Как было упомянуто, сооружение раки поручили князю М. С. Путятину. Нужно было, во-первых, устроить и установить каменную гробницу на ступенчатом помосте в правой арке Саровского Успенского собора, во-вторых, сделать наподобие старой дубовой колоды — новую, значительно легче старой, затворяющуюся на ключ и приспособленную для помещения в каменной гробнице, в-третьих, сделать из тонких кипарисовых досок новый гробик для положения в кем честных останков и, в-четвертых, установить бронзовую сень на четырех каменных колоннах, которая должна завершить собою все это новое сооружение. Работы предварительно выполнялись в Петербурге, в Москве и самом Сарове.
Все последующие действия Комиссии совершались под непосредственным и личным руководством высокопреосвященнейшего митрополита Петербургского Антония (Вадковского).
3 июля в часовне в 9 часов утра у гроба о. Серафима митрополит Антоний с сонмом духовенства отслужил панихиду, по окончании которой гроб был поднят назначенными для сего лицами из духовенства и торжественно перенесен в «Больничную» святых Зосимы и Савватия церковь, в алтаре которой и предположено было совершить омовение честных останков о. Серафима. Надо заметить, что это перенесение не ускользнуло от взоров скопившихся в Сарове паломников. По внесении в храм, гроб был установлен посредине храма на том надгробии, которое ранее находилось над могилою преподобного. По неотступной просьбе усердствующих богомольцев, желавших видеть и хотя бы прикоснуться к гробу преподобного Серафима, митрополит Антоний благословил допускать народ на некоторое время ко гробу преподобного, и люди в течение часа непрерывною толпою шли в храм, дабы видеть и поклониться драгоценной для них святыне. По выходе народа из храма, гроб с всечестными останками преподобного внесен был иеромонахами через северные двери в алтарь, и здесь митрополитом Антонием совместно с епископами Назарием и Иннокентием и другими лицами было совершено омовение честных останков о. Серафима и переложение их в новый кипарисовый гроб. Между престолом и северной стеной алтаря поставлен был особый стол, на который и выложили потом честные останки о. Серафима. Участие в омовении принимали: архимандрит Серафим (Чичагов), о. ключарь Тамбовского кафедрального собора, священник Т. Поспелов, благочинный монастыря, Саровский иеромонах, под личным руководством владыки-митрополита и в присутствии князя А. А. Ширинского-Шихматова и князя М. С. Путятина.
Присутствовавшие при открытии крышки гроба свидетельствуют, что честные останки преподобного были завернуты в момент погребения в монашескую куколь. Отец Серафим лежал в гробу на дубовых стружках. Все содержимое гроба, ввиду дубильных свойств стружки, и самые честные останки, и седые волосы на голове, бороде и усах и все одеяние преподобного — белье, холщовый подрясник, мантия, епитрахиль и куколь — все окрасилось в один цвет, напоминающий корку черного ржаного хлеба. В целях соблюдения тишины и безмолвия, в храме пред особым аналоем назначенный иеродиакон читал канон из вновь составленной службы преподобному Серафиму Саровскому.
Известно также, что с самого начала омовения честных мощей в алтаре стало распространяться ясно ощущаемое всеми присутствующими благоухание, запах цветов гвоздики и свежего липового меда. Июльский день был ясный, солнечный, жаркий, и церковные окна были открыты настежь. Думалось, что где-нибудь поблизости косят траву и этот аромат исходит от скошенных цветов и свежего сена. А владыка-митрополит, проходя по церкви, обратился к присутствующим даже с такими словами: «Братие, братие, а какое же это у вас мыло, что-то уж очень душистое». Но оказывается мыло было то самое, которое привез для омовения святых мощей ключарь Тамбовского собора, и то самое, которое в России называлось «грецким» и употреблялось для омовения престолов при освящении храмов. Тогда владыка-митрополит осенил себя крестным знамением, и всем присутствующим стало ясно, какое благоухание разливалось по церкви.
Надо заметить, что честные мощи преподобного Серафима Саровского относятся к разряду мощей неполного нетления, то есть неполность заключается в том, что при совершенной сохранности костей соединительные ткани сочленения или суставов подверглись тлению, вследствие чего конечности в локтях и коленях легко разнимались. Голова преподобного, с уцелевшими на ней волосами, бровями, усами и бородою, по личному впечатлению автора, прекрасно сохранились. Верхние кожные покровы тоже частично хорошо сохранились и плотно облегали скелет, как бы к нему присохли, вследствие чего кисти рук в запястьях и ступни в щиколотках остались на своих местах не отделенными, а лик преподобного сохранил следы сходства с иконографическим его изображением.