Через несколько времени к отцу Серафиму вернулось сознание. Он с трудом развязал веревки, которыми его связали, и, с Божией помощью, на другой день, во время свершения Литургии, пришел в Саров. Вид его в это время был ужасен: волосы на голове и бороде слиплись в запекшейся крови, запылились и были спутаны. Руки и лицо оказались в сильных кровоподтеках, выбито несколько зубов; окровавленная одежда местами прилипла к ранам на теле. Врачи, вызванные из Арзамаса, нашли, что у старца голова проломлена, ребра перебиты, легкие; отбиты, и удивлялись, как он еще остался жив. В момент осмотра врачами отец Серафим уснул, и было ему видение: к постели его подошла Пресвятая Владычица с апостолами Петром и Иоанном Богословом и, указывая Своим спутникам на подвижника, произнесла: «Сей — из рода Нашего». Проснувшись, страдалец почувствовал облегчение и испытал неизреченную духовную радость. В тот же день он впервые после нападения поел немного хлеба и квашеной капусты. Чудом избавился от неминуемой смерти отец Серафим, и после пятимесячного пребывания в монастыре, по выздоровлений, возвратился в свою пустынь.
Раны, нанесенные ему разбойниками, а также последствия ушиба, полученного от свалившегося на него дерева, изменили внешний вид некогда стройного иеромонаха; отныне он стал согбенным и ходил не иначе как опираясь на топорик, мотыгу или палку.
Обидчиков же отца Серафима вскоре разыскали, ими оказались крепостные помещика Татищева из села Кременки. По мольбе старца злодеев простили. Они раскаялись пред ним, обещали исправиться, тем более, что уже были наказаны — молния зажгла их дома, и пожар не сумели потушить.
В 1807 году скончался второй со времени поступления отца Серафима настоятель Саровской пустыни — праведный игумен Исаия, которого батюшка любил и почитал. Кончина настоятеля тяжело отразилась на отце Серафиме. Три любимые им старца, с которыми было связано вхождение его в монастырь, — Иосиф, Пахомий и Исаия, лежали уже в могилах. Трогательно подвижник почитал их память: всякий раз он заходил на монастырское кладбище и подолгу молитвенно простаивал возле их могил.
Осиротелый Отец Серафим задумал на себя наложить обет молчальничества. Возникло настойчивое желание — превратить этот обет в подвиг, про который так понятно и ясно говорил святой Амвросий Медиоланский: «Молчанием я видел многие спаслись, многоглаголанием же — ни единый».
Вспомнились и другие его слова: «Молчание — есть таинство будущего века; словеса же — орудие суть мира сего». От уединения и молчания рождается умиление и кротость, возводящие человека к благочестию, приближая его к Богу, делая его как бы земным Ангелом.
Пустынная жизнь теперь для отца Серафима казалась уже недостаточной, и он принимает подвиг молчальничества. Он избегает посетителей и никого не принимает в своей дальней пустыньке. Если же он встречался с кем в лесу, то падал ниц, лицом на землю, и не поднимал головы до тех пор, пока около него никого не оставалось. Один из братии раз в неделю, по воскресным дням, приносил ему пищу в пустыньку, так как отец Серафим перестал в это время ходить в монастырь даже по праздникам. И вот зимой, по заметенной снегом дороге, брел, бывало, утопая в снегу, к молчальнику посыльный монах и приносил ему хлеб или каких-либо овощей. Дойдя до келии, посыльный входил в сени, ставил на землю пищу. Отец Серафим брал ее, не поднимая глаз на пришедшего, и клал на лоток кусочек хлеба или капусты — того-то следует принести в другой раз.
В том и заключалось внешнее проявление молчальничества. Внутреннее же значение этого подвига, его сущность заключалась в отречении от всех житейских благ и попечений. Около трех лет провел батюшка Серафим в полном молчании, после чего он перешел к высшему подвигу — затворничеству.
Было ему тогда 50 лет. Собор старейших иеромонахов монастыря, проявляя заботу о молчальнике, дабы имел он возможность чаще приобщаться Святых Христовых Таин, решил, чтобы в воскресные и праздничные дни отец Серафим приходил для приобщения в монастырь или же просто переселился бы в Саров. Молчальник, памятуя заветы монашества, заключающиеся в отсечении своей воли и в послушании, перешел в монастырь. Это было 12 мая 1810 года. В этот день после 15-летнего пребывания в пустыни затворник Серафим вошел во врата Саровской обители. Настоятель с братией удивились и обрадовались, встретив его, но удивление их возросло, когда на другой день старец Серафим, причастившись Святых Таин, направился к себе в келию, не сказав ни слова: Он затворился в своей келии, сам никуда не ходил и к себе никого не пускал. В келии его, кроме иконы с неугасимой лампадой и обрубка дерева, служившего ему стулом, ничего не было. Ради умерщвления плоти старец под рубашкою носил толстый пятивершковый чугунный крест. Вериг же и власяницы он на себя никогда не возлагал. И на вопрос об этом отвечал так: «Кто нас оскорбит словом или делом, и если мы переносим обиды по евангельски — вот и вериги наши, вот и власяница».