднесён императрице 25 октября. Ознакомившись с ним, государыня собственноручно начертала на нём: «Учинить по сему».