Если 4 июня освящение храма над Святыми воротами в честь Святителя Николая совершал Исаакий, то церковь Живоносного Источника уже вновь назначенный настоятель иеромонах Ефрем.
Шестой строитель отец Ефрем родился в 1694 году в купеческой семье города Тулы. Мирское имя его Евдоким Андреевич Коротков. Семнадцатилетним юношей он уходит в Соловецкую пустынь в Марчугах Московской губернии, где 30 ноября 1712 года пострижен в монашество. Рукоположение в иеромонахи состоялось 16 марта 1716 года44, после чего он переведён в Знаменский монастырь, что на Красной гриве в Гороховском уезде. Предположительно, здесь по дороге в Москву останавливался на ночлег саровский первоначальник и произошло знакомство Ефрема и Иоанна. Прямых доказательств нет, но, вероятно, по просьбе Иоанна Ефрем переходит в Успенский Кержебелбашский монастырь, где оказывает помощь бывшей старообрядческой общине, обращённой несколько ранее «из раскола» Иоанном.
Переход в Саровскую пустынь состоялся в 1727 году. Главным занятием Ефрема в это время — несение соборной чреды вместе с отцом Дорофеем. При этом Ефрем обладал особенным певческим даром. Келейным занятием его было делание чёток. «Но особенное искусство отца Ефрема это писание книг», им написаны нотные тетради, Псалтирь с канонами и много других, среди которых была и книга «Камень веры», послужившая причиной ареста Ефрема в 1734 году. Приговор по этому делу от 13 декабря 1738 года был весьма суров: «Иеромонаха Ефрема за важные его вины, по лишении иеромонашества, бить кнутом нещадно и сослать в Оренбург в шахты вечно». Более двадцати лет продолжалось испытание силы духа отца Ефрема. Выдержав это испытание с честью, он вернулся в Саров и как продолжатель дела первоначальника в 1758 году заслуженно возглавил Саровскую пустынь.
Первое, что озаботило Ефрема, — это отступления от устава, заповеданного ещё первыми иноками обители, и малочисленность братии. По указу 1737 года запрещалось постригать податных людей, и если в 1751 году вместе с трудниками в монастыре было 60 человек, то в 1758-м их насчитывалось всего 36. Да ещё такая напасть — из Саровской пустыни как кузницы кадров постоянно забирали способных монахов в другие монастыри. Кстати, и Санаксарский монастырь требовал забот. Вот запись от 15 сентября 1760 года: «А в приписанной Санаксарской пустыне простых монахов не имеется, а для служения посылаются иеромонахи из Саровской пустыни по очереди»45. Предположительно первые пять лет отец Феодор (Ушаков) проходил иноческую школу под руководством отца Ефрема. В 1761 году император Пётр III отменил указ 1737 года и разрешил пострижение в монашество лиц всякого сословия. Это значительно облегчило судьбу российских монастырей.
13 декабря 1762 года Феодор (Ушаков) был рукоположен в сан иеромонаха, и, вероятно, с этого момента начинаются его основные заботы по возрождению Санаксарской пустыни. К лету следующего года в штате монастыря — два иеромонаха, один иеродиакон и семь монахов. «Да по именному Ея Императорского Величества указу сего 763 года мая 3 дня, прошедшего августа месяца в разных числах пострижены гвардии из отставных солдат 11 человек»46. Шесть человек из родного отцу Феодору Преображенского полка и пятеро из Измайловского. Появились вновь и благотворители, способствовавшие тому, что монастырь не был упразднён по реформе Екатерины II: в 1764 году вместо разобранной церкви в честь иконы Владимирской Божией Матери начато новое каменное строение. 16 октября этого же года пришёл указ «оную пустынь оставить в числе прочей пустыни от другой каковой исключить и в ней быть начальником вам иеромонаху Феодору и тем монахам, которые ноне в той пустыне находятся»47.
30 декабря 1764 года поступило распоряжение о немедленной передаче «по прежним описям» монастырского хозяйства, что и было сделано 18 января 1765 года и о чём в Духовную консисторию послан рапорт. С этого момента Санаксарский Рождество-Богородичный монастырь под руководством отца Феодора отправился самостоятельной дорогой к признанию и общероссийской известности.
Реформа Екатерины II затронула и Саровскую пустынь. Итогом её стало закрытие многих монастырей. Оставшиеся обители разделены на три класса, каждая со своим штатом. Саровская пустынь оказалась за штатом, но была приравнена к монастырям первого класса, и ей разрешалось иметь вместе с настоятелем тридцать одного монашествующего. Преобразования правительства способствовали увеличению количества желающих пострижения. В 1764 году в Сарове уже находилось до 120 человек, проходящих испытание в различных послушаниях, и отец Ефрем озаботился строительством новых келий на южной стороне монастыря. Возникла потребность и в строительстве новой братской трапезной. Также на южном склоне заложили три погреба с кельями хлебной и, уже поверх них, — поварскую келью и трапезную.