Когда разобрали надмогильный свод, перед архиепископом Димитрием и членами Комиссии предстала совершенно неожиданная картина: могила подвижника оказалась затопленной, и вода полностью покрывала крышку гроба. Архиепископ Димитрий решил немедленно прекратить дальнейшее освидетельствование, составил по этому случаю акт и с пояснениями отправил Святейшему Синоду о сем донесение. Авторитетные хозяйственники и саровские старцы пришли к мнению: вода попала в могилу преподобного при водопроводных работах, происходивших здесь лет сорок тому назад. Так что гроб отца Серафима стоял в воде длительное время; это побудило архиепископа Димитрия испросить дальнейших указаний Синода.
Пока происходил обмен мнений, еще сильнее в верующей среде проявилась Божественная милость к людям, с верою призывавшим на себя заступление великого старца. Синод решил продолжить обследование честных мощей и сделать все необходимые приготовления к достойному их прославлению. Вскоре Тамбовского архиепископа Димитрия перевели на Казанскую кафедру, а в Тамбов поставили преосвященного Иннокентия (Беляева).
17 декабря 1902 года Император Николай II приказал Комиссии по устройству Саровских торжеств продолжить обследование. В ее состав входили: митрополит Московский Владимир (Богоявленский), архимандрит Серафим (Чичагов) и Алексей Александрович Ширинский-Шахматов. В состав этой Комиссии со специальным поручением также входил князь Михаил Сергеевич Путятин, архитектор сооружаемой раки. Для охраны порядка в Саров откомандировали капитана Д. Н. Ломана с командою Гвардейского батальона. Все эти лица выехали 9 января 1903 года из Петербурга и 10-го уже были в Дивееве, откуда, переночевав, с рассветом выехали в Саров.
Пленительным зимним утром прибыли петербуржцы в монастырь. Благоговейно помолились в храме, исповедались, причастились Святых Христовых Таин, затем в келии игумена Иерофея приступили они к уточнению программы занятий. Во всем этом непосредственное участие принимал высокопреосвященный Иннокентий и приехавшие с ним из Тамбова протоиерей кафедрального собора Тихон Поспелов и епархиальный архитектор. В три часа пополудни Комиссия перешла в часовню-усыпальницу и, по совершении соборне панихиды, приступили к разборке чугунного надгробия. Когда каменные работы исполнили, ключарь Тамбовского собора и князь Ширинский-Шахматов с зажженными восковыми свечами спустились в могилу, наполненную водою. С помощью заведенных под гроб холстов и веревочных снастей, усилиями монастырской братии гроб-колоду подняли наверх и поставили на деревянные балки, опиравшиеся на края могильного склепа. Поставили гроб с небольшим уклоном вперед, так что головная часть его несколько возвышалась, и вода, скопившаяся в нем, могла вытечь через отверстия. Позже всего этого гроб покрыли заранее приготовленным дощатым чехлом и парчовым покрывалом, поверх водрузили образ, затеплили пред ним лампаду и в головах установили большой серебряный подсвечник. Без промедления отслужили панихиду, составили протокол о действиях Комиссии, после чего митрополит Владимир благословил совершение ежедневных панихид по старце Серафиме. Вот отчет протокола.
«Во имя Отца и Сына и Святаго Духа. В лето тысяча девятьсот третье от Рождества Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, января в одиннадцатый день, митрополит Московский и Коломенский Владимир, епископ Тамбовский и Шацкий Димитрий, епископ Нижегородский и Арзамасский Назарий, архимандрит Суздальский Серафим, архимандрит Вышенский Аркадий, игумен Саровский Иерофей, казначей Саровский иеромонах Климент, ключарь Тамбовского кафедрального собора священник Тихон Поспелов и прокурор Московской Святейшего Синода конторы князь Алексей Ширинский-Шахматов приступили к исполнению поручения Святейшего Правительствующего Синода по делу освидетельствования честных останков приснопамятного Саровского старца иеромонаха о. Серафима. По выслушании поздней Литургии, а затем отслуженной епископом Димитрием панихиды по в Бозе почившем старце призванные к освидетельствованию лица вступили в часовню, устроенную над могилой иеромонаха Серафима, при юго-восточном выступе летнего собора во имя Успения Пресвятыя Богородицы. Находящийся среди сей часовни надгробный чугунный памятник являет собою подобие гробницы, установленной на чугунной же подставке, которая, в свою очередь, основана на тесанном из камня цоколе. Этим надгробием совершенно убедительно определяется место упокоения блаженного старца о. Серафима. На памятнике имеется следующая надпись: