При возведении новых стен территория Кремля увеличилась ненамного: юго-восточный угол был придвинут ближе к Москве-реке, а северо-западный – к Неглинной, и вся линия стены приближена к ее берегу. Плотины на Неглинной образовали несколько прудов, также затруднявших подступ к стенам. В результате грандиозного строительства Кремль стал искусственным островом, сильнейшей в Европе крепостью, в плане представляющей неправильный треугольник, площадью около 28 га, со стенами общей длиной 2250 м, толщиной от 3,5 до 6,5 м и высотой в зависимости от рельефа от 5 до 19 м. На каждую сторону так называемого треугольника выходило по семь башен (включая угловые). Три башни имели предмостные укрепления с внешней стороны рва, из которых сохранилась только одна – перестроенная Кутафья башня. Всего же башен было восемнадцать – приземистые, грозные и суровые, с нависшими бойницами, похожие на известные в Западной Европе ломбардские крепостные сооружения.
Стены, судя по зондажам, проведенным археологом М.Г. Рабиновичем, состояли из кирпичной облицовки, толщиной 80–85 см, сердцевины, заполненной блоками белого камня (возможно, от белокаменных стен времен Дмитрия Донского) и битым кирпичом с известью, толщиной почти 3 м. Эта забутовка прорезана сеткой-каркасом кирпичной кладки с шагом около 1 м. В результате создавалась прочная конструкция, способная противостоять ударам таранов и пушечных ядер.
Для того чтобы обезопасить Кремль от пожаров, по указу Ивана III убрали все строения за Неглинной на расстоянии 109 саженей от кремлевских стен (в некоторых книгах освобожденное место у стен Кремля почему-то называется плацдармом, то есть местом для размещения оружия, что никак не соответствует действительности), что было оценено многими весьма отрицательно, а в особенности разрушение церквей. Вот редкое, дошедшее до нас свидетельство выражения тогдашнего общественного мнения в устах архиепископа Геннадия: «А ныне беда стала земская да нечесть государская великая: церкви старыя извечныя выношены из города вон… да еще паки сверх того и кости мертвых выношены на Дорогомилово, ино кости выносили, а телеса ведь туто остались… А гробокопателям какова казнь писана! а ведь того дня, что будет воскресение мертвых, не велено их с места двигнути… от Бога грех, а от людей сором». Насколько известно, архиепископ не поплатился за эту критику властей, но она и не имела никаких последствий: власти взяли да «выметали» церкви, и все тут.
Одновременно с возведением крепостных стен велось немалое строительство и внутри Кремля. В Чудовом монастыре между 1473 и 1476 гг. построили Алексеевскую церковь, в 1485 г. – церковь Ризоположения у митрополичьего двора, а на самом дворе – палаты в 1474 г., в 1480-х гг. – Богоявленскую церковь на Троицком подворье, а также трапезную палату и церковь Рождества Богородицы; на своих кремлевских дворах строили палаты бояре Василий Образец, Иван Голова и его брат Дмитрий Ховрин. Рядом с Успенским собором работали псковские мастера, заложившие в 1484 г. Ризоположенскую церковь, законченную через два года; они же строили новый Благовещенский собор на подклете прежнего храма, законченный в 1469 г.
Кремль при Иване Великом
Тогда же Иван III решил устроить для себя каменные палаты вместо деревянного дворца. В 1487 г. с западной стороны Благовещенского собора заложили великокняжеский дворец, строителем которого сначала был Марк-фрязин, а в дальнейшем Пьетро Солари. В составе великокняжеского дворца была Грановитая палата, законченная летом 1491 г. Сам дворец, представлявший собой живописный ансамбль нескольких зданий, закончили только в 1508 г. из-за огромного пожара, начавшегося 28 июля 1493 г. Тогда в Кремле сгорели дворы великого князя и митрополита, церкви и многие строения: «…многа бо тогда людем скорбь бысть, болши двою сот человек згоре людей, а животов бесчислено выгоре у людей; а все то погоре единого полудни до ночи. А летописец и старые люди сказывают, как Москва стала, таков пожар на Москве не бывало».